短读
FASTQ输入和操作
生物导体版本：释放（3.19）
这个包实现了FASTQ文件的采样、迭代和输入。该软件包包括过滤和修剪读数以及生成质量评估报告的功能。数据被表示为DNAStringSet-derived对象，并易于出于多种目的进行操作。该包还包含对早期单端未映射对齐格式的传统支持。
作者：Bioconductor Package Maintainer[cre]、Martin Morgan[aut]、Michael Lawrence[ctb]、Simon Anders[ctb）、Rohit Satyam[ctb】（转换概述。从Swave到RMarkdown/HTML的Rnw vignette）、J Wokaty[ctb
维护人员：Bioconductor Package Maintainer＜维护人员在Bioconductor.org＞
引文（从R中输入引文（“ShortRead”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“ShortRead”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“ShortRead”）
细节
| 生物视图 |
数据导入,质量控制,排序,软件 |
| 版本 |
1.62.0 |
| 在生物导体中 |
生物C 2.3（R-2.8）（16岁） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
生物遗传学(>= 0.23.3),生物并行,生物串(>= 2.47.6),Rsamtools软件(>= 1.31.2),基因组比对(>= 1.15.6) |
| 进口 |
博科生物,S4载体(>= 0.17.25),I范围(>= 2.13.12),基因组信息Db(>= 1.15.2),基因组范围(>= 1.31.8),pwalling（pwallign）,h写入程序、方法、，zlibbico公司,晶格,额外晶格 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://bioconductor.org/packages/ShortRead https://github.com/Bioconductor/ShortRead https://support.bioconductor.org/tag/ShortRead |
| Bug报告 |
https://github.com/Bioconductor/ShortRead/issues网站 |
查看更多
| 建议 |
生物风格,RUnit（运行单位）,生物反应器,基因组特征,酵母Nagalakshmi,针织物 |
| 链接到 |
S4载体,I范围,十六矢量,生物串,Rhtslib公司,zlibbico公司 |
| 增强功能 |
|
| 取决于我 |
芯片序列,EDASeq公司,esATAC公司,吉拉菲,HTSeqGenie软件,OTU基地,Rqc（质量控制）,段序列,系统管道R,伊顿EtAlChIPseq,NestLink公司,排序,减震器 |
| 导入我 |
放大器,基本质量控制,跳动,单元格条形码,芯片序列,ChIPseqR公司,ChIPsim公司,圆形序列对齐Tk,数据2,easyRNA序列,快速清洁剂,GOTHiC公司,冰茶,离子加速器,核素R,QuasR公司,R453Plus 1工具箱,RSV模拟,邋遢的,UMI4猫,seqpac公司,DBTC公司,genBaR代码 |
| 建议我 |
生物并行,CSAR公司,火焰,基因组比对,发出砰的声响,Repitools公司,Rsamtools软件,S4载体,HiCData淋巴细胞,系统管道数据,酵母RNA序列 |
| 指向我的链接 |
|
| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
