额外ChIP
使用ChIP-Seq数据的附加功能
生物导体版本:释放(3.19)
此包构建在现有工具的基础上,并添加了一些简单但非常有用的功能,用于处理ChIP-Seq数据。重点是检测差异绑定窗口/区域。一组函数专注于保留GRanges对象的MCOL的设置操作,而另一组函数则帮助可视化结果。还实现了对隐藏对象的强制。
作者:史蒂夫·佩德森(Stevie Pederson)[aut,cre]
维护人员:史蒂维·佩德森<stephen.Pederson.au在gmail.com>
引文(从R中输入引文(“extraChIP”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“extraChIP”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“附加ChIP”)
细节
生物视图 |
ChIPSeq公司,新闻报道,HiC公司,排序,软件 |
版本 |
1.8.5 |
在生物导体中 |
生物柴油3.15(R-4.2)(2.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
BiocParallel公司,R(>=4.2.0),基因组范围,ggplot2(>= 3.5.0),ggside公司(>= 0.3.1),总结性实验,易怒的 |
进口 |
生物信息组织,扫帚,复杂翻转,计算机辅助焊接,数字播放器(>= 1.1.1),边缘R(>= 4.0),对于猫,基因组信息Db,基因组相互作用,gg力,GG排斥,胶,grDevices,网格,交互集,I范围,矩阵统计、方法、,拼凑,R彩色啤酒,爱尔兰航空公司,Rsamtools软件,rtracklayer公司,S4载体,规模,统计,字符串,第三年,潮汐选择,实用程序,压控变压器,VennDiagram公司 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/smped/extraChIP |
错误报告 |
https://github.com/smped/extraChIPs/问题 |
查看更多
建议 |
阿佩格尔姆,仿生风格,覆盖(covr),设计2,强化热图,Gviz公司,和声手段,在这里,针织物,利马,马格里特,plyranges系列,量子,市场营销,测试那个(>= 3.0.0),潮韵诗 |
链接到 |
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增强功能 |
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取决于我 |
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建议我 |
motif测试R,变速箱R |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。