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生物危机2006

2006年10月6日至13日，葡萄牙Oeiras

[教程会话]2006年BioCrys2期间在计算机室的典型辅导课程
2006年10月6日至13日，由Maria Arménia Carrondo（葡萄牙ITQB Oeiras）和Thomas Schneider（意大利米兰FIRC分子肿瘤学研究所）组织的第三期生物晶体课程“生物晶体学现代方法基础”在葡萄牙Oeiras.de Tecnologia Químicae Biológica举行。该课程得到了EMBO、MAX-INF2合作网络、BIOXHIT集成项目、IUCr、FEBS、英国文化协会、FLAD、剑桥晶体数据中心、Oeiras委员会、Qiagen和Corning的支持。来自20个国家和10个国家的36名学生和19名导师参加了此次活动。

副标题为“你一直想了解晶体学，但从来不敢问……”，该课程旨在向处于晶体学职业早期阶段的科学家教授高分子晶体学的基本概念。事实上，在学习晶体学中自动化工具的有效使用的同时，理解解决结构生物学难题的基本概念也是至关重要的，这些难题不适用于当前一代的这些工具。

讲座和教程涵盖了从晶体冷却到最终结构模型验证的所有主题。在计算教程中，使用了18台Linux计算机组成的集群，特别是佩德罗·马蒂亚斯（Pedro Matias）和丹尼尔·德桑克蒂斯（Daniele de Sanctis）为课程设置的集群（均来自ITQB）。大多数日子的科学课程以晚间讲座结束，导师或特邀演讲人在讲座中报告了结构生物学的当前主题。

Ed Hough（挪威U.Tromsö）阐述了真实空间和互惠空间中结晶学的基础知识。Sean McSweeney（法国ESRF）概述了X射线源和光束线自动化的原理，Elspeth Garman（英国牛津大学）演讲并演示了晶体冷却和数据采集的实用方面。Kevin Cowtan（英国约克大学）在他的网络教程（www.yorvic.York.ac.UK/~Cowtan/sfapplet/sfentro.html）中指导学生了解结构因素的世界以及它们与电子密度的关系。伊莎贝尔·本托（ITQB）和丹尼尔·德桑克蒂斯（Daniele de Sanctis）在全球网站上浏览了晶体资源，补充了对基础知识的理解。

Zbyszek Dauter（美国阿贡国家实验室）和Andrew Leslie（英国MRC）解决了数据收集的战略问题以及数据处理的理论和实践方面的问题。这包括衍射数据的积分和定标实践。

Gordon Leonard（法国ESRF）介绍了反常散射在高分子晶体学中的应用。Thomas Schneider（意大利IFOM）介绍的子结构解决过程和MAD相位。Kevin Cowtan讨论了用于相位改善的不同密度修改技术的原理，Zbyszek Dauter解释了SAD相位的各个方面。Pedro Matias通过示例介绍并讨论了分子替换。Carlos Frazáo（ITQB）描述了人们遇到的孪晶问题的解决方案。

涵盖的其他主题包括MIR方法（Clemens Vonrhein，Global Phasing，英国）、最大似然（Kevin Cowtan）、对称性（Zbyszek Dauter）以及细化和模型精度（Thomas Schneider）。

剩下两天的主题是分子替换以及手动和自动建模。Anastasis Perrakis（荷兰NKI）从方法学和实践的角度讨论了自动建模和优化。Morten Kjeldgaard（丹麦奥胡斯大学）教授手动建模的原理和实用性。Margarida Archer（ITQB）概述了通过不同验证标准评估模型正确性的工具和概念，补充了对模型构建的讨论。

晚上讲座的主题是Anders Liljas（瑞典隆德大学）的蛋白质合成，Maria Arménia Carrondo（ITQB Oeiras）的RNA降解，以及Peter Donner（德国先灵公司）的蛋白质样品制备。

匿名提交的“刻录问题”由导师在专门的会议上回答。

[合影]BioCrys2006参与者照片组
Oeiras市议会慷慨邀请所有与会者到Caravela Douro餐厅用餐，他们在那里品尝当地美食，亲手介绍当地民间舞蹈。我们感谢赞助商的慷慨支持。我们还感谢ITQB和Mafalda Mateus的信息学工作人员高效地处理了本课程的行政和后勤工作。
主办方玛丽亚·阿尔梅尼亚·卡隆多和托马斯·施奈德