标签:公共医学

阅读关于2023年核酸研究数据库问题的NCBI资源

阅读关于2023年核酸研究数据库问题的NCBI资源

这个Ş202 核酸研究数据库问题Ş专题介绍了NCBI工作人员关于GenBank、Conserved Domain Database等的论文。引文可在PubMed中查阅,全文可在Pub Med Central(PMC)中查阅。要阅读文章,请单击下面列出的PMCID编号。  继续阅读“了解2023年NCBI资源核酸研究数据库问题”

NIH印前试验的下一阶段即将启动

NIH印前试验的下一阶段即将启动

第二阶段扩大了PubMed和PMC中预印本的范围

上个月,国家医学图书馆(NLM)宣布的计划将其在PubMed Central(PMC)和PubMed-的NIH预印本试点扩展到新冠肺炎之外,以涵盖NIH资助研究的所有预印本报告。该试点的第二阶段将于本月晚些时候启动,包括由NIH奖项、合同或内部计划支持的预印本,并发布到合格的预打印服务器2023年1月1日或之后  继续阅读“NIH印前试验即将启动的下一阶段”

PubMed中提供的新邻近搜索功能

PubMed中提供的新邻近搜索功能

公共医学,免费的国家医学图书馆(NLM)资源支持生物医学和生命科学文献的搜索和检索,具有全新的功能!使用邻近搜索,您现在可以在[Title]或[Title/Abstract]字段中搜索在指定距离内以任何顺序出现的多个术语。 

邻近搜索为您的搜索工具包添加了另一个有用的工具。当搜索可能以多种方式表示的概念或捕获短语的变体时,邻近搜索特别有用。搜索一个概念的方法通常不止一种。您可以尝试使用各种技术搜索相同的术语(例如,使用AND组合术语,搜索精确短语)并比较结果,以帮助您决定使用哪个选项。您还可以使用构建将邻近搜索与其他搜索词相结合的查询布尔运算符.  继续阅读“PubMed中提供的新邻近搜索功能”

即将推出:更新PubMed电子实用程序!

即将推出:更新PubMed电子实用程序!

重要提示:本次发布被推迟,将于2022年11月21日星期一正式发布。

公共医学将移动到的更新版本Ş电子公用事业ŞAPI于2022年11月15日发布。作为之前宣布的,此更新版本的E-utilities将使用与w相同的技术PubMed的电子版Ş2020年发布。因此,更新后的ŞE搜索E-utility Ş现在将匹配这个公共医疗.gov网站 

此更新仅影响&db=pubmed的E-utility调用。其他数据库的电子实用程序没有更改。Ş您可以参考我们的上一个帖子或观看我们的录制的网络研讨会有关此更新的更多详细信息。   继续阅读“即将推出:更新PubMed E-utilities!”

PubMed API发布被推迟

PubMed API发布被推迟

作为我们之前宣布的,我们将迁移到更新版本的电子工具API为准备此次发布,目前有一个测试服务器可供您测试新服务的API调用并报告问题。感谢您试用测试服务器并继续提交反馈!

为了解决您的意见,完成更新,并给您更多时间准备API更新,我们将把新API的发布推迟到今年晚些时候。继续阅读“PubMed API启动被推迟”

PubMed API(E-utilities)的测试服务器现在可用

PubMed API(E-utilities)的测试服务器现在可用

官方更新计划于2022年6月发布 

作为之前宣布的,我们将转向更新版本的电子工具APIPubMed。我们计划将此更改推迟到2022年6月,以便您有时间测试新服务的API调用、报告问题并提供反馈。不要等到发布!发布之前有一个测试服务器可用,您可以尝试了! 

如何使用测试服务器? 

测试服务器可通过以下URL访问:

测试服务器:https://eutilspreview.ncbi.nlm.nih.gov/enterz/eutils/

继续阅读“PubMed API(E-utilities)的测试服务器现在可用”

YouTube上的NCBI:定制MSA Viewer、SciENcv、植物和RNA-Seq数据、数据集和PubMed

错过了YouTube上的一些视频?这是最新的我们的频道.

自定义MSA Viewer以简化分析

我们不断改进多序列比对(MSA)查看器。此视频演示了几个新的流行功能,包括更改数据列、隐藏选定行、分析多态性等功能。

继续阅读“YouTube上的NCBI:自定义MSA Viewer、SciENcv、植物和RNA-Seq数据、数据集和PubMed”

10月20日网络研讨会:介绍更新的PubMed E-utilities(API)

10月20日网络研讨会:介绍更新的PubMed E-utilities(API)

2021年10月20日美国东部时间下午12:00加入我们,了解我们将于2022年4月4日发布的PubMed电子实用程序API的更新版本。除了少数例外,此更新不会更改您当前使用的E-utility URL,但会使搜索结果与2020年发布的PubMed web版本同步,并提高可靠性。参加这次网络研讨会,了解这些更改将如何影响您对PubMed的API调用,并回答您的问题。

  • 日期和时间:2021年10月20日星期三12:00 PM–12:45 PM EDT
  • 注册

注册后,您将收到一封确认电子邮件,其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后,您可以在NCBI网络研讨会播放列表NLM YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程页面.

PubMed E-utilities即将更新!

PubMed E-utilities即将更新!

您是否开发了使用PubMed API的应用程序?您需要以编程方式访问PubMed数据吗?那么您会有兴趣知道我们将发布电子工具API于2022年末为PubMed提供服务。此更新版本将使电子实用程序的功能与PubMed的web版本2020年发布。例如,更新后的E搜索E-utility现在将与web PubMed的更新相匹配。要明确的是,此更新仅影响&db=PubMed的E-utility调用。所有其他Entrez数据库的行为都不会改变。

我们为什么要这样做?

此版本将把所有E-utility功能完全转移到支持web PubMed的技术堆栈中。这对您来说不仅意味着web和API PubMed界面的一致行为,而且还意味着更可靠的性能。

PubMed E-utility调用的URL是否会更改?

幸运的是,大多数情况下,没有!除了少数例外,PubMed(&db=PubMed)的当前E-utility URL在我们发布更新后将继续运行。以下是例外情况:

  • E搜索只能访问搜索查询检索到的前10000条记录(&retmax<=10000;&retstart+&retmax<=10000)
  • E支柱在单个URL请求中最多只能接受10000个PMID。
  • E蚀刻将不再支持ASN.1格式的退货。

PubMed E-utility调用的输出是否会发生变化?

同样,在几乎所有情况下,都不会。以下是例外情况:

  • E搜索现在将返回与web PubMed当前返回的PubMedID(PMID)完全相同的ID
  • E蚀刻 现在将默认返回XML数据(未设置&retmode),而不是ASN.1。换句话说,&retmode的默认值将变为“xml”。

你该怎么办?

  • 如果您管理创建PubMed E-utility请求的代码,请检查上述更改,以确保您的代码在更新后仍能正常工作。
  • 在我们将于今年秋季晚些时候公开的测试服务器上验证您的代码。我们将在博客可用时更新详细信息。
  • 参加我们的网络研讨会如果您有疑问或担忧,请于10月20日告知这些变化。

PubMed电子实用程序的当前版本在2022年4月4日发布后会发生什么?

一旦我们发布了更新后的PubMed E-utilities,PubMed-Eutilities的当前版本将不再可用。所有PubMed请求都将使用相同的技术堆栈。

请写信给我们info@ncbi.nlm.nih.gov如果你有任何问题或担忧。

真菌疾病意识周:NCBI真菌病原数据和文献

真菌疾病意识周:NCBI真菌病原数据和文献

这篇文章是为了支持CDC的真菌疾病宣传周-2021年9月20日至24日。

影响真菌病人们往往忽视了对人类健康的影响,但在新冠肺炎大流行期间,真菌感染与严重疾病和死亡之间的联系越来越密切,这使真菌疾病成为人们关注的焦点。

根据疾病预防控制中心,新冠肺炎患者最常见的真菌合并感染包括曲霉菌病或侵袭性念珠菌病,包括来自金念珠菌其他报告的疾病有毛霉菌病、球虫病和隐球菌病。曲霉病通常由以下原因引起烟曲霉,毛霉菌病根霉属种,球虫病球虫感染C.posadasii公司和隐球菌病新生隐球菌.

这篇文章探索了一些NCBI资源,其中包含与这些新冠肺炎相关疾病相关的真菌病原体的相关信息。

组装基因组

下表总结了新冠肺炎患者合并感染相关真菌类群的正确识别和注释基因组组合。这些和许多其他真菌也可以作为精选RefSeq基因组组装.

继续阅读“真菌疾病意识周:NCBI真菌病原数据和文献”