PDB存档
在该RCSB PDB网站上执行的搜索和报告利用了PDB档案中的数据。PDB存档由wwPDB网站在主存档中，files.wwpdb.org(数据下载详细信息)以及版本化存档文件files-versioned.wwpdb.org(版本控制详细信息).
所有数据都可以通过HTTPS协议协议。此外文件传输协议该协议在逐步淘汰的过程中仍受支持。请注意，FTP用户应在下载数据文件之前切换到二进制模式。还要注意的是，大多数web浏览器（例如Chrome）都放弃了对FTP的支持。您需要一个单独的FTP客户端来通过FTP协议下载。
请注意FTP协议将于2024年11月1日逐步取消。请参阅公告.
RCSB PDB还将档案作为亚马逊网络服务（AWS）开放数据注册表的一部分托管在https://s3.rcsb.org网址遵循相同的目录结构。
文件访问URL
对PDB存档下载进行编程访问需要DNS名称：
DNS名称与协议不匹配的URL（例如。，网址：https://ftp.rcsb.org,网址：//files.rcsb.org)不支持。对于单个文件下载，首选HTTPS协议（超过FTP）。
自动下载数据
本文档中的URL对于使用诸如wget公司。例如，您可以考虑使用批下载shell脚本.
RCSB PDB还提供远程同步功能，在维护存档的完整副本时非常有用。以下是两个示例脚本，用于帮助使用rsync自动下载数据：
有关获取和维护整个PDB档案或其某些部分副本的其他信息，请访问https://www.wwpdb.org/downloads.html.
PDB存档中的主要目录
目录发布/个人数据广播是ftp站点的入口目录。
一些一般注意事项：
- 条目文件带有日期戳，以显示其发布日期
- 条目按4个字符PDB标识符中间的两个字符分组。例如，条目文件pdb100d.ent可以在pub/pdb/data/strustructures/divided/pdb/00/pdb100d.ent.gz
- 结构物的两个字母命名约定保留在/pub/pdb/data/strustructures/divided和/pub/pdb/data/structures/divided/过时但不适用于中的目录/pub/pdb/data/strustructures/all，其中包含未分割布局中的结构物。
- PDB条目有PDB、mmCIF和PDBML/XML格式。
- 仅UNIX压缩文件支持坐标、结构因子和约束。
有关无法用传统PDB文件格式表示的大型结构的信息，请参阅在这里.
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/pub/pdb/data/assembles/mmCIF
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mmCIF格式的生物装配坐标文件 |
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/pub/pdb/data/biounit/pdb
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PDB格式的生物组装坐标文件 |
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/pub/pdb/data/单体
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PDB化学成分词典和单体的其他信息 |
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/发布/pdb/data/status
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待处理和正在处理的条目的详细信息 |
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/pub/pdb/data/strustructures/all
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类似于已划分的目录，包含pdb、mmCIF、nmr_restrict和structure_factors目录，带有指向已划分子目录中文件的符号链接。在中/但是，所有目录中的文件都不分为两个字母的目录。 |
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/pub/pdb/data/strustructures/divided
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这是用户查找结构的入口点。该目录包含当前PDB，位于PDB、mmCIF、XML、nmr_restrict和structure_factors目录中，文件按照两个字母的组织进行划分。条目按识别码的中间两个字符分组。例如，条目文件pdb1abc.ent可以在pub/pdb/data/strustructures/divided/pdb/ab中找到 |
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/pub/pdb/数据/结构/模型
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与主存档分开维护的理论模型文件 |
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/pub/pdb/数据/结构/过时
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结构和关联的数据文件不再是存档的一部分 |
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/pub/pdb/衍生数据
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列出从所有PDB条目派生的信息的纯文本文件，例如FASTA格式的所有PDB序列。 |
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/发布/发布/文档
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文件，包括文件格式说明和RCSB PDB通讯 |
RCSB PDB提供的其他下载
上面的一些http链接也以简短的形式提供（例如。/下载/4hhb.cif.gz). 此外，对于短式链接，有2个URL可用：
- 看法：客户端的HTTP/HTTPS响应标头设置为：内容类型：text/plain
- 下载：客户端的HTTP/HTTPS响应标头设置为：Content-Type:application/octet-stream和Content-Transfer-Encoding:binary
PDB条目文件
PDB条目文件有多种文件格式（PDB、PDBx/mmCIF、XML、BinaryCIF），可压缩或未压缩，并可选择下载仅包含“标题”信息的文件（摘要数据，无坐标）。
小分子文件
小分子文件，包括化学成分词典和生物有趣分子参考词典（BIRD）中保存的配体/化学成分，有多种格式。
实验数据文件和3DEM地图
该表包括结构因子、核磁共振约束、化学位移、电子密度图和图系数文件。
序列数据
FASTA格式的序列数据（SEQRES记录中的完整沉积序列）。
请注意，FASTA下载服务位于URL/pdb/download/downloadFastaFiles.do？structureIdList=4hhb&compressionType=未压缩已停产。用户需要迁移到下面的新端点。请注意，新端点的输出是按实体（标头中提供了链标识符）而不是按链。
序列簇数据
PDB中蛋白质序列的每周聚类结果MMseqs2系列30%、40%、50%、70%、90%、95%和100%的序列一致性。请注意，这些文件使用聚合物实体标识符，而不是链标识符，以避免冗余。这些文件是纯文本，每行有一个簇，从最大簇到最小簇进行排序。
| 文件 |
类型 |
存储压缩 |
统一资源定位地址 |
| <identity>%的序列聚类 |
下载 |
未压缩 |
https://cdn.rcsb.org/resources/sequence/clusters/clusters-by-entity-<标识>.txt |
持股数据
PDB id持有json格式的数据。有关更多信息，请参阅数据API文档.
化学成分字典（CCD）数据
为来自化学成分词典（CCD）它描述了PDB档案中所有分子的化学性质。atom文件（cca.bcif）提供以下CIF列：原子id,组件id,指控、和pdbx目标配置债券文件（ccb.bcif）提供以下CIF列：原子_id_1,原子_id_2,组件id,molstar_质子化_变体,pdbx _注释_标记,pdbx目标配置、和值_顺序.
此数据可由Mol*模型服务器.
