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十字形的

微阵列数据的跨平台元分析


生物导体版本:释放(3.18)

对Affymentrix、Illumina和Agilent微阵列数据进行跨平台和跨物种的元分析。该软件包自动化了诸如下载、规范化和注释原始GEO数据等常见任务。然后,用户选择对照和治疗样本,以便对所有比较进行差异表达分析。在分别分析每个对比度后,用户可以为每个对比度选择组织来源,并指定应分组用于后续荟萃分析的任何组织来源。

作者:亚历克斯·皮克林

维护人员:亚历克斯·皮克林(Alex Pickering)

引文(从R中输入引文(“crossmeta”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“crossmeta”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“crossmeta”)
交叉渐晕 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
许可证 文本

细节

生物视图 注释,BatchEffect(批次效果),差异表达式,图形用户界面,基因表达式,微阵列,一个频道,预处理,软件,组织微阵列,转录
版本 1.28.0
在生物导体中 生物柴油3.4(R-3.3)(7.5年)
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.0)
进口 阿菲(>= 1.52.0),affxparser软件(>= 1.46.0),注释Dbi(>= 1.36.2),博科生物(>= 2.34.0),生物遗传学(>=0.20.0),生物管理器(>=1.30.4),DT(>=0.2),DBI(>=1.0.0),数据表(>=1.10.4),边缘R,fdrtool(>=1.2.15),地理查询(>= 2.40.0),利马(>=3.30.13),矩阵统计(>=0.51.0),metaMA(>=3.1.2),miniUI(>=0.1.1),方法,(>=1.38.0),读卡器(>=1.0.6),RCurl(>=1.95.4.11),RSQLite(>=2.1.1),字符串(>=1.2.0),特别行政区(>=3.22.0)、闪亮(>=1.0.0)、闪耀js(>=2.0.0),闪耀BS(>=0.61),闪亮Widgets(>=0.5.3)、闪光灯(>=0.1.0)、tible、XML(>=3.98.1.17)、readxl(>=1.3.1)
系统要求 libxml2:libxml2-dev(deb),libxml2-dev(rpm)libcurl:libcurl4-openssl-dev(deb,openssl@1.1(酿造)
统一资源定位地址 https://github.com/alexvpickering/crossmeta
错误报告 https://github.com/alexvpickering/crossmeta/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 十字交叉_1.28.0.tar.gz
Windows二进制 crossmeta_1.28.0.zip
macOS二进制(x86_64) 十字形_1.28.0.tgz
macOS二进制(arm64) 十字形_1.28.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta网址
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crossmeta
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/crossmeta/
包短Url https://bioconductor.org/packages/crossmeta/
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