目标定位研究(TLS)提交指南

先决条件

  • 序列读取提交SRA强烈推荐。
  • 生物工程生物量计入侵检测系统。

    • 这个NCBI提交门户包括在大规模的原核16S核糖体rRNA TLS项目提交过程中的生物工程和生物样品注册的步骤。也可以在提交向导中提供先前指定的BioDebug和BioSosiid ID。
    • 在提交其他类型的TLS项目之前,必须向生物工程和生物制品提交研究和样品元数据。如果已经提交序列读取,则在提交期间提供指定的生物项目和生物量ID。

创建TLS提交文件

〔1〕序列

  • 每个单独的FASTA文件都应该包含从单个大规模研究得出的序列。包含在单个项目中的所有FASTA文件中的序列总数应该是>2500。
  • 对于FASTA文件中的每个序列都应该包含一个唯一的ID。这些ID将包含在每个GenBank平面文件的定义行内。个体序列. 该序列ID可以表示OTU、系统类型或其他唯一的序列标识符。
  • 在提交之前从你的序列中删除向量、嵌合体、低质量序列和可疑数据。
  • 有关FASTA文件格式和序列要求的更多信息可以找到。在这里.

〔2〕工程信息

包括一个大型/ TLS研究的描述生物工程. BiProject ID将包含在TLS主平面文件上,并为项目的所有数据类型提供单个链接。同样的BIO项目ID应该包含在同一研究的一部分中。

【3】来源信息

源元数据应包含在生物量计使用合适的软件包。关于每个生物量包的要求的细节可以被找到。在这里. GenBank提交的原核16S rRNA序列向导NCBI提交门户允许使用这些封装类型创建生物芯片:

  • 影响公共卫生的病原体
  • 宏基因组或环境样品
  • 基因组、宏基因组或标记序列(混合依从性):MIMS和MIMARK(调查)

所有提交都应包含丰富的上下文信息,包括标本的来源,包括但不限于:隔离源或宿主、采集日期、国家和纬度/经度。未培养的样本需要一个宏基因组生物名称(例如,海洋宏基因组),将被应用于整个TLS提交。如果需要更多的描述性生物名称,请在提交文件之前向GB-Admin @ NCBI.NLM.NIH.GOV发送请求。

如果提交的序列是从多个生物样本中获得的,则需要一个制表符分隔的映射文件,该文件列出了在提交过程中应该包含的每一个序列的生物量。这个映射文件应该包括生物样本加入,如果样品在提交之前注册。如果在16S核糖体RNA提交向导中创建生物样本,则应该使用样本名称。目前,每个序列只能包括单个生物量ID。如果每个序列包含多个生物量ID,请联系GB-Admin @ NcBi.nLM.NIH.GOV.

〔4〕特征

  • 核糖体RNA提交向导将包含适当的特征注释。
  • 其他序列类型,如单个基因座或保守元件应该包括适当的特征类型(例如,基因,MISCI特征)。可以找到关于向GenBank提交数据的选项的更多信息。在这里.

提交TLS文件

  • 这个NCBI提交门户GenBank向导应用于提交核糖体RNA序列。
  • 其他靶位点研究提交应提交给GenBank使用。TBL2ASN创建提交文件,可以通过电子邮件发送给GB-SubncBi.nLM.NIH.GoV。

TL16S rRNA序列分析

核糖体RNA序列在接受GenBank之前检查一些问题。可以找到这些检查的摘要。在这里. 这些包括嵌合体分析、载体筛选和序列长度。

大规模的提交16S rRNA从未培养的原核生物,作为TLS项目处理验证使用额外的分析程序核子传感器(版本0.27)。在这一分析中,每个序列被轰击对rRNA参考数据集,以及比较从SSU rRNA序列的代表性排列构建的轮廓HMM的集合。每个剖面HMM模型是由50-100个代表性序列从家庭中的多个对齐而建立的。几个排列的来源,包括细菌模型,是RAMAM数据库(RAMAM,XFAM.org)。每个序列与每个轮廓对齐,根据序列与轮廓匹配程度计算得分。每一个序列被分类的模型,给它最高的分数。爆炸和轮廓HMM结果相结合,并报告意外的特征序列。检测到意外特征的一些例子是低分数、低覆盖率和重复区域,提示错误组装。

如果您的序列中有任何这些问题,您将在提交处理过程中得到通知。如果您有问题,请写信给:GB-Admin @ NCBI.NLM.NIH.GOV并包括您的提交号。

更新TLS提交

  • 如果正在更新发布,则发送TLS加入前缀并将电子邮件的文本部分中的发布信息完整地发送到GB-Admin @ NcBi.nLM.NIH.GOV。
  • 如果您正在更新任何其他信息,请不要创建新提交。请与GB-Admin @ NCBI.NLM.NIH.GOV联系,并根据您的要求包括以下信息:

    • 更新说明
    • TLS加入前缀

    我们将发送有关如何进行请求更新的说明。


最后更新:2018-0612T17:14:52Z