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NCBI数据集API和命令行工具的重大更新

NCBI数据集API和命令行工具的重大更新

作为我们不断努力提升您体验的一部分,我们正在更新NCBI数据集应用程序编程接口(API)。开始于2024年6月,v2alpha API将升级为稳定v2版本。此时,v1版应用程序编程接口,这个命令行界面)版本13和更早的版本,以及Python库v1将被弃用因此不再支持错误修复或更新.自2024年12月31日起生效东南方将不再可供使用。 

我们更新的API和CLI工具根据您的反馈提供了新的特性和功能。我们致力于使这一过渡尽可能顺利,并鼓励您审查我们的常见问题解答了解更多详细信息。如果使用NCBI数据集网页和命令行工具v14+,则无需执行任何操作。   继续阅读“NCBI数据集API和命令行工具的重大更新”

ClinVar即将推出!XML的体变量和更改

ClinVar即将推出!XML的体变量和更改

重要提示:对这两种旧XML格式的支持已扩展到2024年6月底。

你依赖于ClinVar公司应用程序或分析管道的XML文件?我们正在显著更新ClinVar的XML格式,以支持包含提交者提供的新的体细胞变异数据。在接下来的几个月里,您可能需要更改工具或管道代码以继续使用ClinVar XML。

什么会改变?

继续阅读“ClinVar即将推出!XML的体细胞变体和变化”

即将推出:更新的PubMed电子实用程序!

即将推出:更新PubMed电子实用程序!

重要提示:本次发布被推迟,将于2022年11月21日星期一正式发布。

公共医学将移动到的更新版本电子公用事业API于2022年11月15日发布。作为之前宣布的,此更新版本的E-utilities将使用与w相同的技术PubMed的电子版2020年发布。因此,更新后的搜索结果返回E搜索E-utility 现在将匹配这个公共医疗.gov网站 

此更新仅影响&db=pubmed的E-utility调用。其他数据库的电子实用程序没有更改。您可以参考我们的上一个帖子或观看我们的录制的网络研讨会有关此更新的更多详细信息。   继续阅读“即将推出:更新的PubMed电子实用程序!”

PubMed API发布被推迟

PubMed API发布被推迟

作为我们之前宣布的,我们将迁移到更新版本的电子工具API为准备此次发布,目前有一个测试服务器可供您测试新服务的API调用并报告问题。感谢您试用测试服务器并继续提交反馈!

为了解决您的意见,完成更新,并给您更多时间准备API更新,我们将把新API的发布推迟到今年晚些时候。继续阅读“PubMed API启动被推迟”

PubMed API(E-utilities)的测试服务器现在可用

PubMed API(E-utilities)的测试服务器现在可用

官方更新计划于2022年6月发布 

作为之前宣布的,我们将转向更新版本的电子工具API我们计划将此更改推迟到2022年6月,以便您有时间测试新服务的API调用、报告问题并提供反馈。不要等到发布!发布之前有一个测试服务器可用,您可以尝试了! 

如何使用测试服务器? 

测试服务器可通过以下URL访问:

测试服务器:https://eutilspreview.ncbi.nlm.nih.gov/enterz/eutils/

继续阅读“PubMed API(E-utilities)的测试服务器现在可用”

10月20日网络研讨会:介绍更新的PubMed E-utilities(API)

10月20日网络研讨会:介绍更新的PubMed E-utilities(API)

2021年10月20日美国东部时间下午12:00加入我们,了解我们将于2022年4月4日发布的PubMed电子实用程序API的更新版本。除了少数例外,此更新不会更改您当前使用的电子实用程序URL,但会使搜索结果与2020年发布的PubMed网络版本保持同步,并提高可靠性。参加这次网络研讨会,了解这些更改将如何影响您对PubMed的API调用,并回答您的问题。

  • 日期和时间:2021年10月20日星期三12:00 PM–12:45 PM EDT
  • 注册

注册后,您将收到一封确认电子邮件,其中包含有关参加网络研讨会的信息。现场演示几天后,您可以在NCBI网络研讨会播放列表在上NLM YouTube频道。您可以在上了解未来的网络研讨会网络研讨会和课程页面.

更新的PubMed电子实用程序即将推出!

PubMed E-utilities即将更新!

您是否开发了使用PubMed API的应用程序?您需要以编程方式访问PubMed数据吗?那么您会有兴趣知道我们将发布电子工具API于2022年末为PubMed提供服务。此更新版本将使电子实用程序的功能与PubMed的web版本2020年发布。例如,更新后的E搜索E-utility现在将与web PubMed的更新相匹配。要明确的是,此更新仅影响&db=PubMed的E-utility调用。所有其他Entrez数据库的行为都不会改变。

我们为什么要这样做?

此版本将把所有E-utility功能完全转移到支持web PubMed的技术堆栈中。这对您来说不仅意味着web和API PubMed界面的一致行为,而且还意味着更可靠的性能。

PubMed E-utility调用的URL是否会更改?

幸运的是,大多数情况下,没有!除了少数例外,PubMed(&db=PubMed)的当前E-utility URL在我们发布更新后将继续运行。以下是例外情况:

  • E搜索只能访问搜索查询检索到的前10000条记录(&retmax<=10000;&retstart+&retmax<=10000)
  • E邮政在单个URL请求中最多只能接受10000个PMID。
  • E蚀刻将不再支持ASN.1格式的退货。

PubMed E-utility调用的输出是否会发生变化?

同样,在几乎所有情况下,都不会。以下是例外情况:

  • E搜索现在将返回与web PubMed当前返回的PubMedID(PMID)完全相同的ID
  • E蚀刻 现在将默认返回XML数据(未设置&retmode),而不是ASN.1。换句话说,&retmode的默认值将变为“xml”。

你该怎么办?

  • 如果您管理创建PubMed E-utility请求的代码,请检查上述更改,以确保您的代码在更新后仍能正常工作。
  • 在我们将于今年秋季晚些时候公开的测试服务器上验证您的代码。我们将在博客可用时更新详细信息。
  • 参加我们的网络研讨会如果您有疑问或担忧,请于10月20日告知这些变化。

2022年4月4日发布后,PubMed E-utilities的当前版本会发生什么变化?

一旦我们发布了更新的PubMed电子实用程序,当前版本的PubMed电子实用程序将不再可用。所有PubMed请求都将使用相同的技术堆栈。

请写信给我们info@ncbi.nlm.nih.gov如果你有任何问题或担忧。

YouTube上的NCBI:ClinVar API,使用GaPTools检查数据,使用序列查看器获取遗传背景

为了您的方便,我们经常在博客上的一篇帖子中收集我们最近的视频。向下滚动–不要忘记订阅我们的频道!

为dbGaP提交者引入GaPTools

本视频介绍了新的独立软件,名为GaP工具,可以在提交给dbGaP之前使用它检查数据。GaPTools使用与dbGaP提交门户相同的初步验证检查。

继续阅读“YouTube上的NCBI:ClinVar API,使用GaPTools检查数据,使用序列查看器获取遗传背景”

使用ClinVar提交API自动化您的工作流

ClinVar和我们的科学和患者社区都依赖您的意见。通过我们新的应用程序编程接口(API)提交,我们让您更容易向我们提供最新的变体分类。新的RESTful API允许您自动化提交工作流,以便更快地提交新记录和更新现有记录。设置帐户以使用API需要三项一次性活动:

ClinVar提交API设置

 

 

 

 

 

 

单击每个步骤以设置您的帐户以使用API!

继续阅读“使用ClinVar提交API自动化您的工作流”

使用Datasets命令行和API对基因数据进行编程访问

三月,我们发布的NCBI数据集这是一种新的资源,允许您轻松检索和下载NCBI数据库中的数据。您知道现在可以使用NCBI数据集API或命令行工具在一个shell命令或API请求中快速检索多个基因记录的元数据和基因序列数据,包括转录本和蛋白质。这个API文档是开始编程访问的好方法(图1)。

图1。这个数据集API文档显示了使用RefSeq mRNA材料检索基因元数据的演示。该API返回一个易于处理的JSON对象。

继续阅读“使用数据集命令行和API对基因数据进行编程访问”