TPA常见问题
TPA：实验和TPA：推理之间的区别是什么？
TPA中的序列记录：实验数据库直接由实验证据支持，而TPA：推理数据库中的序列数据和注释间接由实验证据支撑。
TPA和GenBank有什么区别？
TPA数据库由衍生/组装自已经在DDBJ/EMBL/GenBank数据库中表示的初级基因组和/或mRNA序列的序列组成。这些序列记录包括直接或间接由实验支持的新注释，该注释已在同行评审的科学期刊上发表。
GenBank档案序列数据库包括从单个实验室和大规模测序项目提交的公开可用的DNA和RNA序列。GenBank登录号分配给这些提交的序列。提交的序列数据在NCBI的GenBank、EMBL核苷酸序列数据库（EMBL）和日本DNA数据库（DDBJ）之间交换，以实现全面覆盖。作为一个档案数据库，GenBank对于某些基因座来说可能是多余的。GenBank序列记录归原始提交人所有，不得由第三方更改。
TPA和GenBank之间的主要区别在于，GenBank记录表示由提交者直接确定的核苷酸序列，而TPA记录表示根据该主要序列数据构建的核苷酸序列以及直接或间接得到实验证据支持的新注释。
TPA和RefSeq之间的区别是什么？
TPA和RefSeq序列均来自DDBJ/EMBL/GenBank国际核苷酸序列协作数据库中的一级序列数据。然而，虽然RefSeq注释是基于文献中可用的附加信息和/或自动计算方法，但TPA注释必须由提交者直接或间接用实验证据支持。
什么是主要序列？
初级核苷酸序列已由其提交人通过实验确定。为了用于构建TPA序列提交，一个主要序列必须在DDBJ/EMBL/GenBank、SRA、追踪档案或全基因组枪式（WGS）序列数据库中公开。
RefSeq序列不被认为是一个主序列，因为它们是从主序列派生而来的。例如，以前缀XM_（mRNA）和XR_（非编码转录本）开头的NCBI登录号是由NCBI的基因组注释项目生成的模型参考序列。
假基因应该提交给TPA吗？
虽然假基因在生物体的基因组中普遍存在，但通常很难证明一个序列真正代表了一个假基因。因此，实验支持的假基因仅适用于TPA：推断。PubMed中有一个支持伪基因描述的实验工作示例：15908099此外，假基因可作为包括TPA：实验和/或DDBJ/EMBL/GenBank功能同源物作为比较序列的研究的一部分提交。
什么是实验？
TPA数据库是根据DDBJ/EMBL/GenBank数据库中保存的现有核苷酸序列进行湿式实验得出的注释的存储库。
有效TPA序列的支持证据包括使用核苷酸序列信息来研究RNA在各种组织中的表达以及研究启动子元件。概念翻译已用于各种蛋白质研究，包括GST融合分析和酶动力学。这些只是一些可以做的研究的例子。
计算研究本身并不构成实验证据，必须伴随着支持新诠释的生物实验。
系统发育或种群研究应该提交给TPA吗？
描述基因家族注释成员集合的系统发育或种群研究可以作为TPA提交：推断性，前提是集合中至少有一个成员由集合提交者确定的实验证据支持。支持证据的提交应符合TPA:实验或DDBJ/EMBL/GenBank。
能否将数据库中的序列创建的完整基因组或完整基因组的改进注释提交给TPA？
代表完整基因组的序列记录可以提交给TPA：推断，前提是已为注释特征分配了基因符号或产品标识符。如果只有部分注释得到了改进，则不应将整个基因组的序列提交给TPA；只需提交新注释的相关序列。
能否将来自单个生物体或跨多个生物体的基因家族提交给TPA？
系统发育和BLAST（相似性）分析本身不足以支持TPA的新注释：推断或TPA：实验。然而，如果集合中的至少一个成员由集合提交者确定的实验证据支持，则可以将其提交给TPA：推理。提交的支持性证据应符合TPA:实验或DDBJ/EMBL/GenBank的资格。
我可以用额外的序列和/或注释更新我的TPA记录吗？
要用附加顺序和/或注释更新现有记录，应满足以下要求：
- 任何新序列必须包含在主序列中。如果当前的初选不包括此附加序列，则必须提供新的初选加入号。
- 任何新的注释都必须包含在现有出版物或新的同行评审出版物中。
TPA：推理记录可以更改为TPA实验记录吗？
为了将序列从TPA：推断转移到TPA：实验，必须执行支持TPA记录中注释的湿基实验工作，并在同行评审期刊上发布。
现有数据的注释是否适用于其他地方？
NCBI RefSeq小组欢迎来自科学界其他人的专家评论、批评和建议。在生物体、基因或基因家族水平上，有许多个人和群体对RefSeq有贡献。如果您感兴趣，请联系NCBI RefSeq小组参考号：admin@ncbi.nlm.nih.gov或查看参考序列.
