EDASeq公司
RNA-Seq的探索性数据分析与归一化
生物导体版本：释放（3.19）
RNA-Seq读取数据的数字和图形摘要。使用车道归一化程序调整读取计数的GC含量效应（或其他基因级效应）：黄土稳健局部回归、全局尺度和全分位数归一化（Risso等人，2011年）。用于调整车道之间分布差异（例如，测序深度）的车道间归一化程序：全局缩放和全分位数归一化（Bullard等人，2010年）。
作者：大卫·里索[aut，cre，cph]，桑德琳·杜多特[aut]，路德维希·盖斯林格[ctb]
维护人员：Davide Risso<gmail.com上的Risso.Davide>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“EDASeq”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览幻影（“EDASeq”）
细节
| 生物视图 |
差异表达式,免疫肿瘤学,预处理,质量控制,RNA序列,排序,软件 |
| 版本 |
2.38.0 |
| 在生物导体中 |
BioC 2.9（R-2.14）（13年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
博科生物(>= 2.15.1),短读(>= 1.11.42) |
| 进口 |
方法、图形、，生物遗传学,I范围(>= 1.13.9),aroma.light公司,Rsamtools软件(>= 1.5.75),生物反应器,生物串,注释Dbi,基因组特征,基因组范围,生物技术经理 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/drisso/EDASeq |
| Bug报告 |
https://github.com/drisso/EDASeq/issues |
查看更多
| 建议 |
仿生风格,针织物,酵母RNA序列,leeBam视图,边缘R,科恩平滑,测试那个,设计2,rmarkdown公司 |
| 链接到 |
|
| 增强功能 |
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| 取决于我 |
RUV当量 |
| 导入我 |
同意DE,DaMiRseq公司,亚eqR2,八度音阶,核糖体轮廓QC |
| 建议我 |
awst公司,德斯卡纳2,易于报告,GRaNIE公司,HTS过滤器,TCG生物链 |
| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
