结晶信息和数据管理
第28届欧洲晶体学会议卫星研讨会
英国考文垂华威大学
2013年8月23日至24日
CIF2/DDLm研讨会将于2013年8月23日至24日在华威大学举行。只有受邀才能参加讲习班,以便密切关注词典设计的技术方面以及对CIF语法和词典方法的扩展。当然,欢迎对这些主题感兴趣但不为研讨会组织者所知的个人申请此类邀请。研讨会的主要主题是:
- CIF2扩展语法简介
- 开发API以允许社区开发开源库和工具
- DDLm介绍,一种支持算法方法的字典定义语言
- 一种原型方法评估语言dREL的讨论
- 教程和演示JsCif浏览器,JavaScript中的CIF2实现
- CIF词典编纂方法
开发结晶信息框架(CIF)自20世纪80年代末以来,得到了国际结晶学联合会、蛋白质数据库和剑桥结晶学数据中心等数据库组织以及学术界和工业界活跃的软件开发人员的支持。许多最初的开发人员现在已经到了退休年龄,大学内部的研究支持更难获得,部分原因是这项工作的跨学科性质。COMCIFS正在寻找新的方法来确保正在进行的CIF字典和软件开发的长期活力。
车间后研讨会
华威大学的公开研讨会将庆祝CIF项目在晶体学出版、数据库和实验数据处理方面取得的成就,并将展望未来,因为CIF和类似标准将提供更多功能,以应对日益复杂的研究数据管理。结构晶体学作为一门学科,在促进一流数据和出版实践方面取得了几乎无与伦比的成功。十几位专家将展示现有最佳实践的丰富性和有效性,并将在科学研究框架的背景下进行设置,该框架越来越强调科学家在适当数据处理方面的责任。
计划
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第1天:字典
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一、当前定义方法
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09:00-09:10 |
欢迎。客房管理安排和时间表 |
B.麦克马洪 |
09:10-09:40 |
为语义物理科学编写本体 |
P.穆雷-鲁斯特 |
09:40-10:10 |
CIF定义的一般原则 |
B.麦克马洪和S.R.霍尔 |
10:10-10:30 |
编写CIF词典时的纪律考虑 |
I.D.布朗 |
10:30-10:50 |
咖啡 |
10:50-11:05 |
IUCr期刊的成功与教训 |
M.A.霍兰德 |
11:05-11:20 |
粉末衍射的成功与教训 |
B.H.托比 |
11:20-11:35 |
结构生物学的成就和教训 |
J.韦斯特布鲁克 |
11:35-11:50 |
原始数据管理的成功经验 |
H.J.伯恩斯坦 |
11:50-12:05 |
晶体学开放数据库的最新发展 |
索利乌斯·格拉齐利斯 |
12:05-13:00 |
写一本外行的词典编纂指南。 |
合作演习,由J·R·赫斯特协助 |
13:00-14:00 |
午餐 |
二、。DDLm定义方法
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14:00-14:30 |
DDLm中定义的新属性 |
S.R.霍尔和B.麦克马洪 |
14:30-15:00 |
使用DDLm进行结构和概念更改 |
N.斯巴达克尼 |
15:00-15:30 |
将当前核心定义转换为DDLm |
S.R.Hall和B.McMahon |
15:30-16:00 |
mmCIF/PDBx字典到DDLm的转换 |
J.韦斯特布鲁克 |
16:00-16:30 |
休息 |
三、 将CIF带到更广阔的科学世界
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16:30-16:40 |
信息和数据管理研讨会预览 |
B.麦克马洪 |
16:40-16:50 |
本次研讨会之前的CIF/NeXus/HDF5会议报告 |
H.J.伯恩斯坦 |
16:50-17:10 |
命名空间约定和混合自律数据CIF |
J.R.海丝特 |
17:10-17:20 |
CIF2语法刷新器 |
J.C.Bollinger和J.R.Hester |
17:20-18:00 |
关于CIF2的一般讨论,以及如何将下一代字典引入现有工作流。 |
第2天:字典应用
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一、DDLm软件支持
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09:00-09:30 |
字典构建和维护软件 |
S.R.霍尔和B.麦克马洪 |
09:30-10:30 |
DDLm评估、定义和验证方法 |
N.斯巴达克尼 |
10:30-11:00 |
咖啡 |
11:00-11:30 |
JsCifBrowser(JsCifBrowser):用于CIF2应用程序的DDLm工具 |
D.duBoulay和N.Spadaccini |
11点30分至13点 |
关于使用的教程JsCifBrowser(JsCifBrowser) |
D.duBoulay和N.Spadaccini |
13:00-14:00 |
午餐 |
二、。CIF API的设计与实现
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14:00-14:30 |
dREL的具体语法树在中实现JsCif浏览器 |
N.Spadaccini和D.duBoulay |
14:30-15:00 |
IUCr论坛上的API规范草案 |
J.C.布林格 |
15:00-15:30 |
关于构建未来CIF API的圆桌会议 |
由J.R.Hester、N.Spadaccini和J.C.Bollinger协助 |
15:30-16:00 |
软件许可问题和文档 |
由H.J.Bernstein、J.C.Bollinger和B.McMahon领导的讨论 |
16:00-16:30 |
休息 |
16:30-17:30 |
从这里到哪里:讨论谁做什么以及什么时候做? |
17:15-18:00 |
COMCIFS商业会议 |
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日期和地点
2013年8月23日至24日,星期五/星期六
科学大厦B2.02室
英国考文垂Gibbet Hill路沃里克大学CV4 7AL。