过敏性失衡

研究等位基因特异表达


生物导体版本:释放(3.19)

为使用RNA-seq数据进行等位基因特异性表达研究提供了一个框架。

作者:杰斯珀·加丁(Jesper R Gadin)、拉斯·福克森(Lasse Folkersen)

维护人员:杰斯珀·加丁(Jesper R Gadin)<j.R.Gadin at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“AllelicImbalance”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“AllelicImbalance”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“AllelicImbalance”)
AllelicImbalance小品 PDF格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 遗传学,基础设施,排序,软件
版本 1.42.0
在生物导体中 生物技术2.13(R-3.0)(11年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.0.0),网格,基因组范围(>= 1.31.8),总结性实验(>= 0.2.0),基因组比对(>= 1.15.6)
进口 方法,生物遗传学,注释Dbi,牛基因组(>= 1.47.3),变量注释(>= 1.25.11),生物串(>= 2.47.6),S4载体(>= 0.17.25),I范围(>= 2.13.12),Rsamtools软件(>= 1.99.3),基因组特征(>= 1.31.3),Gviz公司,晶格,额外晶格,额外网格,顺序,基因组信息Db,国家实验室
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/pappewaio/AllelicImbalance网站
Bug报告 https://github.com/pappewaio/AllelicImbalance/issues
查看更多
建议 测试那个,组织Hs.eg.db,TxDb(发送日期)。哈皮恩斯。UCSC.hg19.known基因,SNPlocs公司。Hsapiens.dbSNP144.GRCh37型,生物风格,针织物,rmarkdown公司
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 AllelicImbalance_1.42.0.tar.gz系列
Windows二进制 AllelicImbalance_1.42.0.zip系列
macOS二进制(x86_64) AllelicImbalance_1.42.0.tgz系列
macOS二进制(arm64) AllelicImbalance_1.42.0.tgz系列
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AllelicImbalance网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包裹/AllelicImbalance
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/AllelicImbalance网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/AllelicImbalance网站/
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