飞溅
单细胞RNA测序数据的简单模拟
生物导体版本:释放(3.19)
Splatter是一个模拟单细胞RNA测序计数数据的软件包。它提供了一个简单的界面,用于创建可重复且有良好文档记录的复杂仿真。可以从真实数据中估计参数,并提供用于比较真实数据集和模拟数据集的函数。
作者:卢克·扎皮亚[aut,cre](,lazappi),Belinda Phipson[aut](,bphipson),Christina Azodi[ctb](,azodicr),Alicia Oshlack[aut]
维护人员:卢克·扎皮亚(Luke Zappia)
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“飞溅”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“飞溅”)
细节
生物视图 |
基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学 |
版本 |
1.28.0 |
在生物导体中 |
生物碳3.5(R-3.4)(7.5年) |
许可证 |
GPL-3+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.0),单细胞实验 |
进口 |
生物遗传学,生物并行,将死(>= 2.0.0),蜡笔,边缘R,菲迪斯特普卢斯,gr设备,位置匹配,矩阵统计、方法、,爱尔兰航空公司,S4载体,舷窗,统计,总结性实验,实用程序,用r |
系统要求 |
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统一资源定位地址 |
https://bioconductor.org/packages/splatter网站/ https://github.com/Oshlack/splatter网站 |
Bug报告 |
https://github.com/Oshlack/splatter/issues网站 |
查看更多
建议 |
BASiCS公司(>= 1.7.10),生物技术经理,生物奇异性,生物风格,生物串,冠状病毒,奶牛场,基因组信息Db,基因组范围,ggplot2(>= 3.4.0),I范围,记录仪,针织物,limSolve(极限解算),lme4公司,魔法,货币金融机构,现象疗法,进步,预处理核心,pscl公司,rmarkdown公司,规模,散射(>= 1.15.16),标准尽职调查,尖叫声,备用DC,拼写,测试那个,变量注释,锌波 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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导入我 |
SCRIP公司 |
建议我 |
ccImpute(计算),马斯特R,NewWave公司,烤饼,scPCA公司,智能ID,西尔帕姆 |
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生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。