PureCN公司
使用目标短读序列进行拷贝号码呼叫和SNV分类
生物导体版本：释放（3.19）
该软件包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性丢失（LOH），并根据体细胞状态和克隆性对单核苷酸变体（SNV）进行分类。PureCN是为目标短读测序数据设计的，与标准体细胞变异检测和拷贝数管道很好地集成，并支持不匹配正常样本的肿瘤样本。
作者：马库斯·里斯特[aut，cre]
，安加德·辛格[aut]
维护人员：马库斯·里斯特（Markus Riester）<Markus.Riester at novartis.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“PureCN”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“PureCN”）
细节
| 生物视图 |
副本编号变化,新闻报道,免疫肿瘤学,排序,软件,变量注释,变量检测 |
| 版本 |
2.10.0 |
| 在生物导体中 |
生物多样性3.3（R-3.3）（8.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0），DNA拷贝,变量注释(>= 1.14.1) |
| 进口 |
基因组范围(>= 1.20.3),I范围(>= 2.2.1),R彩色啤酒,S4载体,数据表、grDevices、graphics、stats、utils、，总结性实验,基因组信息Db,基因组特征,Rsamtools软件,博科生物,生物串,生物遗传学,rtracklayer公司,ggplot2,额外网格,无用的日志,VGAM公司、工具、方法、，麦克卢斯特,rhdf5型,矩阵 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/lima1/PureCN |
查看更多
| 建议 |
生物并行,生物风格,PSCBS公司,R.utils公司,TxDb（发送日期）。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,冠状病毒,针织物,optparse（操作程序）,组织Hs.eg.db,jsonlite公司,降价,rmarkdown公司,测试那个 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
基因组sdb（>=0.0.3） |
| 取决于我 |
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| 导入我 |
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| 建议我 |
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| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
