到岸价2pdb
描述
到岸价2pdb(伯恩斯坦和伯恩斯坦,1996)是一个程序,用于将mmCIF数据集转换为部分伪PDB条目,带有HEADER、TITLE、COMPND、SOURCE、KEYWRD、AUTHOR、JRNL、REMARK 1、REMARK 960、SEQRES、CRYST1、ORIGX、SCALE、ATOM、ANISOU、SIGUIJ(从U型的或B类的)、HETATM、MASTER和END记录。mmCIF数据集中可以提供分数或正交坐标。如果提供了mmCIF字典或在mmCIF和核心之间具有必要别名的其他字典,则程序可以转换核心CIF数据集。这足以驱动RASMOL公司.
分发
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状态
这是2002年7月3日的1.0.2版。
语言和平台
到岸价2pdb在Fortran中编写为CIFtbx公司应用程序。
文档
- 安装:将选定的存档文件(cif2pdb.cshar.Z或cif2pdb.shar.Z,只需要一个)复制到一个目录中与ciftbx的安装目录并行。在此目录中,解压缩所选存档,并根据需要使用C或Bourne shell执行它。
顶层目录(=x/y/base)--------------------------------|----------------------------------| |ciftbx cif2pdb_1.0.2------ -------------|混凝土成本加运费----------cd/x/y/基础mkdir cif2pdb_1.0.2目录cd cif2pdb_1.0.2光盘cp/cif2pdb.shar公司。Z/x/y/基础/cif2pdb_1.0.2解压缩cif2pdb.shar。Z轴sh cif2pdb.shar
- 为了编译,您需要一份ciftbx。为了重新创建测试输出,您需要mmCIF字典的副本。编译由Makefile控制,这可能需要对目标系统进行更改。如果需要,可以通过编辑Makefile进行更改,但在大多数情况下,编辑m4文档Makefile.m4更容易,然后
使Makefile_local
它将替换当前的Makefile。然后可以通过以下方法编译和测试cif2pdb制作cif2pdb
进行测试
- 一般信息: 自述文件(HTML格式)
使用条款和条件
软件版权归作者所有。
作者:H.J.伯恩斯坦和F.C.伯恩斯坦
该软件在此处以开源许可证。有关本许可证未涵盖的任何使用的疑问,请发送至yaya@bernstein-plus-sons.com.
工具书类
伯恩斯坦,F.C.&H.J.伯恩斯坦。(1996).将mmCIF数据转换为PDB条目。 《水晶学报》。A类52(补充),C-576。
霍尔,S.R.&H.J.伯恩斯坦。(1996).CIF应用。V.CIFtbx2:用于操作CIF的扩展工具箱。 J.应用。克里斯特。 29, 598-603.