ECOD公司

什么是ECOD？

ECOD公司蛋白质结构域的进化分类；Cheng等人，2014年)是根据蛋白质结构域的进化关系组织的蛋白质结构域的分级分类。该资源通过其蛋白质结构域的同源性将PDB结构分组。它与SCOP和CATH等基于结构的分类不同，因为它关注蛋白质结构域的远程同源性，并通过对PDB档案中新发布的结构进行分类来保持最新状态。
蛋白质结构域分为五个级别，如下所述：

（A）结构：将具有相似二级结构组成和几何形状的蛋白质结构域分组
（十）可能的同源性：将有证据证明同源性的蛋白质域分组（但需要进一步验证）
（H）同源性：根据高序列结构评分、功能相似性和共同的不寻常特征，将具有共同祖先的蛋白质域分组
（T）拓扑：将具有相似拓扑连接的蛋白质结构域分组
（F）：family：将具有显著序列相似性的蛋白质域分组（根据Pfam和HHsearch-based聚类）

为什么使用ECOD浏览器？

使用此浏览器，您可以识别具有同源蛋白结构域的结构，以揭示遥远的进化关系，特别是那些从序列和/或结构同源性分析中可能不明显的关系。这样的探索可以提供有关蛋白质结构和功能的见解，。

如何使用ECOD浏览器？

如果您了解感兴趣的蛋白质的同源性或结构域，请使用ECOD浏览器来识别特定结构、同源性或感兴趣家族的蛋白质。或者，如果您有蛋白质/域名，可以在页面顶部的搜索框中键入名称，然后从自动完成列表中的选项中进行选择。

在浏览器中找到感兴趣的个体或蛋白质组后，用户可以查看该组中PDB结构的数量。单击进程名称旁边列出的数字将启动对具有ECOD感兴趣域的PDB结构的搜索。