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阿菲

Affymetrix寡核苷酸阵列的方法


生物导体版本:释放(3.19)

该软件包包含用于探索性寡核苷酸阵列分析的功能。对tkWidgets的依赖只涉及很少的便利功能。”没有它,affy的功能就完全正常了。

作者:Rafael A.Irizarry<rafa at ds.dfci.harvard.edu>、Laurent Gautier<lgautier at gmail.com>、Benjamin Milo Bolstad<bmb at bmbolstad.com>和Crispin Miller<cmiller at picr.man.ac.uk>,由Magnus Astrand<Magnus提供。Astrand at astrazeneca.com>、Leslie M.Cope<Cope at mts.jhu.edu>、Robert Gentleman、Jeff Gentry、Conrad Halling<challing at agilixcorp.com>、Wolfgang Huber、James MacDonald<jmacdon at u.washington.edu>、Benjamin I.P.Rubinstein、Christopher Workman<Workman at cbs.dtu.dk>、John Zhang

维护人员:Robert D.Shear在ds.dfci.harvard.edu>

引文(从R中输入引文(“affy”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“affy”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览Vignette(“affy”)
1.底漆 PDF格式 R脚本
2.内置处理方法 PDF格式 R脚本
3.自定义处理方法 PDF格式 R脚本
4.导入方法 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 微阵列,一个频道,预处理,软件
版本 1.82.0
在生物导体中 BioC 1.6(R-2.1)或更早(>19年)
许可证 LGPL(>=2.0)
取决于 R(>=2.8.0),生物遗传学(>= 0.1.12),博科生物(>= 2.5.5)
进口 阿菲奥(>=1.13.3),BiocManager,图形,grDevices,方法,预处理核心,统计,实用程序,zlibbico公司
系统要求
统一资源定位地址 https://bioconductor.org/packages/affy
错误报告 https://github.com/rafalab/affy/issues
查看更多
建议 tk小工具(>= 1.19.0),艳阳花,小部件工具,hgu95av2cdf
链接到 预处理核心
增强功能
取决于我 affy康塔姆,艳阳花,affyPLM公司,AffyRNA降解,AgiMicroRna公司,ALLMLL公司,阿替克芬,AmpAffy示例,阵列Mvout,巴热,支气管IL13,黑猩猩脑数据,CLL公司,科尔莫蒂,管理的膀胱数据,药物与病毒疾病,ecoli亮氨酸,ExiMiR公司,农场,frma工具,全球气候变化评估,Hiiragi 2013年,maPredictDSC(预测DSC),MAQ子集,蒙克巴德,mvoutData(mvout数据),摇晃,预选赛,PREDA样本,qpcr标准,参考Plus,里萨,注册退休人员,扫描。通用产品代码,峰值输入,插入子集,韦比奥克,XhybCasneuf公司
导入我 附加核心工具,affyILM公司,affylmGUI,阵列质量指标,bnem公司,咖啡馆,ChIPXpress公司,科尔莫蒂,十字形的,德索萨2013,多斯切达,农场,ffpe公司,frma公司,全球气候变化评估,GEO提交,刺耳的灯光,HTqPCR技术,i检查,卢米,马克德芬夫,模仿者,M数据库,PECA公司,,美洲狮,聚醋酸乙烯酯,rat2302frmavecs公司,rCGH公司,单位,签名搜索数据,静态Ra,平铺数组,涡轮正常值,vsn(vsn)
建议我 注释锻造,阵列Express,阵列,ath1121501frmavecs标准,自治,beadarray公司,beadarraySNP公司,生物遗传学,生物串,缓冲矩阵方法,类别比较,生态石,雌激素,事实设计,ffpe示例数据,基因区域扫描,利马,制作4,钢琴,PREDA公司,质量计量学,可运行的,siggenes基因,TCG生物链
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 affy_1.82.0.tar.gz
Windows二进制 affy_1.82.0.zip版本(仅64位)
macOS二进制(x86_64) affy_1.82.0.tgz
macOS二进制(arm64) affy_1.82.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/affy网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/affy
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/affy/
包短Url https://bioconductor.org/packages/affy/
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