Signac:单细胞染色质数据分析

分析和探索单细胞染色质数据的框架。“Signac”软件包包含量化单细胞染色质数据的功能,计算per-cell质量控制指标,降维以及标准化、可视化和DNA序列基序分析。参考文献:Stuart等人(2021)<doi:10.1038/s41592-021-01282-5>.

版本: 1.13.0
取决于: R(≥4.0.0),方法
进口: 基因组信息Db(≥ 1.29.3),基因组范围,I范围,矩阵,Rsamtools软件,S4矢量,修饰符对象(≥ 4.0.0),数据表,数字播放器(≥ 1.0.0),未来,未来应用程序,ggplot2,爱尔兰航空公司,厄尔巴,pbapply(应用程序),第三年,拼凑,统计,实用程序,生物遗传学,斯特林吉,快速比赛,Rcpp辊,规模,卢比,网格,潮汐选择,压控变压器,生命周期
链接到: 卢比
建议: 修拉(≥ 4.0.6),gg力,gg排斥,ggseqlogo公司,测试那个(≥2.1.0),色度VAR,总结性实验,TFBS工具,图案匹配器,牛基因组,闪亮的,迷你用户界面,rtracklayer公司,biovizBase公司,生物串,后勤保障局,MASS(质量)
出版: 2024-04-04
作者: 蒂姆·斯图亚特ORCID标识[自动,cre],阿维·斯利瓦斯塔瓦ORCID标识[aut],保罗·霍夫曼ORCID标识[ctb]中,拉胡尔·萨蒂亚ORCID标识【ctb】
维护人员: 蒂姆·斯图尔特<gis.a-star.edu.sg>的研究
错误报告: https://github.com/stuart-lab/signac/issues网站
许可证: 麻省理工学院+文件许可证
网址: https://github.com/stuart-lab/signac网站,https://stuartlab.org/signac网站
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材料: 自述文件 新闻
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旧来源: Signac存档

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