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数据库参考

这个/数据库参考限定符是将DNA序列记录链接到其他外部数据库的工具。

下面的文本概述了允许的数据库交叉引用的格式和当前列表。应向其中一个协作数据库查询其他数据库类型的添加情况。

限定符:/db_xref=“数据库:标识符"定义:数据库交叉引用:指向相关信息的指针在另一个数据库中范围:所有功能键值格式:"数据库:标识符“其中数据库是的名称包含相关信息的数据库,以及标识符是相关的内部标识符根据交叉引用数据库。示例:交叉引用GDB标识符:/db_xref=“GDB:39999”交叉引用Swiss-Prot条目:/db_xref=“Swiss-Prod:P12345”

对于所有人数据库类型“Case”很重要。国际协作组织的所有成员数据库(DDBJ、ENA/EBI和GenBank/NCBI)可以在方便的情况下建议在此列表中添加或删除数据库,无需依赖特性表文档的发布周期。


数据库:数据库描述,并键入示例。


目前,该清单包括:

db_xref列表
         

AceView/蠕虫基因

 

AceView蠕虫基因组

 

/db_xref=“AceView/WormGenes:vha-6”

         
AFTOL公司   组装生命之树   /db_xref=“AFTOL:959”
         
蚂蚁网   蚂蚁数据库   /db_xref=“AntWeb:CASENT0058943-D01”
         
APHIDBASE公司   蚜虫基因组数据库   /db_xref=“APHIDBASE:ACYPI007424”
         
ApiDB公司   Apicomplexan数据库资源   /db_xref=“ApiDB:cgd1_1090”
         
ApiDB_加密数据库   隐孢子虫基因组资源   /db_xref=“ApiDB_CryptoDB:cgd7_20”
         
ApiDB_PlasmoDB公司   疟原虫基因组资源   /db_xref=“ApiDB_PlasmoDB:PF11_0344”
         
ApiDB_ToxoDB公司   弓形虫基因组资源   /db_xref=“ApiDB_ToxoDB:49.m00014”
         
阿拉波特   拟南芥信息门户   /db_xref=“Araport:AT1G01010”
         

尽快

 

基因组群落分析的系统注释包

 

/db_xref=“尽快:ABE-0000006”

         

美国标准菌库

 

美国类型文化收藏数据库

 

/db_xref=“ATCC:123456”

         

ATCC(主机中)

 

美国类型文化收藏数据库

 

/db_xref=“ATCC(主机中):123456”

         

ATCC(dna)

 

美国类型文化收藏数据库

 

/db_xref=“ATCC(dna):123456”

         
阿克塞尔德布  

非洲爪蟾数据库

 

/db_xref=“Axeldb:32B3.1”

         

BDGP_EST公司

 

伯克利果蝇基因组计划EST数据库

 

/db_xref=“BDGP_EST:123456”

         

BDGP_INS

 

伯克利果蝇基因组计划——插入

 

/db_xref=“BDGP_INS:123456”

         

贝巴斯

 

蜜蜂基地

 

/db_xref=“BEEBASE:GB55480”

         

BEETLEBASE公司

 

Tribolium基因组数据库——插入

 

/db_xref=“BEETLEBASE:TC030551”

         

BEI公司

 

BEI资源

 

/db_xref=“BEI:NR-50065”

         

背景数据

 

牛基因组数据库

 

/db_xref=“BGD:BT10004”

         

粗体

 

生命条形码数据库

 

/db_xref=“粗体:EPAF263”

         

卡布里

 

生物资源和信息共享项目

 

/db_xref=“CABRI:ACC 424”

         
CCAP公司  

藻类和原生动物的培养收集

 

/db_xref=“CCAP:1460/15”

         
客户尽职调查  

保守结构域数据库

 

/db_xref=“CDD:02194”

         
         
CGD公司  

念珠菌基因组数据库

 

/db_xref=“CGD:CAL0005934”

         

数据库EST

 

NCBI维护的EST数据库。

 

/db_xref=“dbEST:123456”

/db_xref=“dbEST:BP535535”

         

数据库探测器

 

NCBI探针数据库核酸试剂公共注册

 

/db_xref=“dbProbe:38”

         

数据库SNP

 

NCBI维护的变体数据库。

 

/db_xref=“dbSNP:4647”

/db_xref=“dbSNP:rs133073”

         

数据库STS

 

在NCBI维护STS数据库。

 

/db_xref=“dbSTS:456789”

/db_xref=“dbSTS:BV210161”

         
字典库   网柄菌基因组数据库   /db_xref=“dictyBase:DDBB0191090”
         
         

ECOCYC公司

 

大肠杆菌数据库

 

/db_xref=“ECOCYC:sroC”

/db_xref=“ECOCYC:C0343”

生态基因   的数据库大肠杆菌顺序和功能   /db_xref=“生态基因:EG11277”
         

ENSEMBL公司

 

自动注释基因组数据的数据库

 

/db_xref=“ENSEMBL:人类克隆-AC005612”

/db_xref=“ENSEMBL:HUMAN-Gene-ENSG0000007102”

         

集合基因组

 

跨分类空间扩展集成

 

/db_xref=“集合基因组:AAC73116”

/db_xref=“信号群基因组:b0005”

         

集合基因组-Gn

 

集合基因组基因

 

/db_xref=“集成基因组-Gn”

         

集成基因组-Tr

 

集合基因组转录本

 

/db_xref=“集成基因组-Tr:MAPG_00606T0”

环境人口与可持续发展教育

 

真核生物启动子数据库

 

/db_xref=“EPD:EP00576”

         
埃里克   肠病原资源整合中心   db_xref=“ERIC:ABY-0246137”
         

ESTLIB公司

 

EBI的EST库标识符

 

/db_xref=“ESTLIB:1200”

         

风扇_DB

 

鼠标功能注释数据库

 

/db_xref=“FANTOM_db:0610005A07”

         

固定基地运营商

 

国际真菌工作组真菌条形码。

 

/db_xref=“FBOL:2224”

         

FLYBASE(飞行基地)

 

果蝇遗传和分子数据数据库。

 

/db_xref=“飞行基地:FBgn0000024”

         

真菌属

 

真菌索引

 

/db_xref=“真菌:ID550186”

         

石笼

 

不同植物基因组研究项目网络

 

/db_xref=“GABI:HA05J18”

         

GDB公司

 

人类基因组数据库登录号

 

/db_xref=“GDB:G00-128-600”

         

通用数据库

 

大型利什曼原虫和布氏锥虫治愈基因数据库

 

/db_xref=“通用数据库:SPCC285.16c”

         

基因ID

 

Entrez基因数据库(取代NCBI基因座链接)

 

/db_xref=“基因ID:3054987”

         

GI公司

 

GenInfo标识符,用作核苷酸和蛋白质的唯一序列标识符

 

/db_xref=“GI:1234567890”

         

GO(开始)

 

基因本体数据库标识符

 

/db_xref=“GO:123”

         

美国政府

 

基因本体注释数据库标识符

 

/db_xref=“GOA:P01100”

         
Greengenes公司   16S rRNA基因数据库   /db_xref=“Greengenes:269185”
         
GRIN公司   种质资源信息网   /db_xref=“GRIN:1005973”
         

HGNC公司

 

人类基因命名数据库

 

/db_xref=“HGNC:HGNC:2041”

         

H-InvDB公司

 

H-邀请赛数据库

 

/db_xref=“H-InvDB:HIT00000001”

/db_xref=“H-InvDB:HIX0000001”

         

HMP公司

 

人类微生物组计划

 

/db_xref=“HMP:0536”

         

主页

 

人类口腔微生物群数据库

 

/db_xref=“主页:tax_078”

/db_xref=“主页:seq_1603”

         

高性能维护

 

人类蛋白质组图谱

 

/db_xref=“HPM:8106”

         

健康、安全和安保计划

 

蛋白质同源衍生二级结构数据库

 

/db_xref=“高速缓冲存储器:12GS

         

I5KNAL公司

 

i5k工作区

 

/db_xref=“I5KNAL:OFAS008986”

         

IKMC公司

 

国际敲除鼠协会

 

/db_xref=“IKMC:66303”

         

IMGT/GENE-DB公司

 

免疫遗传学数据库、免疫球蛋白和T细胞受体基因

 

/db_xref=“IMGT/GENE-db:IGKC”

IMGT/LIGM公司

 

免疫遗传学数据库、免疫球蛋白和T细胞受体

 

/db_xref=“IMGT/LIGM:U03895”

         

IMGT/HLA

 

人类MHC免疫遗传学数据库

 

/db_xref=“IMGT/HLA:HLA00031”

         

InterPro公司

 

InterPro蛋白质序列数据库

 

/db_xref=“InterPro:IPR002928”

         

无畏Bio

 

无畏生物信息学

 

/db_xref=“IntrepidBio:5259707746”

         

IRD公司

 

流感研究数据库

 

/db_xref=“IRD:CEIRS-CIP045-123456.2”

         

ISFinder(ISFinder)

 

插入序列元素数据库

 

/db_xref=“ISFinder:ISA1083-2”

         

伊斯兰教-ITS

 

病原真菌ITS参考数据库

 

/db_xref=“ISHAM-ITS:MITS310”

         

JCM公司

 

日本微生物收藏

 

/db_xref=“JCM:1339”

         

日本伊斯兰开发银行

 

JGI基因组门户

 

/db_xref=“JGIDB:Chluvu1_81011”

         

地点ID

 

NCBI LocusLink ID**已于2005年3月停产

 

/db_xref=“位置ID:51199”

         

玉米GDB

 

玉米基因组数据库唯一标识符

 

/db_xref=“MaizeGDB:635633”

MarpolBase公司

 

多形马尔坎蒂亚的基因组数据库

 

/db_xref=“MarpolBase:Mp1g00010.1”

         

MedGen公司

 

人类医学遗传学

 

/db_xref=“MedGen:C0010674”

         

MGI公司

 

小鼠基因组信息学

 

/db_xref=“MGI:MGI:1894891”

         

MIM公司

 

曼氏数中的孟德尔遗传

 

/db_xref=“MIM:123456”

         

miR基底

 

miRNA数据库

 

/db_xref=“miRBase:MI0000681”

         

Myco银行

 

真菌命名和物种库

 

/db_xref=“MycoBank:8284”

         

NBRC公司

 

NITE生物资源中心

 

/db_xref=“NBRC:3189”

         

下一个数据库

 

线虫表达模式数据库

 

/db_xref=“下一个数据库:CELK01662”

         

尼亚斯特

 

NIA小鼠cDNA项目

 

/db_xref=“niaEST:L0304H12-3”

         
国家公路客运专线   国家微生物病原数据资源   /db_xref=“NMPDR:图|306254.1.peg.183”
         
NRESTdb公司   天然橡胶EST数据库   /db_xref=“NRESTdb:Y01A01”
         
OrthoMCL公司   蛋白质序列的正交群   /db_xref=“OrthoMCL:OG5_130679”
         
奥萨1   水稻基因组注释项目   /db_xref=“Osa1:LOC_Os01g12345”
         
帕瑟玛   Pathema基因组资源  

/db_xref=“路径:BA_4405”

/db_xref=“路径:191218”

         
多溴联苯醚小鼠   PiggyBac突变信息中心  

/db_xref=“PBmice:38”

         

PDB公司

 

生物大分子三维结构数据库

 

/dbxref=“PDB:12GS”

         
PFAM系列   蛋白质家族的收集   /db_xref=“PFAM:PF00003
         

PGN公司

 

植物基因组网络

 

/db_xref=“PGN:aam01-1ms3-a05”

         

JGI植物群落

 

植物基因组网络

 

/db_xref=“动植物:Glyma0021s00410”

/db_xref=“植物群落:ppb016588m_2_1.p”

         

个人识别码

 

蛋白质信息资源登录号

 

/db_xref=“PIR:S12345”

         

PomBase系列

 

裂殖酵母结构和功能数据数据库

 

/db_xref=“PomBase:SPBC11B10.09”

         

 

EMBL伪蛋白标识符

 

/db_xref=“PSEUDO:CAC44644.1”

         

伪CAP

 

假单胞菌基因组数据库

 

/db_xref=“伪盖:PA0001”

         

RAP-DB型

 

水稻注释项目数据库

 

/db_xref=“RAP-db:Os01g1234567”

         

RATMAP公司

 

大鼠基因组数据库

 

/db_xref=“RATMAP:5”

         

RBGE_花园

 

爱丁堡皇家植物园生活收藏

 

/db_xref=“RBGE_garden:20021433”

         

RBGE_植物标本室

 

爱丁堡皇家植物园植物标本室

 

/db_xref=“RBGE_herbarium:E00217291”

         
无线射频AM   比对和CMs的RNA家族数据库   /db_xref=“RFAM:RF00230”
         

RGD公司

 

大鼠基因组数据库

 

/db_xref=“RGD:620528”

         

Rice基因

 

水稻数据库登录号

 

/db_xref=“水稻基因:AA231856”

         

RNA中心

 

非编码RNA序列数据库

 

/db_xref=“RNAcentral:URS00001B9622_9606”

         

RZPD公司

 

资源中心主数据库克隆标识符

 

/db_xref=“RZPD:IMAGp998I142450Q6”

         
种子   SEED数据库   /db_xref=“SEED:fig|83331.1.peg.1”
         

新加坡元

 

酵母基因组数据库

 

/db_xref=“新加坡元:L0000470”

         

新加坡国家电网

 

SOL基因组网络

 

/db_xref=“SGN:E553090”

         
SK-FST公司   萨斯卡通拟南芥T-DNA突变群体-SK Collection   /db_xref=“SK-FST:FST:SK32219”
         

大豆基地

 

甘氨酸最大值基因组数据库

 

/db_xref=“大豆基地:饱和005”

         

SRPDB公司

 

信号识别粒子数据库

 

/db_xref=“SRPDB:Arth.aure.CP000474”

         

SubtiList(子列表)

 

枯草芽孢杆菌基因组测序项目

 

/db_xref=“SubtiList:BG10001”

         

TAIR公司

 

拟南芥IR

 

/db_xref=“TAIR:AT1F51370”

         

分类单元

 

NCBI的分类标识符

 

/db_xref=“分类单元:4932”

         

TIGRFAM公司

 

TIGR蛋白家族

 

/db_xref=“TIGRFAM:TIGR00094”

         

结核清单

 

TubercuList知识库

 

/db_xref=“TubercuList:Rv3322c”

         

UNILIB公司

 

统一库数据库,dbEST、UniGene和SAGEmap中的EST和SAGE库的库级视图

 

/db_xref=“UNILIB:1002”

         

UniProtKB/Swiss-Prot公司

 

UniProt知识库的一部分,包含注释记录,其中包括策展人评估的计算分析,以及从文献中提取的信息

 

/db_xref=“UniProtKB/Swiss-Prot:P12345”

         

UniProtKB/TrEMBL公司

 

UniProt知识库的部分,包含等待完全手动注释的计算分析记录

 

/db_xref=“UniProtKB/TrEMBL:Q00177”

         

UniSTS大学

 

序列标记站点数据库

 

/db_xref=“UniSTS:486599”

         

UNITE公司

 

真菌鉴定的分子数据库

 

/db_xref=“单位:UDB000157”

         

VBASE2型

 

人和小鼠免疫球蛋白基因座种系V基因整合数据库

 

/db_xref=“VBASE2:humIGKV165”

         

ViPR公司

 

病毒病原体资源

 

/db_xref=“ViPR:HRV-A34_p1058_sR263_2008”

         

远景

 

Vista增强浏览器

 

db_xref=“VISTA:hs123”

         

矢量基

 

人类病原体无脊椎动物载体生物信息资源中心

 

db_xref=“矢量库:ENSANG0000007825”

         

VGNC公司

 

脊椎动物基因命名委员会

 

db_xref=“VGNC:VGNC:4927”

         

WorfDB(世界数据库)

 

线虫ORFeome克隆项目

 

/db_xref=“WorfDB:pos-1”

         

蜗杆底座

 

秀丽隐杆线虫基因组数据库

 

/db_xref=“WormBase:R13H7”

         

氙气

 

非洲爪蟾和热带生物及基因组资源

 

/db_xref=Xenbase:XB-GENE-1019547

         

ZFIN公司

 

斑马鱼信息网

 

/db_xref=“ZFIN:ZDB-GENE-011205-17”

上次更新时间:2021-10-25T17:46:25Z