验证和差异报告错误解释
下面列出了处理过程中发现的个别错误的解释。其中包括修复错误的建议，以修复最常见的问题。有关基因组的问题，请写信给：genomes@ncbi.nlm.nih.gov有关GenBank的问题，请写信给：gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov
错误列表
SEQ_FEAT_BadCharIn作者姓氏
解释：作者名称包含非法字符。
建议：检查序列和出版物引用中的姓氏（姓氏）。名称只能使用纯ASCII文本。姓氏不应包含符号、数字、重音符号、变音符号、带变音符号的字符，也不应以标点符号结尾。请注意，带有内部标点符号的名称，如“St.John”或“D'Abaco”将生效。
示例：
错误：亨利·琼斯。，Carlos Méndez，Xu 1翁
更正：亨利·琼斯、卡洛斯·门德斯、徐翁
在这些姓氏中使用终结点、重音和数字会导致错误。可以通过删除符号、带变音符的字符、数字或标点符号来更正错误。
SEQ_FEAT_BadCharIn作者姓名
解释：作者名称包含非法字符。
建议：检查序列和出版物引用中的名字（给定名称）。名称只能使用纯ASCII文本。名称不应包含符号、数字、重音符号、变音符号、带变音符号的字符，也不应以标点符号结尾。请注意，带有内部标点符号的名称，例如“St.John”或“D'Abaco”或“Mei-Lai”都可以。
示例：
错误：J#ane Doe，JoséPerez，1Xu Weng
更正：Jane Doe、Jose Perez、Xu Wang
使用符号和数字会导致错误。可以通过删除符号、带变音符的字符、数字或标点符号来更正错误。
SEQ_FEAT_内部停止
解释：预测的编码区域包含一个内部终止密码子。这通常表明核苷酸序列错误或低质量序列末端修剪不足。
建议：检查序列数据。从序列中删除低质量或有问题的数据。
GENERIC_作者列表HasEtAl
解释：作者列表包含et al。
建议：检查序列和出版物参考中的名称（姓氏）。使用作者的完整姓名列表。不要用“et al.”来表示作者列表。
SEQ_DESCR_Bad海拔高度
解释：高度是无效的高度值。海拔高度应以米为单位
建议：更正或删除高度源修正值。提供高于或低于标称海平面的高度（以米为单位）。海拔代表采集序列样本的位置的地理海拔。
示例：
1235米
-20米
SEQ_DESCR_Bad收集日期
解释：收款日期的格式不符合要求。
建议：更正collection-date源修饰符，使日期的格式正确。例如，collection-date的格式应该如下：DD-MMM-YYYY，其中月份是英语中的三个字母代码。对于基因组和生物样本提交，可以使用ISO 8601标准，参见说明和示例在这里.
正确格式的收藏日期示例：
1999年7月1日
2010年11月
2008
SEQ_DESCR_Bad国家代码
解释：国家代码（直到第一个冒号）不在批准的国家列表中。
建议：更正批准的国家名单并验证国家/地区值的格式是否正确。如果要包含更具体的位置信息，必须首先放置批准的国家/地区名称，然后是冒号，最后是其他信息。国家/地区有特定的格式，必须按以下格式设置：
<批准的国家名称>：<地区或特定区域>
示例：
冰岛
加拿大：温哥华
大西洋：查理·吉布斯断裂带
SEQ_DESCR_BadPCR引物名称
解释：PCR引物名称似乎是序列而不是识别标签。
建议：fwd-primer-name和rev-primer-nname值不应为引物序列。在源修改器中更正此信息。如果您打算提供引物序列，请使用fwd-primer-sequence和rev-primer-ssequence源修饰符。
SEQ_DESCR_BadPCR主序列
解释：PCR引物序列具有非法字符或非IUPAC核苷酸。
建议：PCR引物序列必须仅包含核苷酸序列。不要包含任何额外信息，例如引物名称、5'-或3'。删除多余的信息，使fwd-二聚体序列和rev-二聚物序列修饰语包含IUPAC简并碱基字母表中给出的核苷酸。如果引物序列中有肌苷（i），则在字母i两侧使用大于和小于符号格式化，如“atggggaccc”。
例如：
不正确：5'-atggggaccc-3'，5'-ttkktcaiccgc-3'
更正：atggggaccc，ttkktca毛细管气相色谱法
序列_DESCR_BadVoucherID
解释：以下源修饰符之一缺少特定标识符：culture-collection、specimen-voucher或bio-material。
建议：更正文化收集、样本凭证或生物材料源修饰符的格式。文化收集、样本凭证或生物材料缺少标识符。培养收集应用于微生物序列，而样品-凭证应仅用于植物和动物。不要使用specimen-voucher来描述微生物序列提交的宿主信息。
culture-collection的格式必须如下：“<institution-code>：[<collection-code>：]<culture-id>”。机构代码和文化ID是必需的，集合代码是可选的。机构代码必须有效。请参阅描述正确的格式和列表允许的机构。
文化收集的一个例子是：CBS:1234
在本例中，CBS是机构代码，1234是文化ID。机构代码和文化ID之间必须有冒号。
样本凭证不需要按照上述格式进行构造。您可以删除冒号以取消构造样本-凭证。
SEQ_DESCR_生物源缺失
解释：未正确描述该序列的生物来源。提交的文档必须包含涵盖整个分子的源描述符。请添加源信息。
建议：为提交的每个序列提供一个生物体名称。
SEQ_DESCR_DuplicatePCR Primer序列
解释：PCR引物序列有重复的子序列。
建议：源修饰语中有多个相同的引物序列。删除重复的序列，这样就只有唯一的引物序列。
解释：以下源修饰符之一缺少特定标识符：culture-collection、specimen-voucher或bio-material。
建议：更正文化收集、样本凭证或生物材料源修饰符的格式。文化收集、样本凭证或生物材料缺少标识符。培养收集应用于微生物序列，而样品-凭证应仅用于植物和动物。不要使用specimen-voucher来描述微生物序列提交的宿主信息。
区域性集合的格式必须如下：“＜机构代码＞：〔＜集合代码＞：〕＜区域性id＞”。机构代码和文化ID是必需的，集合代码是可选的。机构代码必须有效。请参阅描述正确的格式和列表允许的机构。
一个示例文化集合是：CBS：1234
在本例中，CBS是机构代码，1234是文化ID。机构代码和文化ID之间必须有冒号。
样本凭证不需要按照上述格式进行构造。您可以删除冒号以取消构造样本-凭证。
SEQ_DESCR_LatLon国家
解释：lat_lon和country不一致
建议：提供的经纬度（lat-lon）值未映射到提供的源国家/地区，因此请更正或删除lat-lon值和/或国家/地区源修饰符。以十进制度数提供罗盘方向的纬度（例如：39.7 N 42.1 W），并检查纬度坐标是否映射到您提供的国家。
解释：lat-lon的格式应为dd.dd N|S ddd.dd E|W。
建议：使用十进制度数格式的纬度-经度（lat-lon）坐标和指南针方向更正纬度-经纬度（lat-lon）源修饰符。例如：39.7 N 42.1 W
序列_DESCR_LatLonRange
解释：纬度或经度超出范围。
建议：更正或删除源修饰符中的经纬度（lat-lon）值。提供以十进制度数表示的纬度，并包括罗盘方向（例如，39.7 N 42.1 W）。经度值的范围为0到180E或0到180W。纬度值的范围为0到90 N或0到90 S。超出这些范围的数字将导致错误。
序列_DESCR_LatLonValue
解释：纬度或经度值似乎位于错误的半球或交换。
建议：更正或删除源修饰符中的纬度-经度（lat-lon）值。记录的锁定值与提供的来源国不一致。根据来源国，纬度值似乎具有错误的半球或被交换。检查坐标和罗盘方向，并提供正确的值。
通用_缺少发布要求
解释：出版物缺少重要信息，如标题或作者。
建议：检查参考资料。提供作者姓名、标题，并选择出版状态（未出版、正在出版或已出版）。如果标题已出版或正在出版，请提供其他信息，包括出版年份、期刊、卷和页数（如适用）。
通用_丢失信息
解释：缺少一个发布要求。
建议：如果出版物是印刷或出版的，请检查是否添加了年份、作者、标题和期刊名称。对于提交人参考，检查机构和国家是否存在。
SEQ_DESCR_结构化凭证
解释：文化集合需要结构为“<机构代码>：[<集合代码>：]<文化id>”。
建议：更正culture-collection源修饰符的格式。机构代码和文化ID是必需的，集合代码是可选的。按照说明中的格式说明进行操作。区域性集合必须有一个有效的机构代码，后跟冒号和区域性ID。请参阅列表允许的机构。
例如CBS:1234
在本例中，CBS是机构代码，1234是文化ID。机构代码和文化ID之间必须有冒号。
如果集合不在允许的机构列表中，请发送电子邮件至gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov附上以下信息：您的GenBank SUB#，确认该收藏是一个精选标本集，收藏主页，以及馆长的姓名、电话和电子邮件。
16SrRNA的SEQ_DESCR_Wrong生物体
说明：真核核糖体中不存在16S核糖体RNA。
建议：检查你提交的序列的生物体名称。如果您提交的是原核生物16S核糖体RNA，则生物体名称应具有原核生物名称。请勿将宿主用作生物体名称。例如，如果细菌16S rRNA是从人类样本中测序的，请使用未培养的细菌作为生物体名称，不要使用智人作为生物体名称。
检查您用于提交的工具。如果您正在使用原核生物16S rRNA序列提交向导来提交非原核生物16 S rRNA的序列，您应该使用不同的提交工具提交序列。
SEQ_DESCR_Wrong凭证类型
解释：机构（或机构：托收）代码通常使用不同的生物材料/文化托收/样本凭证类型。
建议：在源修饰符中，使用源修饰词“culture-collection”而不是“specimen-voucher”，反之亦然。例如，如果在以tab分隔的表中提供了源修饰符，请编辑该表，以便使用列标题“culture-collection”代替“specimen-voucher”，并上载修改后的表。
请注意，培养收集应用于微生物序列，而样品凭证应仅用于植物和动物。不要使用specimen-voucher来描述微生物序列提交的宿主信息。
SEQ_DESCR_无效SexQualifier
解释：提供的信息不在此限定符的批准值列表中。
建议：使用下列术语之一。如果您的术语没有列出，您可能使用了错误的限定符。请参见描述以及示例。
性别值：雌性、雄性、雌雄同体、单性、双性、无性、雌雄异体[或金钱]、雌雄异株[或死亡]
DISC_DUP_DEFLINE光盘
解释：定义行应唯一
建议：您的一些记录没有唯一信息。提供唯一源信息的组合。例如，提供唯一的克隆名称。例如，两个唯一的克隆名称是xyz1-123和xyz2-567。
DISC_FEATURE_MOLTYPE_不匹配
解释：具有rRNA或misc_RNA特征的序列应为基因组DNA
建议：分子类型应表示实际测序的分子类型。一般来说，对rRNA基因或rRNA/ITS区域进行测序的提交实际上是对基因组DNA进行测序。在您指出已测序的分子类型的地方更正此信息。例如，如果您在FASTA定义行中指出rRNA，请删除此信息或将其更改为基因组DNA。如果你真的测序了RNA，请写信给gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov带有您的提交编号。
DISC_INFLUENZA_DATE_MISMATCH公司
解释：应变和collection_date中给出的年份存在差异
建议：请验证现场收集病毒的正确日期，并更新毒株或collection_date。
DISC_INFLUENZA_质量
解释：提交流感序列需要以下源信息：菌株、国家、采集日期、宿主
建议：查看上载的源表并添加缺少的信息。
DISC_INFLUENZA_服务类型
解释：提交甲型流感序列需要血清型
建议：查看上传的源表并添加流感a提交的血清型。
解释：流感A血清型的格式必须为HxNx、Hx、Nx或混合，其中x代表数字
建议：检查提供的血清型信息并调整到正确的格式。
光盘_发布_附件
解释：缺少从属关系
建议：您提交的资料中缺少进行测序/分析工作的机构名称。在您提供联系信息的地方提供此信息。
DISC_NO_注释
解释：无法将批注添加到此序列。
建议：验证您是否为序列选择了正确的提交类型。其他错误可能会与此错误一起出现，以澄清问题。
DISC_REQUIRED_CLONE光盘
解释：未培养或环境来源应具有克隆
建议：为序列提供唯一（不相同）的克隆名称。克隆名称通常是一个字母数字标识符，用于跟踪实验室中的样本。克隆名称不是生物体名称，也不是您正在研究的基因的名称。两个唯一的克隆名称的示例是xyz1-123和xyz2-567。
DISC_REQUIRED_STRAIN光盘
解释：培养的原核来源应具有菌株
建议：为序列提供唯一（非相同）菌株名称。菌株名称是一种字母数字标识符，可以以任何方式指定，例如，它可以基于个人或地区的名称。例如，对于大肠杆菌K12，“K12”是菌株名称或标识符。
