飞溅

单细胞RNA测序数据的简单模拟


生物导体版本:释放(3.19)

Splatter是一个模拟单细胞RNA测序计数数据的软件包。它提供了一个简单的界面,用于创建可重复且有良好文档记录的复杂仿真。可以从真实数据中估计参数,并提供用于比较真实数据集和模拟数据集的函数。

作者:卢克·扎皮亚[aut,cre](,lazappi),Belinda Phipson[aut](,bphipson),Christina Azodi[ctb](,azodicr),Alicia Oshlack[aut]

维护人员:卢克·扎皮亚(Luke Zappia)

引文(从R中输入引文(“飞溅”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“飞溅”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“飞溅”)
Splatter软件包简介 HTML格式 R脚本
溅射模拟参数 HTML格式 R脚本
喷溅模拟 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,单个单元格,软件,转录组学
版本 1.28.0
在生物导体中 生物碳3.5(R-3.4)(7.5年)
许可证 GPL-3+文件许可证
取决于 R(>=4.0),单细胞实验
进口 生物遗传学,生物并行,将死(>= 2.0.0),蜡笔,边缘R,菲迪斯特普卢斯,gr设备,位置匹配,矩阵统计、方法、,爱尔兰航空公司,S4载体,舷窗,统计,总结性实验,实用程序,用r
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/splatter网站/ https://github.com/Oshlack/splatter网站
Bug报告 https://github.com/Oshlack/splatter/issues网站
查看更多
建议 BASiCS公司(>= 1.7.10),生物技术经理,生物奇异性,生物风格,生物串,冠状病毒,奶牛场,基因组信息Db,基因组范围,ggplot2(>= 3.4.0),I范围,记录仪,针织物,limSolve(极限解算),lme4公司,魔法,货币金融机构,现象疗法,进步,预处理核心,pscl公司,rmarkdown公司,规模,散射(>= 1.15.16),标准尽职调查,尖叫声,备用DC,拼写,测试那个,变量注释,锌波
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 飞溅_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 飞溅_1.28.0.zip(仅64位)
macOS二进制(x86_64) 飞溅_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64) 飞溅_1.28.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/splater网址
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/飞溅
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/splatter网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/splatter网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包 源存档