十字形的
微阵列数据的跨平台元分析
生物导体版本:释放(3.18)
对Affymentrix、Illumina和Agilent微阵列数据进行跨平台和跨物种的元分析。该软件包自动化了诸如下载、规范化和注释原始GEO数据等常见任务。然后,用户选择对照和治疗样本,以便对所有比较进行差异表达分析。在分别分析每个对比度后,用户可以为每个对比度选择组织来源,并指定应分组用于后续荟萃分析的任何组织来源。
作者:亚历克斯·皮克林
维护人员:亚历克斯·皮克林(Alex Pickering)
引文(从R中输入引文(“crossmeta”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“crossmeta”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览渐晕图(“crossmeta”)
细节
生物视图 |
注释,BatchEffect(批次效果),差异表达式,图形用户界面,基因表达式,微阵列,一个频道,预处理,软件,组织微阵列,转录 |
版本 |
1.28.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年) |
许可证 |
MIT+文件许可证 |
取决于 |
R(>=4.0) |
进口 |
阿菲(>= 1.52.0),affxparser软件(>= 1.46.0),注释Dbi(>= 1.36.2),博科生物(>= 2.34.0),生物遗传学(>=0.20.0),生物管理器(>=1.30.4),DT(>=0.2),DBI(>=1.0.0),数据表(>=1.10.4),边缘R,fdrtool(>=1.2.15),地理查询(>= 2.40.0),利马(>=3.30.13),矩阵统计(>=0.51.0),metaMA(>=3.1.2),miniUI(>=0.1.1),方法,寡(>=1.38.0),读卡器(>=1.0.6),RCurl(>=1.95.4.11),RSQLite(>=2.1.1),字符串(>=1.2.0),特别行政区(>=3.22.0)、闪亮(>=1.0.0)、闪耀js(>=2.0.0),闪耀BS(>=0.61),闪亮Widgets(>=0.5.3)、闪光灯(>=0.1.0)、tible、XML(>=3.98.1.17)、readxl(>=1.3.1) |
系统要求 |
libxml2:libxml2-dev(deb),libxml2-dev(rpm)libcurl:libcurl4-openssl-dev(deb,openssl@1.1(酿造) |
统一资源定位地址 |
https://github.com/alexvpickering/crossmeta |
错误报告 |
https://github.com/alexvpickering/crossmeta/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。