结晶信息框架

OpenMMS工具包

描述

开放式多功能管理系统是一个工具包,用于以几种常见格式创建高分子结构数据的高效表示。

这个OpenMMS工具包包含将以mmCIF格式存储的蛋白质和核酸大分子结构数据转换为CORBA、XML和SQL关系数据库表达式的软件。这种翻译是由基于mmCIF字典中包含的本体的中央元模型驱动的。元模型和生成翻译表达式的所有软件都是用Java编写的,并包含在本发行版中。

分发

如果您希望安装和使用此软件,请从上述网站下载最新版本。下面的链接指向适合浏览或在主网站不可用时使用的副本。然而,它们可能已经过时,并且缺少最新版本的完整功能。

状态

开放式多功能管理系统可从结构生物信息学研究合作实验室(RCSB)的圣地亚哥超级计算机中心网站获得,但不再得到积极支持。然而,有一个OpenMMS用户组网站。此处发布的版本是2001年的1.5.1。

语言和平台

该软件是用Java编写的,用于跨平台实现。大多数可执行文件只需要Java运行时环境;希望将MMS数据加载到关系数据库中的用户可能还需要为其使用的特定数据库使用特定的JDBC驱动程序。

文档

  • 安装:对于Unix类型安装,复制gzipped tar文件OpenMMS-1.5.1_Std.tar.gz标准进入空目录;解压缩使用gzip公司并使用Unix tar实用程序提取文件。
    cp OpenMMS-1.5.1_Std.tar.gz/g/h/i;cd/g/h/i
    gunzip OpenMMS-1.5.1_Std.tar.gz;tar xvf OpenMMS-1.5.1_Std.tar更多信息:
  • 文档索引 
  • 自述文件 
  • 概述 
  • OpenMMS API规范

使用条款和条件

软件版权所有©加州大学评议会
作者:Douglas S.Greer

本软件的使用受UCSD版权许可。如对任何其他用途有任何疑问,请联系美国加利福尼亚大学圣地亚哥分校技术转让办公室,地址:9500 Gilman Drive,La Jolla,CA 92093-0910。电话:+1(619)534-5815,传真:+1(6.19)534-7345。

工具书类

格里尔,D.S.(2000)。高分子结构RFP响应,修订提交。 http://openmms.sdsc.edu/OPMMS-1.5.1_Std/openmms/docs/specs/lifesci_00-11-01.pdf。

D.S.Greer。,J.D.Westbrook&伯恩,体育。(2002).一种本体驱动的大分子结构派生表示体系结构。 生物信息学,18, 1280-1281.[交叉参考]