植物醇

包装植物醇:比较生物学(和其他东西)的系统发育工具:包装包含了系统发育分析的各种功能。这种功能集中在物种比较数据的系统发育分析中。例如,该软件包包括用于贝叶斯和ML祖先状态估计的函数;特征进化的可视化模拟;用多个布朗率和相关性拟合特征进化模型;使用颜色或投影到特征空间来可视化离散和连续的特征进化;识别变化的位置在树的特征进化速率方面;在其它几种连续性状进化模型下的快速布朗运动模拟与模拟;拟合一个相关的二元性状进化模型;利用连续特征数据和ML来定位化石或最近灭绝的谱系在树上的位置;通过时间绘制谱系积累,包括跨多棵树(如贝叶斯后验样本);进行称为随机特征映射的分析,其中离散性状的特征历史从模型下的后验概率分布中取样;进行多重(即部分)Mantel检验;拟合预测变量和响应变量误差的系统发育回归模型;进行系统发育主成分分析、系统发育回归、简化长轴回归、系统发育典型相关分析和系统发育方差分析;将树投影到地图上;模拟离散特征在一个模型下,在一个离散的历史模型下进化。除了这种系统发育比较方法的功能外,该软件包还包含用于系统发育生物学的其他广泛用途的功能。例如,该软件包中的功能包括(但不限于):将分类单元添加到树中(包括随机、随处或自动添加到属);为一组分类单元生成所有双分支和多分支树;将系统发育简化为主干树;向特殊类型的系统发育树删除提示或添加提示;将树导出为XML文件;将具有映射字符的树转换为具有单节点和每边一个字符状态的树;使用最小二乘法估计系统发育;模拟各种条件下的生灭树;重新定位树;树的各种可视化;以及系统发育生物学家可能会发现对他们的研究有用的其他各种操作和分析。


zbMATH参考文献(13篇文章引用)

显示第13至第13个结果。
按年份排序(引用)

  1. Jhwueng,Dwueng Chwuan:使用Cox-Ingersoll-Ross过程的自适应特征进化率建模:一种近似的贝叶斯计算方法(2020)
  2. Mitov,Venelin;Bartoszek,Krzysztof;Asimomitis,Georgios;Stadler,Tanja:带偏移的多变量高斯系统发育模型的快速似然计算(2020年)
  3. 肖恩·威尔金森(Shaun Wilkinson),西蒙·戴维(Simon Davy):《系统发育图:嵌套列表系统发育分析的R包》(2018)不是zbMATH
  4. Uyttendaele,Nathan:关于嵌套阿基米德copula的估计:理论和实验比较(2018)
  5. Venelin Mitov;Krzysztof Bartoszek;Georgios Asimomitis;Tanja Stadler:多变量系统发育比较方法的快速似然评估:PCMBase R软件包(2018)阿尔十四
  6. 基思,乔纳森M.(编辑):生物信息学。第一卷:数据、序列分析和进化(2017)
  7. Wicke,Kristina;Fischer,Mareike:比较从两个生物多样性指数获得的排名:公平比例指数和Shapley值(2017年)
  8. Ioana Manolopoulou,Axel Hille:BPEC:贝叶斯系统地理和生态聚类的R包(2016)阿尔十四
  9. Royer Carenzi,Manuela;Didier,Gilles:数量性状祖先状态重建方法的比较(2016)
  10. Carl Richer和Phylor-Chamberly,2015年用XML和Carl-Richer-Chamberly、Richer-Chamberly和Rottia-character合著阿尔十四
  11. Cybis,Gabriela B.;Sinsheimer,Janet S.;Bedford,Trevor;Mather,Alison E.;Lemey,Philippe;Suchard,Marc A.:通过多元系统发育潜在责任模型评估表型相关性(2015年)
  12. Elliot,Michael G.:关于相关进化的相同推论来自于祖先状态重建和独立对比(2015)
  13. Swenson,Nathan G.:R的功能和系统发育生态学(2014)