修拉:单细胞基因组学工具

用于单细胞RNA测序数据的质量控制、分析和探索的工具包。”Seurat的目标是让用户能够从单细胞转录组测量中识别和解释异质性来源,并整合不同类型的单细胞数据。参见Satija R、Farrell J、Gennert D等人(2015年)<doi:10.1038/nbt.3192>,Macosko E,Basu A,Satija R等人(2015)<doi:10.1016/j.cell.2015.05.002>、Stuart T、Butler A等人(2019年)<doi:10.1016/j.cell.2019.05.031>,和Hao,Hao等人(2020年)<doi:10.1101/2020.10.12.335331>了解更多详细信息。

版本: 5.1.0
取决于: R(≥4.0.0),方法,修饰符对象(≥ 5.0.2)
进口: 集群,奶牛场,fast假人,菲迪斯特普卢斯,未来,未来应用程序,泛型(≥ 0.1.3),ggplot2(≥ 3.3.0),gg排斥,ggridges公司,图形,grDevices,网格,高温气冷堆,独立分量分析,记录仪,厄尔巴,jsonlite公司,科恩平滑,莱顿(≥ 0.3.1),生命周期,lmtest测试,MASS(质量),矩阵(≥ 1.5-0),矩阵统计,迷你用户界面,拼凑,pbapply(应用程序),巧妙地(≥ 4.9.0),png公司,进步者,呜呜声,RANN公司,R彩色啤酒,卢比(≥ 1.0.7),Rcpp讨厌(≥ 0.0.18),RcppHNSW公司,网状的,拉朗,收益率,R光谱,Rtsne公司,规模,散漫的(≥ 1.2),sc变换(≥ 0.4.1),闪亮的,spastat.explore软件,spastat.geom公司,统计,易怒的,工具,实用工具,超高速(≥ 0.1.10)
链接到: 卢比(≥ 0.11.0),Rcpp特征,Rcpp进度
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出版: 2024-05-10
作者: 安德鲁·巴特勒ORCID标识【ctb】,Saket Choudhary公司ORCID标识【ctb】,戴维·科林斯ORCID标识【ctb】,夏洛特·达比ORCID标识【ctb】,杰夫·法雷尔,伊莎贝拉·格拉布斯基ORCID标识【ctb】,克里斯托夫·哈菲梅斯特ORCID标识【ctb】,余汉浩ORCID标识【ctb】,奥斯汀·哈特曼ORCID标识【ctb】,保罗·霍夫曼ORCID标识【ctb】,杰森·杰恩ORCID标识【ctb】,龙大江ORCID标识【ctb】,马德琳·科瓦尔斯基ORCID标识【ctb】,李斯凯拉[ctb],盖斯米拉·莫拉ORCID标识【ctb】,帕帕莱西Efthymia PapalexiORCID标识【ctb】,帕特里克·罗利,拉胡尔·萨蒂亚ORCID标识[aut,cre],Karthik Shekhar【ctb】,阿维·斯里瓦斯塔瓦ORCID标识【ctb】,蒂姆·斯图亚特ORCID标识【ctb】,克里斯托夫·托肯奇ORCID标识【ctb】,郑世伟(Shiwei Zheng)ORCID标识【ctb】,Satija实验室和合作者[fnd]
维护人员: 拉胡尔·萨蒂亚(Rahul Satija)<seurat at nygenome.org>
错误报告: https://github.com/satijalab/seurat/issues
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://satijalab.org/seurat网站,https://github.com/satijalab/seurat网站
需要编译:
其他存储(_R): https://satijalab.r-universe.dev网站,https://bnprks.r-universe.dev网址
引用: 修拉引文信息
材料: 自述文件 新闻
在视图中: 组学
CRAN检查: Seurat结果

文档:

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旧来源: 修拉档案馆

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反向建议: 阿苏拉特,Banksy银行,贝叶斯空间,BisqueRNA,卡内克,蜂房,CIARA公司,俱乐部评估,clustifyrdatahub集群,聚类树,联合国,科诺斯,康西卡,乡村,CR指标,细胞单纯形,DCATS公司,解耦器R,解复用SNP,DIscBIO公司,同上序号,多萝西娅,强化剂,EasyCell类型,EpiMix公司,逃跑,避开(escheR),美食,fgsea公司,Geomx工具,格兰德R,和谐,HCAT库存数据,M3下降,财政部2,单片的,muscData(蘑菇数据),星云,尼帕尔斯MCIA,后代,重置,里格,附表,斯科皮乌斯,SC发布,sc曲目,scTensor公司,西尼亚克,SimBenchData(模拟基准数据),辛布,空间装饰,空间特征实验,空间热图,TAPseq公司,TCG生物链,潮汐鱼,树脚,三轮车,UCell公司,VAM公司
反向增强: 反应物GSA,修饰符对象

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