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游牧小角度散射体集体行动(canSAS-3)

[霍曼]Els Homan解释了DUBBLE波束线的集成采集和预处理。
canSAS会议的目的是促进和简化SAS数据分析方法的共享。第三次研讨会于2001年5月在ILL举行,吸引了30名参与者。该研讨会由ILL、EMBL、ESRF和DUBBLE-CRG组织,汇集了数据分析前沿的从业者和研究先进数据存储技术的计算机科学家。

数据格式的差异引发了1998年的第一次canSAS会议。在CAS-3的开幕式上,W.Bras(DUBBLECRG)强调了合并不同仪器和设施的SAS数据的必要性,并呼吁在编写简单测量数据方面进行合作。高强度仪器带来了复杂测量的显著增加,与时间相关的2D数据集超过数GB。

J.Barnes(NIST)强调需要保留最大数量的参数(元数据),包括误差估计。中子和X射线团体正在推广NeXus,这是一种基于NCSA层次数据格式(HDF)的自我描述数据格式。为了允许使用简单的ASCII文件,sasCIF格式是由D.Svergun和M.Malfois(DUBBLE-CRG)编写的晶体信息文件(CIF)的扩展,他们报告了最近的修改。S.King(ISIS)确定了飞行时间(TOF)中子数据所需的额外元数据。Marc的匹配sasCIF名称和NeXus元数据名称的文档受到了好评。R.Ghosh(ILL)描述了引入XML(一种快速发展的数据交换标准)作为当前使用的多种文件格式的包装器的努力。人们普遍认为,XML很可能提供逐步引入基于WWW的一维数据和元数据定义的过程。L.Gilbertson(ILL)演示了一个简短的Python脚本如何从简单的GUI驱动轻松访问XML文件。E.Pourmel(NCSA)描述了NCSA开发的层次数据文件。NeXus开发小组采用了第4版来存储原始数据。具有编辑功能的浏览器、H5-View(E.Pourmel)和良好图形(E.Boucher,APS)的演示让在场的人相信,对于复杂的数据存储,应该采用HDF-5。U.Filge(PSI)描述了基于HDF-5的NeXus的新版本。

P.Besecke(ESRF)描述了合并SAXS和WAXS数据时遇到的问题,以及WAXS检测器围绕样本旋转时产生的失真。由于新的SANS仪器可能使用脉冲源,因此处理TOFSANS是一个重要的兴趣所在。E.Litvinenko(JINR)演示了PV-WAVE如何显示和评估TOF-SANS数据。这对于以图形方式检查各种数据质量指标至关重要。R.Hjelm(LANSCE)展示了如何在执行TOF-SANS的最终数据缩减之前定义数据质量。他选择HDF/NeXus作为数据格式,因为它提供了存储复杂原始数据的最佳方法。

用于SAS分析的软件包包括PV-WAVE、IDL、MATLAB、IGOR、OCTAVE以及FIT2D等维护程序。X-window(Unix)或PC-window上的常见依赖性已得到解决,用户可以在这两种平台上看到相同的界面。使用包的主要吸引力在于,包作者解决了计算机平台独立性的问题。

A.Munter(NIST)描述了NIST基于IGOR的系统,但表示不愿继续开发。C.Dewhurst(ILL)基于MATLAB演示了GRASP。这包括许多用于匹配不同仪器配置中采集的数据的自动功能,以及二维拟合等。编译和自由分发MATLAB可执行文件的简单能力是商业软件包的例外。E.Homan(EMBL)演示了使用IDL为ESRF的DUBBLE-CRG SAXS-WAXS光束线开发的集成控制和处理软件。Andy Hammersley(ESRF)表示,他的FIT2D包括高精度工作所需的校准修正。虽然基于GUI,但他想知道此类产品是否可以受益于用于重复操作的宏语言(可能基于Python)。M.Rodman(SRS,Daresbury)介绍了GraphApp,这是一个GUI C库,它可以在PC-window或X-window上编译应用程序。这允许创建独立的可执行文件。

会议专门讨论了纤维衍射、溶液中的生物分子、超合金和绳索等应用。T.Forsyth(ILL)介绍了他对DNA多态性的研究。D.Svergun(EMBL)程序可以忽略元数据并搜索强度Q值表。

A.Rennie(伦敦国王学院)提出了测量微弱信号的问题。当背景较高时,在评估最终结果时需要传播错误。对于纤维等复杂样品,SAS衍射几何结构需要在解释2D SANS衍射图案之前进行校正。他报告说,使用不同的程序套件,在不同的设施中成功地匹配了结果。高通量带来了一个新的挑战,必须开发在线分析以跟踪复杂的测量。

格勒诺布尔、迪德科特和华盛顿的活动家建议继续交换XML数据文件的示例;所有人都同意考虑使用HDF-5实用程序构建复杂测量的样本数据文件的可能性,作为在威尼斯SAS-2002上显示的示例。

大家普遍同意,canSAS应作为讨论分析技术和传播项目信息的论坛,并应创建一个专门用于这些目的的网站。

R.Ghosh,ILL,C.Ferrero,ESRF,格勒诺布尔,2001年10月