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剂量

疾病本体语义与丰富性分析


生物导体版本:释放(3.18)

该软件包实现了Resnik、Schlicker、Jiang、Lin和Wang分别提出的五种方法,用于测量DO术语和基因产品之间的语义相似性。为了发现高通量生物数据的疾病关联,还实现了包括超几何模型和基因集富集分析在内的富集分析。

作者:余光创[aut,cre],王力根[ctb],佩特尤克[ctb].乔瓦尼·达利奥利奥[ctb],胡尔强[ctb〕

维护人员:Guanghuang Yu(广创语)

引文(从R中输入引文(“DOSE”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.软件包(“BiocManager”)BiocManager::安装(“剂量”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“剂量”)
剂量 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 注释,GeneSet扩展,倍数比较,路径,软件,可视化
版本 3.28.2
在生物导体中 生物C 2.9(R-2.14)(12.5岁)
许可证 艺术-2.0
取决于 R(>=3.5.0)
进口 注释Dbi,HDO.db(HDO数据库),生物并行,fgsea公司,ggplot2,GOSemSim公司(>=2.27.1),方法,q值,重塑2,stats,utils,yulab.utils
系统要求
统一资源定位地址 https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/
错误报告 https://github.com/GuangchuangYu/DOSE/issues网站
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 DOSE_3.28.2.tar.gz公司
Windows二进制 DOSE_3.28.2.拉链
macOS二进制(x86_64) DOSE_3.28.2.tgz
macOS二进制(arm64) 剂量3.28.2.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DOSE
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/DOSE
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/DOSE网站/
包短Url https://bioconductor.org/packages/DOSE网站/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.18的旧源程序包 源存档