类别:快速提示

ClinVar注释现已在NCBI基因组浏览器中提供

你需要知道其中的哪一个吗NCBI数据库SNP在您感兴趣的区域附近标注的变体可能具有功能或临床意义?轨道标记为'具有精确终点的ClinVar变体,在NCBI上提供序列显示查看器,包括基因组数据查看器(GDV)和变体查看器!

此轨迹显示NCBI中的变体注释,包括单核苷酸变体和其他短变体(例如插入、删除等)ClinVar公司数据库并提供致病性和其他元数据。ClinVar轨迹显示在默认的NCBI和Ensembl基因注释轨迹以及其他NCBI提供的dbSNP和RNA-seq表达轨迹旁边。

显示“ClinVar变体”轨迹的Genome Data Viewer屏幕截图
图1。GDV显示“具有精确终点的ClinVar变体”轨迹靠近NCBI人类基因注释。曲目采用彩色编码,便于快速解读。还提供了图例。

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YouTube上的NCBI:ClinVar API,使用GaPTools检查数据,使用序列查看器获取遗传背景

为了您的方便,我们经常在博客上的一篇帖子中收集我们最近的视频。向下滚动–不要忘记订阅我们的频道!

为dbGaP提交者引入GaPTools

本视频介绍了新的独立软件,名为GaP工具,您可以在提交给dbGaP之前使用它来检查您的数据。GaPTools使用与dbGaP提交门户相同的初步验证检查。

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YouTube上的NCBI:云端RAPT和BLAST+,数据集中的SARS-CoV-2基因组数据

该是我们对YouTube上发生的事情进行另一次总结的时候了!

首先,NCBI YouTube频道已与NLM YouTube渠道合并。你现在可以在一个频道上找到各种各样的内容,从使用资源的提示到医学史上的精彩时刻等等!

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SRA FTP站点的用户:尝试SRA工具包!

如果您从SRA(序列读取存档)FTP站点下载数据,我们鼓励您尝试SRA工具包。如果您使用SRA Fuse/FTP站点ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instantSRA团队将于2019年12月1日退役。

这个SRA工具包提供了下载SRA数据的几个优点,包括在指定所需数据方面更大的灵活性,以及在云中访问公共SRA数据。如果您是Toolkit的新手,您可能想从这些说明.

如果您对下载SRA数据有任何疑问或疑虑,请联系sra@ncbi.nlm.nih.gov。我们很高兴收到你的来信!

YouTube上的NCBI:请求访问dbGaP中的受控数据

YouTube上的NCBI:请求访问dbGaP中的受控数据

您需要访问基因型和表型数据库(dbGaP)中的受控数据吗?这段视频将向您展示如何在今天请求数据!

dbGaP存档并分发了研究人类基因型和表型相互作用的数据和结果。受美国国立卫生研究院GDS政策约束的受控访问数据的负责任管理由美国国立卫生研究院、获准访问数据的研究人员和研究人员的机构共享。

在NCBI的图形序列显示中轻松配置基因特征模式

你知道吗,你可以在NCBI的图形序列显示(如序列查看器和GDV)中轻松切换基因特征模式?例如,如果您需要进行分析或呈现高质量图像,您可能需要配置基因轨迹以满足您的需要。

使用基因配置菜单的两个简单访问点之一显示基因栏、单线基因模型或显示转录物和CDSs的扩展模式。

继续阅读“在NCBI的图形序列显示中轻松配置基因特征模式”

使用Genome Data Viewer的增强设置更改图形的外观

如果您需要更改图形类型,例如从直方图更改为线形图或热图,请输入基因组数据查看器(GDV),现在只需点击几下即可完成。

单击任何图形轨迹的轨迹名称以更改显示(参见图1A、B和C)。

图1
图1。单击曲目名称以显示图形设置菜单(a)。将图形显示样式(B)设置为直方图、热图或线形图(C)。

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嗨,教授们!获取免费的个人助理-NCBI帐户!

嗨,教授们!获取免费的个人助理-NCBI帐户!

教授们,我们知道你们很忙——真的,真的很忙。你必须开发和教授你的课程和实验室,协调和管理你的期刊俱乐部和研讨会,指导你的实验室的研究工作,撰写拨款和出版物,为你的学生提供咨询和指导,随时了解与教学和研究主题相关的一切。

NCBI拥有可以帮助完成所有这一切的信息,但有太多有趣的记录,组织它们的时间太少。注册(帮助)对于或登录(帮助)到您的免费NCBI帐户,让我们帮助您开始并组织起来!

请继续阅读,或观看下面的视频,了解如何使用您的NCBI帐户。

继续阅读“嗨,教授们!找一个免费的个人助理,一个NCBI账户!”

NCBI的基因组数据查看器现在显示来自轨道中心的数据

Genome Data Viewer(GDV)浏览器显示现在支持中提供的内容轨道枢纽。这一新的GDV功能,总结于这个短片扩展了基因组浏览器在查看用户提供的数据轨迹和NCBI提供的轨迹时的功能。您现在有多个选项来分析数据,包括上传数据(文件/URL)、从远程位置传输单个文件和/或连接到轨道中心。在所有情况下,GDV都可以识别各种流行的文件格式,并支持计划的其他文件格式。在显示器中,您现在还可以通过绿色轨道标签轻松区分用户提供的轨道。继续阅读“NCBI的Genome Data Viewer现在显示来自轨道中心的数据”

NCBI实现了新的自然语言序列搜索

五月底,我们介绍了一种新型的搜索体验NCBI实验室它使用自然语言查询来简化常见任务。NCBI实验室的经验证明是成功的,我们在那里试验潜在的新功能和工具。我们很高兴地宣布,我们在NCBI的全球搜索页面中添加了这种简化的搜索功能。一些自然语言查询现在可以在NCBI主页的“所有数据库”搜索中使用!

NCBI搜索栏,指向所有数据库的红色箭头

继续阅读“NCBI实现了新的自然语言序列搜索”