星基 swMATH ID: 23121 软件作者： 李建华、刘S、周H等 描述： starBase v2.0：从大规模CLIP-Seq数据中解码miRNA-ceRNA、miRNA-ncRNA和蛋白质-RNA相互作用网络。尽管microRNAs（miRNAs）、其他非编码RNA（ncRNA）（如lncRNAs、伪基因和circRNAs等）和竞争性内源性RNA（ceRNAs。在本研究中，我们开发了starBase v2.0(http://starbase.sysu.edu.cn/)从37项独立研究产生的108个CLIP-Seq（PAR-CLIP、HITS-CLIP、iCLIP、CLASH）数据集中系统地识别RNA-RNA和蛋白-RNA相互作用网络。通过分析数百万个RNA结合蛋白结合位点，我们确定了约9000个miRNA-cirRNA、16000个miRNA-pseudogene和285000个蛋白-RNA调节关系。此外，starBase v2.0已经更新，提供了迄今为止最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA相互作用网络。我们从CLIP支持的miRNA靶位点中鉴定了约10000对ceRNA。通过结合13个功能基因组注释，我们开发了miRFunction和ceRNAFunction网络服务器，以预测miRNA-介导调控网络中miRNAs和其他ncRNAs的功能。最后，我们开发了交互式web实现，以提供上述大规模数据集的可视化、分析和下载。这项研究将大大扩展我们对ncRNA功能及其协调调控网络的理解。 主页： http://starbase.sysu.edu.cn/ 相关软件： Lnc疾病；lncRNA数据库；KEGG公司；BLAT（爆炸）；miR基底；边缘R；Rfam公司；记录仪；生物网格；阿拉伯国家石油公司；iCircDA-MF公司；CircR2疾病；NBI公司；剂量；MOEA/D公司；DEGseq公司；BSMAP公司；烤面包；天鹅绒；蛛形纲 引用于： 10文件 全部的 前5名36位作者引用 三 王磊 三 宣展伟 2 平、彭瑶 2 赵浩晨 1 阿兰塞（Ana M.Aransay）。 1 弗朗西丝卡·M·布法。 1 戴、蔡 1 安德鲁·达万 1 克里斯托弗·恩格斯特罗姆 1 冯翔 1 Fu，Benjamin M.M。 1 迈克尔·哈肯伯格 1 Hillary S.W.Han。 1 阿德里安·哈里斯。 1 张慧 1 帕特里克·约翰逊 1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。 1 Kuang、Linai 1 雷秀娟 1 斯文·内兰德 1 潘毅 1 裴廷瑞 1 克里斯汀·迈克尔·雷迪斯 1 罗德里格斯-埃兹佩列塔，奈亚拉 1 斯科特，雅各布·G。 1 谢尔盖·西尔维斯特罗夫。 1 韩思玉 1 弗雷德里克·斯沃特林。 1 魏、杜 1 霍尔格·魏绍普特 1 吴方祥 1 梁延春 1 Ying，Li（李莹） 1 于景文 1 周顺贤 1 朱、仙游 5篇连载文章中引用 三 医学中的计算和数学方法 2 数学生物科学 1 信息科学 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 全部的 前5名在6个字段中引用 10 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 总体主题；集合（00-XX） 2 组合数学（05-XX） 2 计算机科学（68至XX） 1 常微分方程（34-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文