Geomx工具

NanoString GeoMx工具

生物导体版本：释放（3.18）

NanoString技术工具GeoMx技术。包提供了基于ExpressionSet派生对象读取DCC和PKC文件的函数。还包括规范化和质量控制功能。

作者：Maddy Griswold【cre，aut】、Nicole Ortogero【aut】、Zhi Yang【aut】、Ronalyn Vitancol【aut】、David Henderson【aut】

维护人员：Maddy Griswold<mgriswold at nanostring.com>

引文（从R中输入引文（“GeomxTools”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.3”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“GeomxTools”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“GeomxTools”）

GeoMxSet对Seurat和空间实验对象的强制	HTML格式	R脚本
NanoStringGeoMxSet开发人员简介	HTML格式	R脚本
使用GeomxTools的蛋白质数据	HTML格式	R脚本
参考手册	PDF格式
新闻	文本
许可证	文本

生物视图	基于细胞的分析,数据导入,实验设计,基因表达式,规范化,专有平台,蛋白质组学,RNA序列,排序,软件,空间,转录,转录组学,mRNA微阵列
版本	3.6.2
在生物导体中	生物化学3.13（R-4.1）（3年）
许可证	麻省理工学院
取决于	R（>=3.6），博科生物,NanoStringNC工具,S4载体
进口	生物遗传学，rjson，readxl，EnvStats，reformate2，methods，utils，stats，data.table，lmerTest，dplyr，stringr，grDevices，图形，GGally，rlang，ggplot2，SeuratObject
系统要求
统一资源定位地址

建议	rmarkdown、knitr、testtat（>=3.0.0）、parallel、gigraph、Seurat、，空间实验(>= 1.4.0),空间反卷积，拼凑
链接到
增强功能
取决于我	GeoMx工作流
导入我	地理差异,空间装饰,空间Omics叠加
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	Geomx工具_3.6.2.tar.gz
Windows二进制	GeomxTools_3.6.2.zip（仅限64位）
macOS二进制（x86_64）	Geomx工具_3.6.2.tgz
macOS二进制（arm64）	Geomx工具_3.5.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GeomxTools网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/GeomxTools
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GeomxTools网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/GeomxTools网站/
软件包下载报告	下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包	源存档