SeqArray（序列阵列）

大规模全基因组序列变异调用的数据管理

生物导体版本：释放（3.19）

大规模全基因组测序变体调用的数据管理，包含数千个个体：SeqArray GDS文件中的基因型数据（例如SNV、indels和结构变异调用）和注释以面向数组的压缩方式存储，并使用R编程语言进行高效数据访问。

作者：郑秀文[aut，cre]、斯蒂芬妮·戈加滕【aut】、大卫·莱文【ctb】、凯西·劳丽【ctb）

维护人员：郑秀文（音译）

引文（从R中输入引文（“SeqArray”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“SeqArray”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览Vignette（“SeqArray”）

生物视图	数据表示,遗传学,基础设施,排序,软件
版本	1.44.2
在生物导体中	生物技术2.12（R-3.0）（11.5年）
许可证	GPL-3公司
取决于	R（>=3.5.0），gdsfmt公司(>= 1.31.1)
进口	方法，并行，I范围,基因组范围,基因组信息Db,生物串,S4载体
系统要求
统一资源定位地址	https://github.com/zhengxwen/SeqArray网站
Bug报告	https://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues网站

建议	博科生物,生物遗传学,生物并行,RUnit（运行单位）,卢比,SNP关联,消化,蜡笔,针织物,降价,rmarkdown公司,Rsamtools软件,变量注释
链接到	gdsfmt公司
增强功能
取决于我	GBS清洁剂,SAIGEgds公司,SeqVarTools（序列变量工具）
导入我	GDS阵列,起源,ggmanh公司,变型实验
建议我	延迟数据帧,HIBAG公司,VCF阵列,GMMAT公司,MAGEE公司
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	序列阵列_1.44.2.tar.gz
Windows二进制	SeqArray_1.44.2.zip序列
macOS二进制（x86_64）	序列阵列_1.44.1.tgz
macOS二进制（arm64）	序列数组_1.44.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqArray
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/SeqArray
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/SeqArray网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/SeqArray网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.19的旧源程序包	源存档