IsoformSwitch分析仪
识别、注释和可视化具有短读和长读RNA-seq数据功能后果的等值线开关
生物导体版本：释放（3.19）
通过Kallisto、Salmon、StringTie、Cufflinks/Cuffdiff等工具对所有类型的RNASeq进行量化，分析具有预测功能后果的替代剪接和亚型开关（例如蛋白质结构域的获得/丢失等）。
作者：克里斯托弗·维廷·塞鲁普[cre，aut]
，杰伦·吉利斯
维护人员：Kristoffer Vitting-Seerup<k.Vitting.Seerup at gmail.com>
引文（从R中输入引文（“IsoformSwitchAnalyzerR”）):
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“IsoformSwitchAnalyzerR”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览渐晕图（“IsoformSwitchAnalyzerR”）
细节
| 生物视图 |
交替拼接,注释,BatchEffect（批次效果）,生物医学信息学,数据导入,差异表达式,差速器拼接,功能基因组学,功能预测,基因表达式,基因预测,免疫肿瘤学,多重比较,RNA序列,软件,统计方法,系统生物学,转录,转录体变体,转录组学,可视化 |
| 版本 |
2.4.0 |
| 在生物导体中 |
生物技术3.6（R-3.4）（7年） |
| 许可证 |
GPL（>=2） |
| 取决于 |
R（>=4.2），利马,DEXSeq公司,土星(>= 1.7.0),特别行政区,ggplot2(>= 3.3.5),pfam分析仪 |
| 进口 |
方法，牛基因组,普利尔,重新整形2,额外网格,生物串(>= 2.50.0),I范围,基因组范围,R彩色啤酒,rtracklayer公司,维恩图,数据库接口、grDevices、graphics、stats、utils、，基因组信息Db，网格，tximport（最大端口）(>= 1.7.1),tximeta公司(>= 1.7.12),边缘R,无用的日志,字符串,数字播放器,马格里特,阅读器,易怒的,十六矢量,生物遗传学,随机对照URL,博科生物,总结性实验,第三年,S4载体,生物并行,pwalling（pwallign） |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
http://bioconductor.org/packages/IsoformSwitchAnalyzerR/ |
| Bug报告 |
https://github.com/kvittingseerup/IsoformSwitchAnalyzeR/问题 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
