ExpHunter套件

转录组数据综合分析包


生物导体版本:释放(3.19)

ExpHunterSuite使用已建立的*R*包并结合其结果,实现了一个综合协议,用于分析转录数据。它涵盖了DEG检测、CEG检测和RNA-seq数据功能分析的所有关键步骤。它被实现为一个R包,其中包含可以交互运行的函数。此外,它还包含包装函数的脚本,可以直接从命令行运行。

作者:詹姆斯·珀金斯[aut,cre],Pedro Seoane Zonjic[aut],费尔南多·莫雷诺·贾巴托[aut],何塞·科尔多瓦·卡巴列罗[aut],埃琳娜·罗亚诺·里维拉[aut],罗西奥·鲍蒂斯塔·莫雷诺[aut],M.Gonzalo Claros[aut]伊莎贝尔·冈萨雷斯-盖特[aut],胡安·安东尼奥·加西亚-拉涅亚[aut]

维护人员:詹姆斯·珀金斯(James Perkins)<jimrperkins at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“ExpHunterSuite”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“ExpHunterSuite”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“ExpHunterSuite”)
Expression Hunter套件 HTML格式 R脚本
新闻 文本
许可证 文本

细节

生物视图 GeneExpressionWorkflow(通用表达式工作流),工作流
版本 1.12.0
许可证 MIT+文件许可证
取决于 R(>=4.1.0)
进口 反应omePA,利马,边缘R,NOISeq公司,生物反应器,顶部GO,差异共存,DT公司,ggplot2,字符串,WGCNA公司,数字播放器,注释Dbi,生物遗传学,浓缩图,rmarkdown公司,统计,博科生物,设计2,收益率,数据表,针织物,马格里特,总结性实验,miRBase版本.db,grDevices,图形,实用程序,BiocParallel公司,MKinfer公司,矩阵统计,gg镦粗,爱尔兰航空公司,普利尔,第三年,政府.db,矩阵,快速群集,剂量,热铺层,强化火山,gg排斥,clusterProfiler(群集探查器),基因组范围,基因组特征,tximport(最大端口),注释器,ggridges公司,事实调查,事实矿工
系统要求
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建议 optparse(操作程序),性能分析,贝叶斯方法,重塑2,组织Hs.eg.db,组织管理例会.db,测试那个(>= 3.0.0)
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 ExpHunter套房_1.12.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExpHunterSuite网站
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:软件包/ExpHunterSuite
包短Url https://bioconductor.org/packages/ExpHunterSuite(英文)/
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