TPA常问问题

TPA:实验和TPA的区别是什么?

TPA中的序列记录是直接由实验证据支持的,而TPA中的序列数据和注释:推理数据库被实验证据间接支持。

TPA和GenBank有什么区别?

TPA数据库包括从已经在DDBJ/EMBL/GenBank数据库中已经表示的初级基因组和/或mRNA序列衍生/组装的序列。这些序列记录包括直接或间接实验支持的新注释,它已发表在同行评审的科学期刊上。

GenBank档案序列数据库包括从单个实验室提交的可公开的DNA和RNA序列和大规模测序项目。GenBank登录号码被分配给这些提交的序列。在NCBI的GenBank、EMBL核苷酸序列数据库(EMBL)和日本DNA数据库(DRBJ)之间交换提交的序列数据,以实现全面覆盖。作为一个档案数据库,GenBank对于某些基因位点可能是多余的。GenBank序列记录由原始提交人拥有,不能由第三方更改。

TPA和GenBank之间的主要区别是GenBank记录表示已经由提交者直接确定的核苷酸序列,而TPA记录表示由该原始序列数据构建的核苷酸序列,其新注释直接或间接地由实验证据支持。

TPA和RefSeq有什么区别?

TPA和ReFeSQ序列均来源于DDBJ/EMBL/GenBank国际核苷酸序列协作数据库中发现的主要序列数据。然而,虽然RefSeq注释是基于文献中可用的附加信息和/或自动计算方法,但是TPA注释必须直接或间接地由提交者提供实验证据。

主序列是什么?

初级核苷酸序列已经由它们的提交者实验确定。要用于构建TPA序列提交,必须在DBJ/EMBL/GenBank、跟踪存档或全基因组鸟枪(WGS)序列数据库中公开提供主序列。

ReFSEQ序列不被认为是主序列,因为它们是从一级序列导出的。例如,从前缀XM'(mRNA)和XRIZ(非编码转录本)开始的NCBI登录号是由NCBI的基因组注释项目产生的模型参考序列。

假基因是否应提交给TPA?

虽然假基因在生物体的基因组中是常见的,但很难证明一个序列真的代表假基因。因此,实验支持的假基因仅对TPA是可接受的:推断。一个支持伪基因描述的实验工作的例子可以在PubMed中找到:一千五百九十万八千零九十九. 此外,假基因可以作为包括TPA:实验和/或DDBJ/EMBL/GenBank功能同系物作为比较序列的研究的一部分提交。

实验是什么组成的?

TPA数据库被创建为注释库,该注释是基于在DDBJ/EMBL/GenBank数据库中保存的现有核苷酸序列的湿台实验结果而导出的。

有效的TPA序列的支持证据包括使用核苷酸序列信息来研究RNA在各种组织中的表达和研究启动子元件。概念翻译已被用于各种蛋白质研究,包括GST融合分析和酶动力学。这些只是一些可以做的研究的例子。

自身的计算研究不构成实验证据,必须伴随着支持新注释的生物学实验。

是否应该将系统发育或种群研究提交给TPA?

描述基因家族的注释成员的集合的系统发育或群体研究可以被提交为TPA:推断提供的集合中的至少一个成员是由集合的提交者确定的实验证据支持的。支持证据提交应符合TPA:实验或DDBJ/EMBL/GenBank。

一个完整的基因组可以从数据库中的序列或完整基因组的改进注释提交给TPA吗?

代表完整基因组的序列记录可以提交给TPA:推断提供注释的特征已经被分配了基因符号或产品标识符。如果只有一些注释被改进,整个基因组的序列就不应该提交给TPA;只需要提交新的注释的相关序列。

来自单个生物体或多个生物体的基因家族可以提交到TPA吗?

系统发育和BLAST(相似性)分析不足以支持TPA的新诠释:推断或TPA:实验。然而,如果集合中的至少一个成员由集合的提交者确定的实验证据支持,则可以提交给TPA:推断。支持证据提交应符合TPA:实验或DDBJ/EMBL/GenBank。

我能用附加的序列和/或注释来更新我的TPA记录吗?

若要用附加的序列和/或注释更新现有记录,应满足以下要求:

  • 任何新的序列必须由一级序列覆盖。如果当前基色不覆盖这个附加序列,则必须提供新的主要登录号。
  • 任何新的注释必须包含在现有出版物或新的同行评审出版物中。

TPA:推断记录被更改为TPA实验记录吗?

对于一个序列从TPA:推断到TPA:实验,湿台实验工作,支持注释中提出的TPA记录必须执行,并发表在同行评审的期刊。

现有数据的注释是否适合其他地方?

NCBI ReFSEQ小组欢迎专家们的评论、批评和来自科学界其他人的建议。有许多个人和团体参与RefSEQ的有机体、基因或基因家族的水平。如果您感兴趣,请与ReqSq-Admin @ NcB.nLM.NIH.GOV或NCI ReqSeq组联系。雷夫斯克.

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最后更新:2017~11-09T23:39∶24Z