BioProspector公司 swMATH ID: 9375 软件作者： Liu，X.、Brutlag，D.、Liu，J。 描述： BioProspector：发现共表达基因上游调控区域中的保守DNA基序。高通量基因组测序和基因表达技术的发展引起了对数据挖掘工具的需求。BioProspector是一个使用Gibbs抽样策略的C程序，它检查同一基因表达模式组中基因的上游区域，并寻找调控序列基序。BioProspector使用马尔可夫背景对非基序碱基的碱基依赖性进行建模，大大提高了所报告基序的特异性。马尔可夫背景模型的参数要么是根据用户特定序列估计的，要么是根据整个基因组序列预先计算的。采用了一种新的模体评分函数，允许每个输入序列包含零到多个模体副本。此外，BioProspector还可以用回文模式对缺口基序和基序进行建模，回文模式是原核生物中普遍存在的基序模式。所有这些修改都大大提高了程序的性能。除了在发现酿酒酵母RAP1、枯草芽孢杆菌RNA聚合酶和大肠杆菌CRP的结合基序方面取得初步成功外，我们还使用BioProspector从黄曲霉基因组中发现了s54基序，从DBTBS启动子集合中发现了许多枯草芽胞杆菌基序，以及从酵母表达数据中发现了基序。 主页： http://ai.stanford.edu/~xsliu/BioProspector公司/ 相关软件： TRANSFAC公司；贾斯帕；Web徽标；Cis模块；物理ME；TEIRESIAS公司；RegulonDB公司；ClustalW公司；游戏；生物优化器；Pfam公司；PROSITE公司；DWE公司；安全系统；SMOTE公司；ts桥；菲利普；fastDNAml（快速DNAml）；MotifVoter（MotifVoter）；印章 引用于： 21文件 全部的 前5名56位作者引用 三 周，清 2 罗恩·阿佩尔。 2 罗宾·格拉斯 2 大卫·罗梅罗·埃尔南德斯 2 Sunduz Keles公司 2 范德拉恩，马克·约翰内斯 2 王永红（Wong，Wing Hung） 1 Samuel A.Andersson。 1 斯坦尼斯拉夫·安吉洛夫 1 乔尔·巴德。 1 伊迪奥·班奈 1 梅耶利·巴拉加蒂 1 奥利弗·本博姆 1 Panayiotis V.贝诺斯。 1 陈，龚 1 布鲁斯·克雷格（Bruce A.Craig）。 1 邓明华 1 桑德琳·杜多特 1 迈克尔·艾森。 1 冯秀成 1 金子，亚伦 1 阿格尼斯·格里莫 1 梅耶特里·古普塔 1 顺介英纳加 1 谢恩·詹森（Shane T.Jensen）。 1 季洪凯 1 焦立成 1 蒂姆·基维奥亚 1 库·南卡罗来纳州。 1 佐托鲁·库哈拉 1 延斯·拉格伦 1 Sierra M.李。 1 刘军S。 1 刘·安吉拉 1 刘丽芳 1 Liu，X.雪莉 1 加西姆·马赫德瓦尔 1 肖恩·马霍尼 1 维利·梅基宁 1 乌萨木丸山 1 宫野，佐藤 1 阿巴斯·诺扎里·达里尼 1 Pommeret、Denys 1 钱敏平 1 杰弗里·罗森塔尔。 1 梅迪·萨德吉 1 赛尔夫，史蒂夫 1 特里·史密斯。 1 孙凤柱 1 吉本田田 1 Jon C.韦克菲尔德。 1 万，林 1 王传才 1 Woodard，Dawn B。 1 谢军 1 邢彪 全部的 前5名15篇连载文章中引用 三 生物计量学 2 统计年鉴 2 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 计算机与数学及其应用 1 信息科学 1 物理D 1 统计科学 1 神经网络 1 欧洲运筹学杂志 1 生物统计学 1 计算生物学和化学 1 离散算法杂志 1 统计方法 1 统计与计算 1 理论生物学杂志 全部的 前5名在9个字段中引用 16 生物学和其他自然科学（92-XX） 11 统计学（62-XX） 5 概率论与随机过程（60-XX） 5 数值分析（65-XX） 三 计算机科学（68至XX） 三 运筹学、数学规划（90-XX） 2 统计力学，物质结构（82-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 信息与通信理论、电路（94-XX） 按年份列出的引文