CIF和STAR软件
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1.通用STAR文件实用程序
2.CIF验证
ADIT验证服务器 用于检查坐标的格式一致性,并在沉积到蛋白质数据库之前创建关于结构的验证报告 支票CIF 以CIF格式报告的晶体结构测定的一致性和完整性报告 CIFIO公司 Xtal的CIF输入/输出模块 联苯双酚 用于处理CIF文件的命令行脚本的开源集合,由Crystallography开放数据库开发团队开发 自行车 根据一个或多个CIF字典中出现的数据检查文本文件中的明显数据名称 enCIFer(enCIF) CCDC的CIF检查、编辑和可视化软件 最终Cif 功能齐全的CIF文件编辑器,用于编辑和验证CIF文件; 从工作文件夹中收集所需的所有信息,以便最终确定要发布的CIF文件 铂 包含分子几何、分子图形、CIF验证和数据简化的晶体学工具 公共CIF CIF发布编辑器、验证器和格式化程序 夸萨 CIF语法检查和文件操作工具 语法测试套件 (行程测试):一小部分符合(或不符合)STAR/CIF语法规则的测试文件,旨在帮助解析器开发 气相防锈薄膜 (1.2版)CIF语法检查器 vcif2 增强型CIF语法检查器
3.软件库
CIFAPI公司 用于CIF读写的综合C库,支持1.1和2.0格式
CBFlib公司 用于访问晶体学二进制(CBF)和图像支持CIF(imgCIF)文件的C库 奇弗利布 用于支持mmCIF的CCIF子集的库 CCP4型 程序套件 物联网 CIF输入/输出和验证库; Python库接口和编译(C++)解析器; cctbx套件的一部分 CIFLIB公司 CIF的类库和C API CIFPARSE公司 mmCIF存取工具的C语言函数库 CIFPARSE-OBJ公司 mmCIF格式信息的面向对象应用程序接口 CIFtbx公司 能够使用DDL1和DDL2字典的Fortran工具箱和字典检查器 COD::CIF::解析器 用于检测和报告最常见CIF语法错误的Perl模块,由Crystalography开放数据库开发团队开发 DICT-OBJ-文件 mmCIF访问工具类库(替换较早的 CIFOBJ公司 类库) ISTable(ISTable) ( CIF表 )用于管理表对象的类集合 mm库 用于mmCIF和其他生物信息学应用程序的Python库 绿脓杆菌属 用于检测和报告最常见CIF语法错误的COD::CIF::Parser的Python接口,由Crystallography Open Database开发团队开发 PyCifRW公司 为使用Python读取、写入和验证CIF提供全面支持 GEMMI公司 读写CIF文件的C++11库; 使用Python绑定。 STAR::分析器 和相关的Perl模块,用于解析符合STAR的数据文件和字典
4.文件操作程序
到岸价2cif 拷贝和精美打印CIF; 重新格式化数字,以将标准不确定性保持在规定范围内; 根据请求列表获取CIF的子集 CIF2克里 用于将CIF中包含的结构数据和反射数据转换为由 晶体 程序 到岸价2pdb 将mmCIF数据集转换为PDB格式 到岸价2sx 将CIF文件转换为 SHELXL公司 指令文件 cif2毫升 将标准输入上的CIF复制到标准输出上的等效XML CIFFOLD公司 CIF中折叠和展开长线的应用 ciftex公司 将CIF转换为TeX文件的过滤器 到岸价 将mmCIF格式的文件转换为PDB格式的文件的应用程序(来自蛋白质数据库) 联苯双酚 用于处理CIF文件的命令行脚本的开源集合,由Crystallography开放数据库开发团队开发 Db装载机 ( mmCIF装载机 )将CIF数据转换为可加载到各种关系数据库引擎中的表单 DIFRAC公司 将衍射仪输出文件转换为CIF格式 GSAS2CIF公司 应用程序从GSAS结果创建CIF(NIST网站) MAXIT系列 处理和注释大分子结构数据的应用程序(来自蛋白质数据库) 打开巴别塔 开源化学工具箱在90多种化学文件格式之间进行转换,包括CIF(但没有对称转换) 开放式多功能管理系统 用于以几种常见格式创建高分子结构数据的高效表示的工具包 pdb2cif公司 将PDB数据集转换为mmCIF格式 PDB_提取 高分子结构封装输出到mmCIF的转换 夸萨 CIF语法检查和文件操作工具
5.核心CIF应用
到岸价2cif 拷贝和精美打印CIF; 重新格式化数字,以将标准不确定性保持在规定范围内; 根据请求列表获取CIF的子集 CIF2克里 用于将CIF中包含的结构数据和反射数据转换为由 晶体 程序 到岸价2sx 将CIF文件转换为 SHELXL公司 指令文件 CIFEDIT公司 是的一部分 ciftools公司 包,并允许查看和编辑CIF CIFFOLD公司 CIF中折叠和展开长线的应用 CIFIO公司 Xtal的CIF输入/输出模块 CIFTAB公司 通过(小分子)CIF格式发布的表格; 的一部分 SHELX公司 程序套件 CIFtbx公司 能够使用DDL1和DDL2字典的Fortran工具箱和字典检查器 ciftex公司 将CIF转换为TeX文件的过滤器 DIFRAC公司 将衍射仪输出文件转换为CIF格式 焦耳(Jmol) 用于3D化学结构的开源Java查看器,具有化学物质、晶体、材料和生物分子的功能 铂 包含分子几何、分子图形、CIF验证和数据简化的晶体学工具 PREPUB公司 Xtal的CIF验证模块 打印CIF IUCr期刊CIF排版服务 公共CIF CIF发布编辑器、验证器和格式化程序 X塔尔 晶体学软件系统
6.pdCIF和msCIF应用程序
CIFEDIT公司 是的一部分 ciftools公司 包,并允许查看和编辑CIF CIFtbx公司 能够使用DDL1和DDL2字典的Fortran工具箱和字典检查器 GSAS2CIF公司 应用程序从GSAS结果创建CIF(NIST网站) JANA公司 该项目专注于解决、细化和解释困难的结构,尤其是调制结构 pdCIF图 是的一部分 ciftools公司 包装并允许从pdCIF检查Rietveld配合
7.mmCIF应用
ADIT公司 蛋白质数据库中用于存放大分子结构的沉积工具 奇弗利布 用于支持mmCIF的CCIF子集的库 CCP4型 程序套件 CIFLIB公司 CIF的类库和C API CIFPARSE公司 mmCIF存取工具的C语言函数库 CIFPARSE-OBJ公司 面向对象的mmCIF格式信息应用程序接口 到岸价 将mmCIF格式的文件转换为PDB格式的文件的应用程序(来自蛋白质数据库) Db装载机 ( mmCIF装载机 )将CIF数据转换为可加载到各种关系数据库引擎中的表单 DICT-OBJ-文件 mmCIF访问工具类库(替换较早的 CIFOBJ公司 类库) ISTable(ISTable) ( CIF表 )用于管理表对象的类集合 焦耳(Jmol) 开放源代码Java三维化学结构查看器,具有化学品、晶体、材料和生物分子的功能 MAXIT系列 处理和注释大分子结构数据的应用程序(来自蛋白质数据库) mm库 用于mmCIF和其他生物信息学应用程序的Python库 打开彩信 用于以几种常见格式创建高分子结构数据的高效表示的工具包 PDB_提取 高分子结构封装输出到mmCIF的转换 公共生物 用于为结构生物学或结晶通信准备文本、实验数据表和图形的工具和工作区 RasMol公司 CIF、mmCIF和其他格式的分子可视化工具 STAR::分析器 和相关的Perl模块,用于解析符合STAR的数据文件和字典
8.imgCIF/CBF应用程序
9.具有图形用户界面的编辑器
CIFEDIT公司 是的一部分 ciftools公司 包,并允许查看和编辑CIF enCIFer(enCIF) CCDC的CIF检查、编辑和可视化软件 最终Cif 功能齐全的CIF文件编辑器,用于编辑和验证CIF文件; 从工作文件夹中收集所需的所有信息,以便最终确定要发布的CIF文件 公共生物 用于为结构生物学或结晶通信准备文本、实验数据表和图形的工具和工作区 公共CIF CIF发布编辑器、验证器和格式化程序 vscode-cif码 Visual Studio代码的CIF:一个扩展,为Visual Studio代码编辑器添加了对CIF的支持
10.可视化工具
enCIFer(enCIF) CCDC的CIF检查、编辑和可视化软件 焦耳(Jmol) 开放源代码Java三维化学结构查看器,具有化学品、晶体、材料和生物分子的功能 水银 CCDC的晶体结构可视化和探索 pdCIF图 是的一部分 ciftools公司 包装并允许从pdCIF检查Rietveld配合 铂 包含分子几何、分子图形、CIF验证和数据简化的晶体学工具 RasMol公司 CIF、mmCIF和其他格式的分子可视化工具
11.快速开发工具
CifSieve公司 通过使用CIF字典作为输入数据结构的模板,可以快速创建新的CIF转换软件
12.过时或早期开发的软件
CIFOBJ公司 mmCIF访问工具类库 CIFtbx公司 Fortran工具箱的初始版本 自行车 CIF数据名称检查器的初始版本 makedict.pl语言 和 makedicthtml.pl 用于生成CIF字典的TeX和HTML格式版本的原型Perl应用程序 OOSTAR公司 适用于DDL1和DDL2兼容CIF的对象C库和应用程序 Word的printCIF 用于可视化和准备以Word格式提交给IUCr期刊的出版物结构报告 气相防锈薄膜 (版本0.58)CIF语法检查器 锌 标准Unix工具的CIF接口