植物醇

包装植物醇:比较生物学(和其他东西)的系统发育工具:包装包含了系统发育分析的各种功能。这种功能集中在物种比较数据的系统发育分析中。例如,该软件包包括用于贝叶斯和ML祖先状态估计的函数;性状进化的可视化模拟;利用多重布朗率和相关系数拟合性状进化模型;使用颜色或投影到特征空间,可视化离散和连续的字符进化;识别树上字符进化速率变化的位置;快速布朗运动模拟和其他几种连续性状进化模型下的模拟;拟合相关二元性状进化模型;利用ML的连续特征数据定位一个化石或一个最近灭绝的谱系在树上的位置;绘制谱系积累随时间的变化,包括跨越多棵树(如贝叶斯后验样本);进行一种称为随机特征映射的分析,其中离散性状的特征历史是从模型下的后验概率分布中取样的;进行多次(即部分)壁炉试验;在预测变量和响应变量存在误差的情况下拟合系统发育回归模型;进行系统发育主成分分析、系统发育回归、简化长轴回归、系统发育典型相关分析和系统发育方差分析;把一棵树投影到地图上;在树上模拟离散字符历史;在阈值模型下拟合离散特征演化的模型。除了这种系统发育比较方法的功能外,该软件包还包含用于系统发育生物学的其他广泛用途的功能。例如,这个软件包中的功能包括(但不限于):向树中添加分类单元(包括随机、随处或自动添加到属);为一组分类群生成所有双叉树和多叉树;将系统发育简化为主干树;在系统发育树的特殊类型中添加或删除提示;将树导出为XML文件;将具有映射字符的树转换为具有单节点节点和每边一个字符状态的树;用最小二乘法估计系统发育;模拟一系列条件下的生死树;重新定位树木;各种各样的树木形象;以及系统发育生物学家可能会发现对他们的研究有用的其他各种操作和分析。


zbMATH中的参考文献(参考文献13条)

显示结果1到13,共13个。
按年份排序(引用)

  1. Jhwueng,Dwueng Chwuan:使用Cox-Ingersoll-Ross过程的自适应特征进化率建模:一种近似的贝叶斯计算方法(2020)
  2. 米托夫,维尼林;巴托斯泽克,克鲁兹托夫;亚细菌炎;Stadler,Tanja:带偏移的多变量高斯系统发育模型的快速似然计算(2020)
  3. 肖恩·威尔金森(Shaun Wilkinson),西蒙·戴维(Simon Davy):《系统发育图:嵌套列表系统发育分析的R包》(2018)不是zbMATH
  4. Uyttendaele,Nathan:关于嵌套阿基米德copula的估计:理论和实验比较(2018)
  5. 丝裂霉素;巴托斯泽克;亚洲乔治亚炎;Tanja Stadler:多变量系统发育比较方法的快速似然评估:PCMBase R包(2018)阿尔十四
  6. 基思,乔纳森M(生物信息学。第一卷。数据、序列分析和进化(2017)
  7. 威克,克里斯蒂娜;Fischer,Mareike:比较从两个生物多样性指数获得的排名:公平比例指数和Shapley值(2017年)
  8. Ioana Manolopoulou,Axel Hille:BPEC:贝叶斯系统地理和生态聚类的R包(2016)阿尔十四
  9. Royer Carenzi,曼努埃拉;Didier,Gilles:数量性状祖先状态重建方法的比较(2016)
  10. Carl Boettiger,Scott Chamberlain,Rutger Vos,Hilmar Lapp:RNeXML:R中用于阅读和编写具有丰富注释的系统发育、特征和特征数据的软件包(2015)阿尔十四
  11. 西比斯,加布里埃拉B。;辛希默,珍妮特S。;贝德福德,特雷弗;马瑟,艾莉森E。;莱米,菲利普;Suchard,Marc A.:通过多元系统发育潜在责任模型评估表型相关性(2015)
  12. Elliot,Michael G.:关于相关进化的相同推论来自于祖先状态重建和独立对比(2015)
  13. Swenson,Nathan G.:R的功能和系统发育生态学(2014)