猿 swMATH ID: 4569 软件作者： 伊曼纽尔·帕拉迪斯、本·博尔克、朱利安·克劳德、霍森·库恩、理查德·德斯珀、贝诺伊特·杜兰德、朱利恩·杜泰尔、奥利维尔·加斯库尔、克里斯托夫·海布尔、丹尼尔·劳森、文森特·勒福特、皮埃尔·勒让德、吉姆·莱蒙、伊冯尼克·诺埃尔、约翰·尼兰德、雷内尔·奥普根·瑞恩、安德烈·阿林·波佩斯库、克劳斯·施利普、科尔比尼安·斯特里默、达米安·德维埃纳 描述： R package ape：系统发育和进化分析，ape提供阅读、书写、绘制和操作系统发育树的功能，在系统发育框架中分析比较数据，祖先特征分析，多样性和宏观进化分析，计算等位基因和核苷酸数据的距离，读取和写入核苷酸序列，以及一些工具，如Mantel检验、最小生成树、广义天际线图、系统发育数据的图形探索（alex、trex、kronoviz）、使用平均路径长度和惩罚可能性估计绝对进化率和类时钟树。可以使用NJ、BIONJ、ME、MVR、SDM和三角形方法以及处理不完全距离矩阵的几种方法（NJ*、BIONJ*、MVR*和相应的三角形方法）进行系统发育估计。一些函数调用外部应用程序（PhyML、Clustal、T-Coffee、Muscle），其结果返回到R。 主页： http://cran.r-project.org/web/packages/ape/ 源代码： https://github.com/cran/ape 依赖项： R（≥2.6.0） 相关软件： R（右）;植物醇;ggplot2;贝叶斯先生;GEIGER公司;潘戈恩;生物导体;集群（R）;ade4（ade4）;质量（R）;PAUP公司*;apTreeshape（树形图）;MAFFT公司;记录仪;菲利普;野兽;网络;卢比;BEAUti公司;收益率 引用于： 61文件 全部的 前5名131位作者引用 5 伊曼纽尔·帕拉迪斯 三 马雷克·菲舍尔 三 鲁里科·吉田 2 巴托斯克·克日什托夫（Krzysztof Bartoszek） 2 丹尼尔·博尔卡德 2 加尔迪，加博尔 2 迪迪埃，吉尔 2 弗朗索瓦，奥利维尔 2 弗朗索瓦·吉列 2 Jhwueng、Dweeng-Chwuan 2 索菲·凯斯廷（Sophie J.Kersting）。 2 埃里克·D·科拉克。 2 皮埃尔·勒让德 2 林波 2 帕沃恩、桑德琳 2 曼努埃拉·罗耶尔·卡伦齐 2 克里斯蒂娜·威克 1 卡特·艾伦 1 阿米里，赛义德 1 斯塔凡·安德森 1 塞西尔·安内 1 斯图亚特·巴伯 1 本杰明·鲍默。 1 贝尔，雷纳 1 罗杰·比万德。 1 迈克尔·布卢姆。 1 洛伦佐·卡佩略 1 杰克·卡森 1 玛尔塔·卡萨内拉·赖斯 1 常玉洲 1 迈克尔·查尔斯顿。 1 陈友华 1 钟东军 1 Chung，Hee Cheol先生 1 Bertrand S.克拉克。 1 克拉克、詹妮弗·林恩 1 朱利安·克劳德 1 安德烈，你好 1 卡罗来纳州科斯塔。 1 洛林·克劳福德 1 马蒂亚斯·德梅尔 1 塞巴斯蒂安·迪瓦拉德 1 迪帕克·库马尔（Dipak Kumar） 1 哈维尔·迪德洛 1 迈克尔·G·埃利奥特。 1 Fernández-Sánchez，耶苏斯 1 费拉罗，玛丽亚·布里吉达 1 卢卡·费雷蒂 1 费比安·弗伦德 1 朱莉娅·福山 1 玛丽娜·加罗特·洛佩斯 1 伊琳娜·盖纳诺娃 1 葛、李 1 沃尔特·吉尔克斯。 1 保罗·E·佐丹尼。 1 Sylvain Glémin 1 格雷，拉塞尔·D。 1 阿里夫·古斯南托 1 托马斯·汉森。 1 佐敦·J·海因。 1 丽娜·赫伯斯特 1 何林思彤 1 巴巴拉·霍兰德。 1 肯特·霍辛格（Kent E.Holsinger）。 1 尼古拉斯·乔恩·霍顿 1 阿纳斯塔西亚·伊格纳蒂耶娃 1 彼得·贾维斯。 1 保罗·A·詹金斯。 1 拉尔斯·杰米因。 1 姜勋 1 桑巴特·琼巴特 1 迈克尔·乔斯维格 1 英格马尔·卡吉 1 萨拉·卡利什尼克·维罗夫舍克 1 丹尼尔·卡普兰（Daniel T.Kaplan）。 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 金恒俊（Kim，Hang Joon） 1 劳拉·索尔特·库巴特科 1 安娜玛丽·路易斯·库恩 1 马丁·拉斯库克斯 1 爱丽丝·莱达 1 李子海 1 沃尔克马尔·利布舍尔 1 刘家国 1 马亨德拉·马里亚达索 1 瓦西里厄斯·马卢拉斯 1 弗拉维亚医学博士马奎蒂。 1 弗朗西丝卡·马特拉 1 马丁内斯·德·阿奎尔（Martinez de Aguiar）、马库斯·阿洛伊齐奥（Marcus Aloizio） 1 塞林·米奥兰 1 莫诺德、安提亚 1 彼得·莫斯塔德 1 布莱恩·尼隆（Brian H.Neelon）。 1 倪，杨 1 尼科尔斯，杰夫·K。 1 科琳·努尼 1 O'Reilly，Małgorzata M。 1 朱莉娅·帕拉西奥斯（Julia A.Palacios）。 1 帕蒂尼奥·加林多，胡安·安格尔 1 佩雷斯，S.伊万 …还有31位作者 全部的 前5名27篇连载文章中引用 12 理论生物学杂志 7 使用R！ 5 数学生物学公报 5 应用统计学年鉴 4 数学生物科学 2 数学生物学杂志 2 SIAM离散数学杂志 2 计算统计与数据分析 2 计算与图形统计杂志 1 物理A 1 统计数学研究所年鉴 1 生物计量学 1 理论种群生物学 1 统计与概率信件 1 计算统计学 1 数学编程。A系列B系列 1 测试 1 统计论文 1 英国皇家统计学会杂志。B.系列统计方法 1 生物系统杂志 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算生物学 1 数学 1 SIAM应用代数和几何杂志 1 查普曼和霍尔/CRC统计科学系列教材 1 分子生物学方法 1 行为计量学：人类行为的定量方法 全部的 前5名16个领域引用 45 生物学和其他自然科学（92-XX） 31 统计学（62-XX） 10 概率论与随机过程（60-XX） 7 组合数学（05-XX） 5 计算机科学（68-XX） 4 总体主题；集合（00-XX） 4 运筹学、数学规划（90-XX） 三 代数几何（14-XX） 2 凸和离散几何（52-XX） 2 数值分析（65-XX） 2 博弈论、经济学、金融和其他社会和行为科学（91-XX） 1 交换代数（13-XX） 1 复变量的函数（30年XX月） 1 功能分析（46倍X倍） 1 代数拓扑（55-XX） 1 信息和通信理论，电路（94-XX） 按年份列出的引文