生物危机2004

2004年11月，葡萄牙Oeiras

2004年11月19日至26日，由M.A.Carrondo（葡萄牙ITQB Oeiras）和T.Schneider（意大利米兰FIRC分子肿瘤学研究所）组织的第二期生物晶体课程“生物晶体成像现代方法基础”在葡萄牙Oeiras.de Tecnologia Químicae Biológica举行。该课程得到了MAXINF网络（www.MAXINF.org，HPRI-CT-2000-40021）、SPINE项目（www.spineurope.org，QLG2-CT-2002-00988）和IUCr的支持。它汇集了来自16个不同国家的34名学生和19名导师。

副标题为“你一直想了解晶体学，但从来不敢问……”，该课程旨在向处于晶体学职业早期阶段的科学家教授高分子晶体学的基本理论概念。这一点尤其重要，因为该领域发展迅速，而且许多年轻研究人员没有接受结晶学方面的正规教育。此外，随着高通量方法的引入，理解和掌握现代方法背后的理论对于解决自动化程序无法解决的难题至关重要。

讲座和教程涵盖了从晶体冷却到最终结构模型验证的主题。上午进行讲座，下午进行互动练习和辅导。在计算教程中，P.Matias和M.M.Rato（葡萄牙ITQB）安装了18台Linux计算机。导师或特邀演讲人就结构生物学的当前主题进行了晚间讲座。

E.Hough（U.Tromsö，挪威）阐述了真实空间和互惠空间中结晶学的基础知识。C.Hermes（德国汉堡EMBL）概述了X射线源和探测器的原理，E.Garman（英国牛津大学）讲授并演示了晶体冷却和数据采集的实用方面。K.Cowtan（英国约克郡）在他的网络教程（www.yorvic.York.ac.UK/~Cowtan/sfapplet/sfentro.html）中指导学生了解结构因子的世界以及它们与电子密度的关系。对基础知识的理解得到了F.Enguita（ITQB Oeiras，P）在互联网上提供的晶体资源之旅的补充。

Z.Dauter（美国阿贡国家实验室）和A.Leslie（英国剑桥MRC）解决了数据收集的战略问题和数据处理原则。其中包括Z.Dauter提供的关于“如何阅读（和理解……）国际表格”的教程。

接下来的讲座和教程集中在实验阶段。G.Leonard（法国格勒诺布尔ESRF）介绍了反常散射在高分子晶体学中的应用。C.Vonrhein（英国剑桥全球阶段）在一篇教程中讨论并演示了MIR方法。T.Schneider（意大利米兰IFOM）介绍的子结构解决方案过程和MAD阶段。K.Cowtan讨论了用于相位改善的不同密度修改技术的原理，Z.Dauter随后解释了SAD-相位的各个方面。通过P.Matias的例子介绍并讨论了分子置换。T.Schneider讲授了精细化和模型精度，C.Frazáo描述了如何解决孪晶遇到的特殊问题。今天的教程仍然关注阶段化（T.Schneider的MAD阶段化和K.Cowtan的密度修改）。

过去两天的主题是分子替换以及手动和自动建模。A.McCoy（英国剑桥大学）介绍了结晶学中使用的最大似然的基本概念，然后引导学生们在分子替换中实际使用这些概念。a.Perrakis（荷兰阿姆斯特丹NKI）从方法论和实践的角度讨论了自动模型构建和优化。M.Kjeldgaard教授手动建模的原理和实用性。模型构建的讨论得到了K.Wilson（英国约克大学）对原子分辨率晶体学可实现的功能以及M.Archer（葡萄牙ITQB Oeiras）如何通过不同验证标准评估模型正确性的概述的补充。晚间讲座包括A.Liljas（瑞典隆德大学）关于核糖体的两次讲座，ESRF自动化概述（G.Leonard）和SPINE概述（K.Wilson）。

在整个课程中，可以使用一个盒子，匿名提交有关结晶学的具体“紧迫问题”。这些问题后来在一次特别会议上得到了导师的回答。这被证明是非常受欢迎的，并为导师提供了宝贵的反馈。

所有参与者都住在同一家酒店，这提供了一个极好的互动环境。Oeiras市议会慷慨邀请所有参与者在该地区的历史地标Fabrica de Pólvora共进晚餐。另一晚在一家典型的葡萄牙餐厅度过，享用当地美食和当地民间舞蹈。

我们感谢欧盟和国际晶体学联合会的慷慨支持，使我们得以组织第二期结晶学基础课程。我们还感谢ITQB的信息学工作人员，特别是M.Mateus，感谢他对课程管理和后勤的有效处理。