双核X射线衍射仪

这个/dBxxRef限定符是将DNA序列记录链接到其他外部数据库的工具。

下面的文本概述了允许的数据库交叉引用的格式和当前列表。查询其他数据库类型应该添加到一个协作数据库中。

限定词:/dBxxRef=数据库标识符定义数据库交叉引用:另一个数据库中相关信息的指针经营范围:所有特征键值格式:数据库标识符“哪里数据库包含相关信息的数据库的名称,以及标识符是根据交叉引用数据库的命名约定的相关信息的内部标识符。实例:交叉引用GDB标识符:/dBxxRe= =“GDB:39999”:交叉引用瑞士PROT条目:/dBXXRF =“瑞士PROT:P12345”

为了所有数据库类型的情况是很重要的。国际合作的所有成员数据库(DDBJ、EA/EBI和GenBank/NCBI)可以在方便的情况下对数据库添加或删除数据库的建议,而不需要依赖特征表文档的发布周期。


数据库数据库的描述,并用示例来说明。


目前名单包括:

dbxxrf列表
γ γ γ γ γ

ACEVIEW/WormGenes

γ

AcEviw蠕虫基因组

γ

/dBX-XReF=“AcEvIEW/WOMMGE:VHA-6”

γ γ γ γ γ
阿托尔 γ 组装生命之树 γ /dBxxReF=“AFtol:959”
γ γ γ γ γ
安特威 γ 蚂蚁数据库 γ /dBxxReF=“ANTWEB:CaseTun558943-D01”
γ γ γ γ γ
蚜虫碱 γ 蚜虫基因组数据库 γ /dBxxRef=“ApHyBase:ACYPI072424”
γ γ γ γ γ
APIB γ ApMeMul嵌数据库资源 γ /dBxxReF=“APIDB:CGD1Y1090”
γ γ γ γ γ
ApIDb-密码数据库 γ 隐孢子虫基因组资源 γ /dBxxRef=“ApIDb*CudiDb:CGD720”
γ γ γ γ γ
阿扑霉素B γ 疟原虫基因组资源 γ /dBxxReF=“ApIDbxPytoMdB:PF11O034”
γ γ γ γ γ
阿匹达毒素 γ 弓形虫基因组资源 γ /dBxxRef=“ApIDbSytoDoB:49。M000 014”
γ γ γ γ γ
阿拉波特 γ 拟南芥信息门户 γ /dBxxReF=“ARAPORT: AT1G01010”
γ γ γ γ γ

尽快

γ

基因组社区分析的系统注释软件包

γ

/dBxxRef=“ASAP:abe- 000000 6”

γ γ γ γ γ

美国标准菌库

γ

美国式文化收藏数据库

γ

/dBxxReF=“ATCC:123456”

γ γ γ γ γ

ATCC(主机)

γ

美国式文化收藏数据库

γ

/dBxxRef=“ATCC(主机):123456”

γ γ γ γ γ

ATCC(DNA)

γ

美国式文化收藏数据库

γ

/dBxxReF=“ATCC(DNA):123456”

γ γ γ γ γ
阿克塞尔德卜 γ

爪蟾数据库

γ

/dBxxReF=“AxeldB:32 b3.1”

γ γ γ γ γ

BDGP- EST

γ

伯克利果蝇基因组计划EST数据库

γ

/dBxxRef=“bdgpjest: 123456”

γ γ γ γ γ

BDGPIN

γ

伯克利果蝇基因组计划——插入

γ

/dBxxRef=“bdgpIIN:123456”

γ γ γ γ γ

蜂巢

γ

蜂巢

γ

/ByxXReF=“BeBase:GB55 480”

γ γ γ γ γ

甜菜碱

γ

三部曲基因组数据库——插入

γ

/BuxXReF =“BeeTeBase:TC030551”

γ γ γ γ γ

γ

碑资源

γ

/dBXXRF =“BE:NR-500 65”

γ γ γ γ γ

BGD

γ

牛基因组数据库

γ

/dBxxRef=“BGD:BT1000 4”

γ γ γ γ γ

大胆的

γ

生命条形码数据库

γ

/dBxxRef =“Brand:EPAF263”

γ γ γ γ γ

卡布里

γ

生物资源共享与信息工程

γ

/dBxxRef=“CABRI:ACC 424”

γ γ γ γ γ
CCAP γ

藻类和原生动物培养

γ

/dBxxReF=“CCAP:1460/15”

γ γ γ γ γ
CDD γ

保守结构域数据库

γ

/dBxxReF=“CDD:02194”

γ γ γ γ γ
γ γ γ γ γ
CGD γ

念珠菌基因组数据库

γ

/dBxxReF=“CGD:CAL000 05934”

γ γ γ γ γ

德贝斯特

γ

EST数据库保存在NCBI。

γ

/dBxxReF =“dBEST:123456”

/dBxxReF=“dBEST:BP535535”

γ γ γ γ γ

双探针

γ

NCBI探针数据库公开核酸试剂注册处

γ

/dBxxRef=“dBoox:38”

γ γ γ γ γ

数据库管理系统

γ

在NCBI维护的变化数据库。

γ

/dBxxRef =“dBSNP:4647”

/dBxxRef=“dSNP:RS133073.”

γ γ γ γ γ

数据库管理系统

γ

STS数据库保持在NCBI。

γ

/dBxxReF=“dBST: 456789”

/dBxxRef=“dBST:BV210161”

γ γ γ γ γ
迪基 γ 盘基网柄菌基因组数据库 γ /dBxxReF=“DyTyBase:DDB0191090”
γ γ γ γ γ
γ γ γ γ γ

EcCycC

γ

大肠杆菌数据库

γ

/dBX-XReF=“EcCyc: SROC”

/dBxxReF=“EcCyc:C034”

生态系 γ 数据库大肠埃希菌序列与功能 γ /dBxxReF=“生态地理:EG11277”
γ γ γ γ γ

综合体

γ

自动标注基因组数据的数据库

γ

/dBX-XReF =“Acthbl:人类克隆AC565612”

/dBX-XReF =“Acthbl:人类基因-Engg000 000 07102”

γ γ γ γ γ

集合基因组

γ

在分类空间上扩展集成

γ

/dBX-XReF=“共体基因组:AAC731 16”

/dBX-XReF=“共体基因组:B00 05”

γ γ γ γ γ

合子基因组GN

γ

整合子基因

γ

/dBX-XReF =“GnGnGNGNGN”

γ γ γ γ γ

集合基因组

γ

全合子转录本

γ

/dBX-XReF=“共体基因组Tr:MAPGY-0606T0”

环境人口与可持续发展教育

γ

真核生物启动子数据库

γ

/dBxxRef=“EPD:EPO90056”

γ γ γ γ γ
埃里克 γ 肠病源资源整合中心 γ “埃里克:ABY-0246137”
γ γ γ γ γ

埃斯特里布

γ

EBI EST库标识符

γ

/dBxxReF=“ESTLIB:1200”

γ γ γ γ γ

虚拟数据库

γ

小鼠功能注释数据库

γ

/dBxxReF =“VaTimoDB:061000 5A07”

γ γ γ γ γ

FBOL

γ

国际真菌工作组真菌条形码。

γ

/dBxxReF=“fBOL:2224”

γ γ γ γ γ

飞基

γ

果蝇遗传和分子数据数据库

γ

/dBxxReF =“FielBase:FBGN0000 024”

γ γ γ γ γ

真菌类

γ

真菌索引

γ

/dBXXRF=“真菌:ID550186”

γ γ γ γ γ

加比

γ

植物基因组研究项目的网络

γ

/dBX-XReF=“GABI:HA05J18”

γ γ γ γ γ

GDB

γ

人类基因组数据库登录号

γ

/dBX-XReF=“GDB:G00—128—600”

γ γ γ γ γ

杰纳德

γ

大利什曼原虫和Trypanosoma brucei的基因库

γ

/dBxxRef =“GeNEDB:SPCC255.16C”

γ γ γ γ γ

遗传基因

γ

Entrez Gene Database(取代NCBI轨迹链接)

γ

/dBxxReF=“GeNIDID:3054987”

γ γ γ γ γ

胃肠道

γ

GnEngor标识符,用作核苷酸和蛋白质的唯一序列标识符

γ

/dBxxReF=“GI:1234567890”

γ γ γ γ γ

γ

基因本体数据库标识符

γ

/dBxxReF=“Go:123”

γ γ γ γ γ

GOA

γ

基因本体注释数据库标识符

γ

/dBxxReF=“果阿邦:P01100”

γ γ γ γ γ
格林格尼斯 γ 16S rRNA基因数据库 γ /dBxxRef=“GeleGeNes:269185”
γ γ γ γ γ
露齿而笑 γ 种质资源信息网络 γ /dBxxRef=“GRIN:1005973”
γ γ γ γ γ

HGNC

γ

人类基因命名数据库

γ

/dBxxReF=“HGNC:HGNC:2041”

γ γ γ γ γ

H-IdB

γ

H邀请数据库

γ

/dBxxReF=“H-IdBD:HITHO090001”

/dBxxReF=“H-IdBD:HX000”

γ γ γ γ γ

羟丙基甲基纤维素

γ

人类微生物组计划

γ

/dBxxReF=“HMP:0536”

γ γ γ γ γ

霍尔德

γ

人类口腔微生物群数据库

γ

/dBxxRef=“HODD:Trace078”

/dBxxRef=“HODD:SEQE1603”

γ γ γ γ γ

高功率微波

γ

人类蛋白质组图谱

γ

/dBxxReF=“HPM:8106”

γ γ γ γ γ

热休克蛋白

γ

同源二级结构蛋白质数据库

γ

/dBxxRef=“HSSP:12GS”

γ γ γ γ γ

伊克纳尔

γ

I5K工作空间

γ

/dBXXRF=“I5KNAL: OFASO900896”

γ γ γ γ γ

IKMC

γ

国际淘汰小鼠联盟

γ

/dBxxReF=“IKMC:66303”

γ γ γ γ γ

IMGT/GEN-DB

γ

免疫遗传学数据库、免疫球蛋白和T细胞受体基因

γ

/dBxxReF=“IMGT/GEM-DB:IGKC”

IMGT/LIGM

γ

免疫遗传学数据库、免疫球蛋白和T细胞受体

γ

/dBxxReF=“IMGT/LIM:U03595”

γ γ γ γ γ

IMGT/HLA

γ

人类MHC免疫遗传学数据库

γ

/dBxxReF=“IMGT/HLA:HLA000 031”

γ γ γ γ γ

中间人

γ

蛋白质序列数据库

γ

/dBxxReF=“InPROP:IPR900928”

γ γ γ γ γ

英特里皮奥

γ

无畏生物信息学

γ

/dBxxReF=“IntrupIDBi: 5259707746”

γ γ γ γ γ

爱尔兰共和军

γ

流感研究数据库

γ

/dBxxRef=“Ird:CEIRS CIP045-12345 62”

γ γ γ γ γ

寻找者

γ

插入序列元素数据库

γ

/dBxxReF=“iSFiND:ISA1083-2”

γ γ γ γ γ

伊萨姆

γ

病原真菌参考数据库

γ

/dBxxReF=“iSAM-ITS:MITS310”

γ γ γ γ γ

JCM

γ

日本微生物菌种

γ

/dBxxRef=“jcm:1339”

γ γ γ γ γ

JGIDB

γ

JGI基因组门户

γ

/dBxxRef=“JGIDB:CHLUVU1881011”

γ γ γ γ γ

蝗虫

γ

NCBI LoopLink ID **停止2005年3月

γ

/dBxxRef=“LoCusid:51199”

γ γ γ γ γ

迈泽格

γ

玉米基因组数据库唯一标识符

γ

/dBxxRef=“MaigeGDB:635633”

马波罗碱

γ

Marchantia polymorpha基因组数据库

γ

/dBxxRef=“MaPrBase:MP1G00101”

γ γ γ γ γ

梅根

γ

人类医学遗传学

γ

/dBxxRef=“MEDGEN:C00 1067”

γ γ γ γ γ

MGI

γ

小鼠基因组信息学

γ

/dBxxRef=“MGI:MGI:1894891”

γ γ γ γ γ

米姆

γ

人数中的孟德尔遗传

γ

/dBxxReF=“MIM:123456”

γ γ γ γ γ

米尔巴斯

γ

miRNA数据库

γ

/dBxxRef=“MiBase:Mi090061”

γ γ γ γ γ

分枝杆菌

γ

真菌命名与物种库

γ

/dBxxReF=“分支库:8284”

γ γ γ γ γ

美国国家广播公司

γ

尼特生物资源中心

γ

/dBxxReF=“NBRC:3189”

γ γ γ γ γ

NEXDB

γ

线虫表达模式数据库

γ

/dBxxReF=“NEXDB:CELK01662”

γ γ γ γ γ

尼亚斯特

γ

小鼠基因工程

γ

/dBXXRF=“NIAEST:L0304H12-3”

γ γ γ γ γ
NMPDR γ 国家病原微生物数据资源 γ /dBxxRef=“nMPDR:图306254.1,PEG,183”。
γ γ γ γ γ
nRESDB γ 天然橡胶EST数据库 γ /dBxxReF=“nRESDb:Y01A01”
γ γ γ γ γ
矫形螺钉 γ 蛋白质序列的同源群 γ /dBxxReF =“OrthOMCL:OG5Y13067”
γ γ γ γ γ
OSA1 γ 水稻基因组注释计划 γ /dBxxReF=“OSA1:LoopyOS01G12345”
γ γ γ γ γ
帕米亚 γ PaMeta基因组资源 γ

/dBxxRef =“PaMaa:Baa4405”

/dBxxRef =“PaMaT: 191218”

γ γ γ γ γ
小鼠PBL γ PigyBAC诱变信息中心 γ

/dBX-XReF =“PBM: 38”

γ γ γ γ γ

PDB

γ

生物大分子三维结构数据库

γ

/dxxrf=“PDB:12GS”

γ γ γ γ γ
PFAM γ 蛋白质家族的收集 γ /dBX-XReF=“PFAM:PFO9003”
γ γ γ γ γ

PGN

γ

植物基因组网络

γ

/dBxxReF=“PGN:AAM01-1MS3-A05”

γ γ γ γ γ

JGI植物酶

γ

植物基因组网络

γ

/BdxxReF=“植物基因组:GYMAM2121S00 410”

/dBX-XReF =“植物基因组:PPB01658MY2Y1.1.P”

γ γ γ γ γ

聚丙烯酰胺凝胶电泳

γ

蛋白质信息资源登录号

γ

/dBXXRF=“PIR:S12345”

γ γ γ γ γ

庞巴斯

γ

Schizosaccaromyces pombe结构与功能数据库

γ

/dBxxReF=“POMBASE:SPBC11B1009”

γ γ γ γ γ

γ

伪蛋白标识符

γ

/dBxxRef=“伪:CAC44 64 4.1”

γ γ γ γ γ

伪距

γ

假单胞菌基因组数据库

γ

/dBxxRef=“伪OCAP:PA00 01”

γ γ γ γ γ

RAP-DB

γ

大米标注项目数据库

γ

/dBxxReF=“RAP-DB:OS01G12345 67”

γ γ γ γ γ

RATMAP

γ

大鼠基因组数据库

γ

/dBxxReF=“RATMAP:5”

γ γ γ γ γ

瑞格花园

γ

爱丁堡皇家植物园

γ

/dBxxReF=“RBGEGYORACLE:20021433”

γ γ γ γ γ

红细胞标本室

γ

爱丁堡植物园皇家植物园

γ

/dBxxReF=“RBGEHEPHARA:EO2217291”

γ γ γ γ γ
射频喇曼 γ 比对和CMS RNA家族数据库 γ /dBxxReF=“rAM:rf0230”
γ γ γ γ γ

RGD

γ

大鼠基因组数据库

γ

/dBxxReF=“RGD:620528”

γ γ γ γ γ

蓖麻烯

γ

水稻数据库登录号

γ

/dBxxReF=“ReigeNes:AA23 1856”

γ γ γ γ γ

无中心的

γ

非编码RNA序列数据库

γ

/dBxxReF=rncNealAl:Urs90001B9622F9606

γ γ γ γ γ

RZPD

γ

资源中心主数据库克隆标识符

γ

/dBxxReF=“RZPD:IMPP98I142450Q6”

γ γ γ γ γ
种子 γ 种子数据库 γ /dBxxRef=“种子:图83331.1,PEG,1”
γ γ γ γ γ

SGD

γ

酵母基因组数据库

γ

/dBxxReF=“SGD:L000”

γ γ γ γ γ

SGN

γ

溶胶基因组学网络

γ

/dBxxReF=“SGN:E55 3090”

γ γ γ γ γ
SK-FST γ SASKATON拟南芥T-DNA突变体群体SK集合 γ /dBxxReF=“SK-FST:FST:SK32219”
γ γ γ γ γ

大豆基地

γ

大豆基因组数据库

γ

/dBxxReF=“大豆碱:SATOT5”

γ γ γ γ γ

SRPDB

γ

信号识别粒子数据库

γ

/dBxxReF=“SRPDB:ARTH.AEUR.Y.CP000 0447”

γ γ γ γ γ

次级名单

γ

枯草芽孢杆菌基因组测序项目

γ

/dBXXRF =“子目录:BG10001”

γ γ γ γ γ

泰尔

γ

拟南芥

γ

/dBXXRF =“TIIR:AT1F51370”

γ γ γ γ γ

分类单位

γ

NCBI分类标识符

γ

/dBxxReF=“分类单元:4932”

γ γ γ γ γ

蒂格法姆

γ

TIGR蛋白家族

γ

/dBxxRef=“TIGRFAM:TiGR0094”

γ γ γ γ γ

结核病学家

γ

结核病知识库

γ

/dBX-XReF =“结核病人:RV33 22C”

γ γ γ γ γ

尤里利布

γ

统一的图书馆数据库,在最佳状态下的EST和SAGE库的库级视图,Unigne和SaGMAMP

γ

/dBXXRF =“UNILIB:1002”

γ γ γ γ γ

UnPrimkb/瑞士PROT

γ

UNIPRT知识库的部分,包含注释记录,其中包括馆长评估的计算分析,以及从文献中提取的信息。

γ

/dBxxReF=“UnPrimkB/瑞士PRO:P12345”

γ γ γ γ γ

UnPurkkb/TrEMBL

γ

UNIPRT知识库的部分,包含计算分析的记录,等待完整的手工注释

γ

/dBxxReF=“UnPrimkb/TrimbL:Q0177”

γ γ γ γ γ

大学学生

γ

序列标记位点数据库

γ

/dBxxReF=“UNITS: 486599”

γ γ γ γ γ

联合起来

γ

真菌鉴定分子数据库

γ

/dBxxReF =“UNIT:UDB000 0157”

γ γ γ γ γ

VBASE2

γ

人和小鼠免疫球蛋白基因的生殖系V基因整合数据库

γ

/dBxxReF=“VBASE2: HUMIGKV165”

γ γ γ γ γ

VIPR

γ

病毒病原资源

γ

/VBXXRF=“VIPR:HV-V-A34,P1058SR263Y2008”

γ γ γ γ γ

Vista

γ

Vista增强器浏览器

γ

dBXXRF =“Vista:HS123”

γ γ γ γ γ

向量库

γ

人类病原体无脊椎动物媒介生物信息资源中心

γ

DbxxRef=“VoCasBase:Ennangg090007825”

γ γ γ γ γ

VGNC

γ

脊椎动物基因命名委员会

γ

dbxxRef=“VGNC:VGNC:4927”

γ γ γ γ γ

WordFB

γ

秀丽线虫克隆工程

γ

/dBxxRef=“WOFDB:POSS-1”

γ γ γ γ γ

虫草碱

γ

秀丽隐杆线虫基因组数据库

γ

/dBxxRef=“WrimBase:R13H7”

γ γ γ γ γ

氙基

γ

非洲爪蟾和热带热带生物学和基因组学资源

γ

/dBXXRF=XXBASE: XB-GEN-1019547

γ γ γ γ γ

ZFN

γ

斑马鱼信息网络

γ

/dBxxRef=“ZFN:ZDB-GNE-011205-17”

最后更新:2017~11-13T23:20:57 Z