更新的细菌和考古参考基因组收藏现已推出！

更新的细菌和考古参考基因组收藏现已推出！

下载更新的细菌和古细菌参考基因组采集! 我们通过在年350000多个原核基因组中为每个物种选择“最佳”基因组组合，建立了20403个基因组的集合参考序列（大肠杆菌除外，其中两个组件被选为参考）。对选择标准进行了更改，包括类型和完整程序集的升级，与以前的更新相比，这导致了更大的更改集。

有什么新功能？
  • 2298种有更新的参考
  • 1123个物种首次出现在这个集合中
  • 1125个物种的参考组合比2024年4月台
  • 由于NCBI分类学的变化或物种分配的不确定性，50个物种被删除

继续阅读“更新的细菌和考古参考基因组收藏现已提供！” →

RefSeq Release 226可用！

RefSeq Release 226可用！

查看RefSeq 226版，现已推出联机以及来自文件传输协议网站。您可以通过以下方式访问RefSeq数据NCBI数据集。该版本作为一个完整的数据集在多个目录中提供，并按逻辑分组进行划分。

此版本中包括什么？

截至2024年9月13日，此完整版本包含基因组、转录物和蛋白质数据，包括：

  • 472512852条记录
  • 355355673蛋白质
  • 65576846个RNA
  • 155792种生物的序列

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NCBI的读取汇编和注释管道工具（RAPT）将于2024年12月退役

截至2024年12月，NCBI的试点工具，读取部件和注释管道工具（RAPT）将不再可用。

我们鼓励您查看NCBI的组装和注释工具套件，包括基因组组装器SKESA公司，分类赋值工具ANI公司和原核基因组注释管道(PGAP公司).

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问题？

请随时联系我们的服务台info@ncbi.nlm.nih.gov如果你有任何问题或担忧。

亚马逊网络服务（AWS）上SRA数据访问的更改

亚马逊网络服务（AWS）上SRA数据访问的更改

访问SRA数据的经济高效的替代方案  

重要提示！的存储层序列读取存档（SRA）数据可用通过亚马逊网络服务（AWS）商业水桶正在向不经常访问预计这一变更将于2024年9月底完成。为了减轻此更改的成本影响，我们建议调整您的数据访问工作流，以利用SRA工具包访问SRA数据。阅读更多. 

请注意，此更改不会影响SRA数据访问谷歌云平台（GCP）或NCBI服务器.    继续阅读“亚马逊网络服务（AWS）上SRA数据访问的更改” →

马上就来！改进ClinVar中功能数据的表示

马上就来！改进ClinVar中功能数据的表示

NCBI正在改进功能数据的提交方式ClinVar公司以及如何在XML格式和网站上表示它们。ClinVar中几乎一半的变异是意义不确定的变异（VUS）。目前尚不清楚对这些变异采取何种临床行动，这给临床医生带来了挑战。解决VUS的一种潜在方法是开发功能分析，以确定变异体在转录物或蛋白质水平上对基因产物的影响。虽然ClinVar目前可以接受功能数据，但我们正在努力使提交更容易、更高效，并使数据更容易找到和使用。   继续阅读“即将到来！改进ClinVar中功能数据的表示” →

向基因表达综合总线（GEO）提交高通量序列数据

向基因表达综合总线（GEO）提交高通量序列数据

将您的转录组学和表观基因组数据提交给基因表达总览（GEO)! GEO是一个依赖于您提交的数据的公共功能基因组数据存储库。我们很高兴宣布一个新的提交界面，以改善您的体验。  

有什么新功能？ 
  • 用于上传GEO元数据的web界面
  • 立即验证元数据的格式和完整性
  • 通过如何修复说明立即报告错误
  • 更快的提交处理

继续阅读“向基因表达总站（GEO）提交高通量序列数据” →

新里程碑！NCBI病原检测达到200万株

新里程碑！NCBI病原检测达到200万株

NCBI的病原体检测资源收集、分析和报告细菌和真菌分离物基因组序列，用于疫情识别和跟踪。病原体检测对于监测以下疾病的抗微生物耐药性、毒力和抗应激性也至关重要97致病分类群涵盖753种，现在包括超过种的分析结果200万株!

病原体检测是如何工作的？

病原体检测提供两种主要的自动实时分析：

  1. 它迅速将相关病原体基因组序列聚类，以确定潜在的传播链，帮助公共卫生科学家调查疾病暴发。
  2. 作为国家抗生素抗性生物数据库（NDARO），NCBI使用AMRFinderPlus公司鉴定细菌基因组序列中发现的抗生素耐药性、应激反应和毒力基因。这使科学家能够追踪耐药性基因的传播，并了解抗微生物耐药性、应激反应和毒力之间的关系。 

继续阅读“新里程碑！NCBI病原检测达到200万株” →

NCBI酵母分类更新

NCBI酵母分类更新

作为之前宣布的，NCBI正在不断改进我们的分类学资源以响应新数据和生物命名法的变化。我们最近对芽孢酵母及其同系物进行了分类更改(酵母亚门)，由1200多个物种组成，表现出与动植物相似的基因组多样性水平。此更新影响了600多万条记录。查看我们的新产品分类浏览器在NCBI数据集中。  继续阅读“NCBI酵母分类更新” →

现已推出：GenBank 262.0版！

现已推出：GenBank 262.0版！

GenBank（基因银行）262.0版（2024年8月22日）现在可以在NCBI FTP站点本次发布有34.10万亿个基数和47.6亿个记录。

当前版本具有：

  • 251998350条包含3675462701077个序列数据碱基对的传统记录
  • 3569715357个WGS记录包含29643594176326个序列数据碱基对
  • 755907377条批量TSA记录，包含706085554263个序列数据碱基对
  • 187321998个批量TLS记录，包含77026446552个碱基对的序列数据

继续阅读“现在可用：GenBank 262.0版！” →

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）16.0版现已推出！

NCBI隐马尔可夫模型（HMM）16.0版现已推出！

下载16.0版NCBI蛋白质谱的隐马尔可夫模型（HMM）原核基因组注释管道（PGAP）! 使用HMMER序列分析包.

有什么新功能？

版本16.0包含：

  • NCBI维护的17078 HMM
  • 自15.0版以来，共有406个新HMM
  • NCBI HMM和相应HMM之间的GO术语Interpro公司在大量HMM上对条目进行了比较和评估，并进行了更新（新增：307条；删除：39条；更新：1482条）。 

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