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美国国家科学院院刊。2006年11月28日；103(48): 18261–18266.
2006年11月17日在线发布。 doi（操作界面）：10.1073/pnas.0606108103
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NOTCH1直接调节c-MYC公司并激活前馈转录网络，促进白血病细胞生长

特蕾莎·帕洛梅罗,* 魏济特·林,† 邓肯·T·奥多姆,‡ 玛丽亚·路易莎·苏利斯,* 佩德罗·J·雷亚尔,* 亚当·马戈林,† 凯利·巴恩斯,* 詹妮弗·奥尼尔,§ 唐娜·纽伯格, 安德鲁·P·翁,‖ 乔恩·C·阿斯特,** 弗朗索瓦·西高克斯,†† 让·苏利埃,†† A.托马斯看,§ 理查德·A·杨,‡ 安德烈亚·卡里瓦诺,†和阿道夫·费兰多*‡‡‡
作者信息 文章注释 版权和许可信息 PMC免责声明

关联数据

补充资料

摘要

NOTCH1信号通路直接将细胞外信号与细胞核中的转录反应联系起来，在T细胞发育和50%以上的人类T细胞淋巴母细胞白血病（T-ALL）病例的发病机制中起着关键作用。然而，对NOTCH1激活的转录程序知之甚少。使用综合系统生物学方法，我们表明NOTCH1控制促进细胞生长的前馈转录网络。抑制T-ALL细胞中的NOTCH1信号传导导致细胞尺寸减小，并引发由下调的生物合成途径基因主导的基因表达特征。通过整合基因表达阵列和ChIP-on-ChIP数据，我们表明NOTCH1直接激活多种生物合成途径并诱导c-MYC公司基因表达。表达谱调控网络的反向工程表明，NOTCH1和c-MYC控制两个直接相连的转录程序，这两个转录程序包含共同的靶基因，共同调节原代T-ALL细胞的生长。这些结果确定了c-MYC是NOTCH1信号传导的重要介质，并将NOTCH2激活与c-MYC上游的致癌信号传导途径结合起来。

关键词：T细胞淋巴细胞白血病

NOTCH受体在发育过程中的谱系规范决策中起着关键作用。NOTCH受体（NOTCH1-4）的生理激活由与邻近细胞表面表达的DSL配体的相互作用触发，在受体中诱导两个连续的蛋白水解裂解，首先是ADAM金属蛋白酶，然后是γ-分泌酶复合物，其从膜释放NOTCH蛋白的细胞内部分(1). 该片段（“细胞内NOTCH”或ICN）迅速移位到细胞核，并与CSL DNA结合蛋白相互作用，激活靶基因的表达(2). 因此，NOTCH受体既是细胞表面细胞外信号的受体，又是调节细胞核基因表达的转录因子。

NOTCH1信号传导参与造血干细胞的维持，对T细胞的发育至关重要(三). NOTCH1在T细胞发育中的关键作用是基于这样一个假设，即NOTCH2信号调节细胞的生长、增殖、分化和凋亡，而这些过程在发育中的胸腺细胞中是癌症的标志。由于其参与t吨T细胞淋巴母细胞白血病（T-ALL）患者（7；9）（q34；q34.3）染色体易位，NOTCH1是未成熟T细胞肿瘤发病的主要因素(4,5). 这个t吨（7；9）易位并列截断的槽口1基因旁边的TCRB公司导致NOTCH1细胞内组成活性形式异常表达的基因座(4). 更常见的是激活槽口1在50%以上的人类T-ALL病例中发现，诱导受体的配体非依赖性激活或ICN1在细胞核中的稳定性增加(5).

重要的是，γ-分泌酶复合物（GSI）小分子抑制剂对NOTCH1信号的抑制可诱导白血病细胞的细胞周期阻滞和凋亡，证明异常的NOTCH信号对维持T-ALL的恶性表型是必要的，并使NOTCH1成为开发分子定制抗白血病药物的主要靶点(5–7).

尽管NOTCH1在T细胞的发育和转化中发挥着重要作用，但迄今为止，在T细胞中只发现了少数NOTCH2靶基因，并且控制NOTCH1-下游细胞生长、增殖和凋亡的机制在很大程度上尚未探索。为了深入了解NOTCH1功能的分子机制，我们采用基因表达谱分析、寡核苷酸微阵列和ChIP-on-ChIP分析相结合的方法，在全基因组范围内鉴定了NOTCH2调控的直接靶基因。我们的结果确定NOTCH1是细胞生长的直接调节器；将NOTCH1激活与控制c-MYC上游细胞生长的信号通路结合起来，说明基因组方法在阐明人类癌症关键转录网络结构方面的功效。

结果

NOTCH1调节白血病细胞生长。

为了解决NOTCH1激活的致白血病调节程序，我们首先分析了T-ALL细胞中NOTCH2信号抑制后的全局基因表达谱。用高活性GSI化合物E（CompE）阻断NOTCH1激活(5,8)导致ICN1水平急剧下降(图1一). 七个T-ALL细胞系的重复样本中含有激活突变槽口1仅用CompE或载体（DMSO）治疗。在处理后24小时收集RNA，并使用Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0阵列进行分析。最近邻分析用于寻找与GSI或仅载体治疗相关的基因表达变化。该分析确定了201个显著下调的基因(P（P）<0.0001）和38个显著上调(P（P）<0.0001）抑制NOTCH1信号后(图1b条). 这组受调控基因包括已知的NOTCH1直接转录靶点，例如DELTEX1公司和赫斯1重要的是，这组下调基因在与细胞代谢相关的功能类别中高度丰富，如核糖体生物合成(P（P）=; 1.38 × 10−13)，蛋白质翻译(P（P）= 6.6 × 10−5)嘌呤和嘧啶代谢(P（P）= 2 × 10−5和P（P）=3.3×10−6）(图1 c（c）和d日). 此外，通过GSI处理抑制NOTCH1信号后的细胞大小变化分析表明，细胞直径显著减小(P（P）<0.001（成对）t吨测试）(图2一和b条). GSI治疗还影响胸腺中表达的其他γ-分泌酶底物的处理，包括APP和CD44，然而，CompE对基因表达和细胞大小的影响对NOTCH是特异性的，因为它是通过ICN1的强制表达来挽救的(图2c（c）以及图7，作为支持信息发布在PNAS网站上）。类似地，shRNA序列靶向的慢病毒表达槽口1(9)ICN1中缺失的T-ALL细胞下调DELTEX1公司(图4b条)与表达靶向荧光素酶基因的对照shRNA序列的细胞相比，诱导DND41细胞中的细胞尺寸更小(图2d日). NOTCH1失活后上调的基因包括重要的细胞周期调节因子，如第27页/知识产权1和第18页/INK4C（墨水4C），与G的归纳法一致1抑制NOTCH1信号后T-ALL细胞的细胞周期阻滞（图8，作为PNAS网站上的支持信息发布）。这些结果突显了NOTCH1作为细胞生长调节器的作用，并将NOTCH2信号传导置于转录程序上游，包括基本代谢和生物合成途径。

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致癌NOTCH1信号激活调节白血病细胞生长的转录程序。(一)使用特异性识别ICN1的Val-1744抗体，在GSI（CompE 500 nM）处理24小时的T-ALL细胞系或模拟处理（DMSO）对照的细胞裂解液中，通过Western blot分析检测γ-分泌酶裂解后激活的细胞内NOTCH1水平。在NOTCH1的PEST结构域发生截断突变的细胞系中观察到较小的分子量条带（ICN1-ΔPEST）。α-管蛋白水平显示为负荷控制。(b条)对用GSI（CompE）或载体（DMSO）处理24小时的7个T-ALL细胞系的重复样本进行基因表达谱分析。热图表示每个样本相对于模拟治疗对照的彩色编码表达水平。最重要的基因(P（P）<0.00001）排名t吨显示了测试。(c（c）)顶级基因的功能注释(P（P）<0.0001）使用DAVID工具通过GSI治疗抑制NOTCH后下调。(d日)详细的热图表示GSI在选定功能类别中诱导的表达变化。

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抑制NOTCH1信号传导会损害T-ALL细胞的细胞生长。(一)与载体（DMSO）处理相比，GSI处理6天的DND41 T-ALL细胞的细胞直径减小。显示了三次重复实验的代表性直方图。在HPB-ALL、CUTLL1和KOPTK1细胞系中也获得了类似的结果。(b条)GSI诱导的细胞大小变化与细胞周期无关，G1（2N DNA含量）门控细胞。(c（c）)ICN1的强制表达可以缓解GSI对细胞大小的影响。(d日)通过慢病毒表达shRNA靶向抑制NOTCH1信号传导槽口1（pGK GFP shRNA NOTCH1）或荧光素酶基因（pGK-GFP shRNA-LUC）用作对照。

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NOTCH1绑定到c-MYC公司近端启动子序列并调节T-ALL中的c-MYC mRNA和蛋白表达。(一)感染慢病毒（pLKO-puro）的RPMI 8402 T-ALL细胞ICN1水平的Western blot分析驱动靶向shRNAs表达槽口1（shRNA NOTCH1）或靶向荧光素酶基因的对照shRNA（shRNA LUC）。(b条)定量RT-PCR分析DELTEX1公司和c-MYC公司NOTCH1 shRNA敲除后RPMI 8402 T-ALL细胞和对照shRNA处理细胞中的转录水平。(c（c）)HPB-ALL T-ALL细胞中c-MYC的Western blot分析显示，GSI（CompE 500 nM）抑制NOTCH1后，c-MYC表达下调。箭头指示c-MYC特定的标注栏。(d日)NOTCH1绑定的ChIP分析c-MYC公司启动子序列。定量PCR分析c-MYC公司启动子序列标准化为对照DNA和染色质免疫沉淀物中的β-肌动蛋白水平，在HPB-ALL细胞中使用两种NOTCH1抗体（N1-TAD和Val 1744）和IgG作为对照。

NOTCH1直接靶基因的鉴定。

为了验证NOTCH1直接控制调节细胞生长的基因的假设，我们利用斑点启动子阵列平台，通过ChIP-on-ChIP分析鉴定了NOTCH2直接靶基因。在本实验中，使用针对NOTCH1反式激活域（N1-TAD）的抗体在HPB-ALL T-ALL细胞系中进行三重染色质免疫沉淀，并与HU19K启动子阵列杂交。HU19K基因组阵列平台包含13000个人类近端启动子序列，通常位于相对于转录起始位点的−700到+200 bp之间，加上包含所有人类转录因子基因的启动子的序列，距离转录起始位点高达−3 kb(10,11). 该分析确定了非常重要的NOTCH1绑定(P（P）<0.0001）到134个基因的启动子区域(图3一)（表1，作为支持信息发布在PNAS网站上）。重要的是，在这些假定的NOTCH1靶点中，对一组随机选择的12个基因进行了定量ChIP分析，确认其中10个（83%）中有NOTCH1-结合（表2，作为PNAS网站上的支持信息发布）。与这些结果一致，对ChIP-on-ChIP鉴定为直接NOTCH1靶基因的近端启动子的分析表明，与随机选择的非占据启动子序列相比，CSL DNA结合序列（TGGGAA）的过度表达非常显著(P（P）= 1.10 × 10−13). NOTCH1结合启动子的功能注释显示，参与初级细胞代谢的基因明显过表达（44%，P（P）< 0.002) (图3b条)进一步表明NOTCH1信号直接激活调节细胞生长的下游转录程序。然而，转录因子对启动子的占有率与基因表达的调节存在差异。

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NOTCH1是参与细胞生长和代谢的基因的直接调节器。(一)散点图显示了三个独立的ChIP-on-ChIP实验与识别HPB-ALL细胞中NOTCH1反式激活域的N1-TAD抗体的联合结果。用Cy3标记的对照DNA的对数荧光值绘制在x个轴，标记有Cy5的NOTCH1 IP DNA绘制在年轴。由NOTCH1（箭头）绑定的启动子序列从对角线移到左上角。(b条)ChIP-on-ChIP识别的NOTCH1直接目标的功能分类(P（P）< 0.0001). (c（c）)GSI诱导的T-ALL细胞株顶层基因表达变化按信噪比排序。热图表示每个样本相对于模拟治疗对照的色码表达水平。重点介绍了先前已知的NOTCH1直接靶基因和在ChIP-on-ChIP分析中确定的基因。(d日)GSEA富集分数和NOTCH1占用启动子基因分布的图形表示（结合P（P）值<0.0001）。(e（电子）)NOTCH1直接靶基因注释沿着GSI调节的转录物排列，按信噪比排序。

为了证明NOTCH1的启动子占用驱动受影响基因的转录，我们将ChIP-on-ChIP结果与GSI处理的T-ALL细胞系的基因表达谱数据相结合。该分析揭示了表达数据和ChIP-on-ChIP靶点之间的显著重叠（47%的ChIP-on-ChIP靶位点与P（P）值<0.001通过表达调节P（P）值<0.0001，Fisher精确测试P（P）=9×10−11) (图3c（c）和，作为支持信息发布在PNAS网站上）。相反，我们观察到NOTCH1直接靶向的基因在γ-分泌酶抑制下调的最高序列中显著富集(P（P）= 0.04) (图3d日). 在GSI调控的顶级基因中，NOTCH1直接靶点的频率很高(图3d日)显示了NOTCH1信号抑制与GSI治疗诱导的转录变化之间的密切关系。此外，GSI调控的NOTCH1的这些顶级直接靶点的功能注释显示，参与大分子代谢的基因显著过度表达（33%，P（P）=0.0009）和蛋白质生物合成(P（P）= 5.5 × 10−6) (图3e（电子）)与NOTCH1在控制细胞生长中的重要作用一致。

NOTCH1直接监管c-MYC公司表达式。

值得注意的是c-MYC公司癌基因的产物是细胞生长的主要调节因子，在我们的ChIP-on-chi分析中显示出与NOTCH1的显著结合(P（P）=0.037），在T-ALL中GSI治疗下调的基因中排名第一，仅次于NOTCH1直接靶基因DELTEX1公司(图3c（c）). 此外，shRNA敲除槽口1诱导下调c-MYC公司表达式(图4一)和染色质免疫沉淀法结合两种独立的NOTCH1抗体证明NOTCH2与c-MYC公司发起人(图4b条). 这些结果与佐藤的结果一致等。(12)，他们证明存在由槽口1在鼠标c中-Myc公司促进剂，以及克里纳基斯的最新结果等。(13)和翁等。(14)显示之间的交互槽口1和c-Myc公司分别用于小鼠乳腺肿瘤和白血病。此外，Western blot分析显示，γ-分泌酶抑制后T-ALL细胞中c-MYC蛋白水平逐渐降低(图4c（c）). 这些发现表明NOTCH1信号驱动c-MYC介导的转录前馈环促进细胞生长和代谢(图5一). 然而，GSI治疗后c-MYC下调的缓慢动力学表明，NOTCH1仅占T-ALL细胞中c-MYC表达的一小部分，与GSI治疗的T-ALL中延迟（3–6天）出现细胞尺寸减小和细胞周期停滞相一致(图2和8）(5,14,15).

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NOTCH和c-MYC构成控制细胞生长的前馈调节网络基序。(一)控制c-MYC和细胞生长基因的NOTCH1前馈环调控基序的结构。(b条)用GSI抑制T-ALL细胞中的NOTCH1可关闭通过强制表达c-MYC公司T细胞淋巴母细胞中。GSEA富集分数和c-MYC调节基因沿GSI调节转录物等级分布的图形表示。(c（c）)逆转录病毒表达c-MYC公司DND41在GSI治疗后拯救细胞生长。用流式细胞术估计感染pBMN的DND41细胞的细胞大小c-MYC公司IRES GFP逆转录病毒在CompE或载体（DMSO）存在下生长4天。

为了验证这一假设，我们分析了NOTCH1的转录效应与表达该转录因子癌基因的T细胞淋巴母细胞微阵列分析产生的c-MYC调节基因的特征之间的重叠(16). 基因集富集分析（GSEA）可用于测试基因列表中一组特征（c-MYC-调节基因）的富集情况，该列表根据基因表达变化与特定样本组（经GSI处理的样本）的相关性进行排序。这项分析表明，基因受c-MYC公司T细胞中的淋巴母细胞，包括多个生化验证的c-MYC靶点，在GSI治疗调节的顶级基因中高度富集(P（P）= 0.0001) (图5b条); 强调NOTCH1信号传导与c-MYC调节之间的密切功能关系。

基于这些结果，我们假设c-MYC公司在用GSI治疗的T-ALL细胞中，至少部分恢复了由致癌NOTCH1激活的细胞生长转录程序。为了验证这一假设，我们分析了GSI治疗对感染c-MYC公司表达逆转录病毒或GFP对照。我们的结果表明c-MYC公司可以有效地消除细胞尺寸的缩小(图5c（c）)通常由该T-ALL系中的NOTCH1失活诱导(图2).

T-ALL中转录网络的逆向工程。

为了进一步探究NOTCH1和c-MYC在T-ALL中的转录作用，我们对微阵列表达数据进行了反向工程，以使用互信息（MI）算法生成ARACNe（精确细胞网络重建算法）全局转录网络。该分析基于不同基因在多种实验条件下的表达模式建立了不同基因之间的关系，此前已证明能够准确再现哺乳动物细胞中调节细胞稳态的复杂转录相互作用(17). 分析c-MYC公司hub证明了c-MYC公司我们T-ALL网络中的第一个相邻基因与之前报道的相同c-MYC公司-调节基因，与先前的B细胞淋巴瘤ARACNe分析结果一致(17)（表3，作为支持信息发布在PNAS网站上）。因为NOTCH1控制的转录回路的重建依赖于激活的NOTCH2蛋白的水平，而不是槽口1转录水平，我们通过Western blot分析测量T-ALL细胞系中激活的NOTCH1水平。该信息用于从微阵列表达数据构建基因表达模式或元基因，以替代全球转录网络分析中激活的NOTCH1蛋白水平。将该NOTCH1原基因整合到ARACNe转录网络中，该网络由103个微阵列测量数据构建（99个原始T-ALL、3个T-ALL细胞系、1个正常胸腺），确定了58个基因，这些基因与激活的NOTCH2信号的替代特征直接相关（即推断出的NOTCHI第一邻居）(图6一). 引人注目的是，GSEA显著富集了NOTCH1第一邻近基因的γ分泌酶调节基因(P（P）<0.004），包括ChIP-on-ChIP识别的11个NOTCH1直接靶基因(P（P）= 0.0059) (图6 b条和c（c）). 对这些NOTCH1相关基因的功能注释显示，参与细胞和蛋白质生物合成的基因显著过度表达（48%，P（P）= 8.56 × 10−18和38%，P（P）= 8.13 × 10−17）。此外，ARACNe分析显示NOTCH1原基因与c-MYC公司（MI=0.2692P（P）< 2 × 10−7). 重要的是，NOTCH1原基因与c-MYC公司在NOTCH1的图形表示中进行过滤c-MYC公司转录中心，因为12个转录物直接与NOTCH1原基因和c-MYC相关(图6d日). 事实上，在12个基因中，有9个基因组成了这种共同的界面编码的主要代谢途径成分，参与细胞生长(P（P）=0.009），如核糖体蛋白和伴侣。NOTCH1原基因和c-MYC公司以及对NOTCH1和c-MYC公司在我们的ARACNe网络中(P（P）= 2.35 × 10−52)与前馈转录网络基序一致，进一步支持这两个转录因子癌基因在胸腺细胞生长调节中的高度协同作用。

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激活T-ALL中的NOTCH1和c-MYC调节网络。(一)基于与T-ALL细胞系中激活NOTCH1蛋白水平相关的基因表达特征的元基因整合到由T-ALL样本微阵列表达数据构建的ARACNe全球调控网络中。被ChIP-on-ChIP识别为NOTCH1直接靶基因的NOTCH2原基因的邻近基因以粉红色阴影显示，在经GSI治疗的T-ALL细胞中受调控的邻近基因则以蓝色阴影显示，显示ChIP-on-ChIP显著启动子占用和GSI治疗调控的相邻基因均以紫色阴影显示。(b条)NOTCH1相邻基因和ChIP-on-ChIP数据之间重叠的详细表示。每个相邻节点的强度代表NOTCH1启动子占用的显著性水平。(c（c）)GSI处理的T-ALL细胞中调节的NOTCH1邻近基因的详细表达。每个相邻节点的强度对应于右侧的比例面板，代表GSI处理的基因调控显著性水平。(d日)与NOTCH1元基因和c-MYC公司.

讨论

癌基因转录因子通过激活转录网络促进肿瘤形成，转录网络连接在细胞内环境稳定中重要的相关调节基因。因此，恶性转化过程中代谢途径的失调引起的异常细胞增殖、存活率增加和细胞质量增加，构成了肿瘤细胞的主要特征(18).

经典的NOTCH1信号通路被认为是一种信号转导管道，将发育中重要的细胞外信号的信息从细胞表面直接传递到细胞核。NOTCH1信号作为T细胞谱系承诺和胸腺细胞发育的调节器在胸腺中发挥着重要作用。此外，由于染色体易位或突变导致的NOTCH1的组成型激活是强致癌的(4,5). 然而，NOTCH1通过转录程序对胸腺细胞内环境稳定和T细胞转化发挥有效作用，目前尚未建立。

通过结合基因表达谱和ChIP-on-ChIP分析，我们证明NOTCH1是控制细胞生长和代谢的生物合成途径的直接调节器。此外，通过GSIs或shRNA敲除对膜上NOTCH1信号的药物抑制会损害T细胞淋巴母细胞白血病细胞的生长。重要的是，该分析还确定了c-MYC公司是多种生物合成和代谢途径的主调节器(19)作为NOTCH1调控的直接靶基因。微阵列表达数据中转录网络的反向工程表明NOTCH1信号和c-MYC公司它们密切相关并共享众多的靶基因。这些结果表明，NOTCH1和c-MYC公司组成调节白血病细胞生长的前馈转录调控基序（图11，作为PNAS网站上的支持信息发布）。与该模型一致，NOTCH和c-MYC调节基因广泛重叠，并强制表达c-MYC公司能够通过GSI处理挽救NOTCH1抑制对T-ALL细胞生长的有害影响。

NOTCH1被确定为细胞生长基因的直接调节器，这突出了该转录因子在T细胞转化中的作用，并提供了一种机制，将细胞代谢和细胞周期进展与淋巴细胞发育中的发育决策耦合起来。总的来说，我们对c-MYC公司作为T-ALL中由NOTCH1调控的直接靶基因，它强调了这种相互作用在人类癌症发病机制中的重要性。我们预测，进入c-MYC上游NOTCH1-MYC前馈调节电路的输入信号强度可能会调节细胞对NOTCH1激活的生长反应，并可能增强或减弱靶向NOTCH2信号的药物的抗肿瘤作用。最后，这里报告的表达数据和ChIP-on-ChIP分析表明，NOTCH1在重要的发育信号通路和转录网络中调节多个基因。需要进一步研究来测试这些相互作用在T细胞发育和转化中的重要性。

材料和方法

DNA微阵列分析。

按照制造商的说明和说明制备用于微阵列分析的样品(17).

通过使用一个样本评估与GSI治疗相关的基因表达的显著变化t吨对模拟处理控件的表达水平进行标准化后，用13个自由度进行测试。

使用DAVID工具执行基于基因本体分类的功能注释(20).

对规范化表达数据进行GSEA，如下所述(21).

ARACNe相互信息网络(17)是基于人类T-ALL原始样本的大量数据建立的(n个=99），细胞系(n个=3）和正常胸腺(n个=1）使用人类U133A基因芯片数据(22)GC-RMA阵列归一化后。通过对T-ALL细胞系中ICN1蛋白水平的定量测量进行逐步回归，构建与细胞核中活化NOTCH1蛋白浓度成正比的后基因条目，并将其整合到微阵列基因表达谱测量中，用于为NOTCH1信令中心构建ARACNe网络(23).

芯片上的ChIP分析。

完整的协议以pdf格式下载，网址为http://web.wi.mit.edu/young/NOTCH1。通常为5×107至1×108HPB-ALL用于染色质免疫沉淀。

定量ChIP分析。

启动子序列的实时PCR相对定量标准化为使用NOTCH1或IgG抗体进行的染色质免疫沉淀物中的β-肌动蛋白水平。

Western Blot分析。

根据标准程序使用抗活化NOTCH1（Val 1744，细胞信号）c-MYC（N-262，Santa Cruz Biotechnology）和α-微管蛋白（TU-02，Sanat Cruz biotechnoology）的抗体。使用Odyssey检测器（LI-COR Biosciences）红外检测计算与微管蛋白表达相关的激活NOTCH1蛋白水平。

细胞大小测定。

通过流式细胞术监测GSI处理诱导的异步细胞群和G细胞中细胞大小的变化1细胞周期的阶段（Draq5染色显示2N DNA含量）。

shRNA敲除。

靶向NOTCH1的shRNAs寡核苷酸序列(9)或者在pLKO-puro和pGK-GFP慢病毒载体中克隆荧光素酶基因（来自Dana–Farber癌症研究所的William Hahn）。慢病毒的产生和感染按所述进行(24).

ChIP-on-ChIP、表达式和网络分析的详细描述见支持方法，作为支持信息发布在PNAS网站上。

补充材料

支持信息：

致谢

A.A.F.得到了WOLF基金会、Elsa U.Pardee基金会、高尔夫对抗癌症基金会、儿童白血病研究协会和Pollin研究奖的支持；A.C.得到了国家癌症研究所拨款1R01CA109755-01A1、国家过敏和传染病研究所拨款1 R01AI066116-01和国家卫生研究院路线图国家生物医学计算中心倡议拨款1U54CA121852-01A1的支持；A.M.获得了国家医学图书馆大学医学信息学研究训练项目资助5 T15 LM007079-13。

缩写

CompE公司化合物E
GSEA公司基因集富集分析
GSI公司γ-分泌酶抑制剂
ICN1型细胞内NOTCH1
T-ALL公司T细胞急性淋巴细胞白血病。

脚注

作者声明没有利益冲突。

这篇文章是PNAS直接提交的。

工具书类

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文章来自美国国家科学院院刊由以下人员提供美国国家科学院