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scRNA序列

公共单细胞RNA-Seq数据集的收集


生物导体版本:释放(3.19)

公共scRNA-seq数据集的基因水平计数,作为带有细胞和基因水平元数据的SingleCellExperiment对象提供。

作者:大卫·里索[aut,cph],迈克尔·科尔[aut],亚伦·伦[ctb,cre],阿兰·奥卡拉汉[ctb],延斯·普鲁斯纳[ctb',夏洛特·索内森[ctb],斯蒂芬妮·奥朱埃拉[ctb]Daniel Bunis[ctb]Milan Malfait

维护人员:亚伦·伦(Aaron Lun)<infine.monkeys.with.keyboards at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“scRNAseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“scRNAseq”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览渐晕图(“scRNAseq”)
用户指南 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 实验数据,实验中心,表达式数据,RNASeq数据,排序数据,单细胞数据
版本 2.18.0
许可证 CC0公司
取决于 单细胞实验
进口 实用程序、方法、,矩阵,生物遗传学,S4载体,备用阵列,延迟阵列,基因组范围,总结性实验,实验中心(>= 2.3.4),批注中心(>= 3.3.6),注释Dbi,集成数据库,基因组特征,雪花石膏底座,雪花石膏矩阵,雪花石膏.sce,石膏,jsonlite公司,数据库接口,RSQ网站
系统要求
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增强功能
取决于我 OSCA高级、OSCA基本、OSCA简介、OSCA工作流、SingleRBook
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建议我 APL公司,BASiCS公司,群集折叠相似性,格利玛,单细胞实验,单个R,UCell公司,批处理器,咆哮,ccImpute(计算),命运,同上序号,iSEE公司,iSEEfier软件,iSEEhex公司,iSEEu公司,国际质量控制中心,百万卢比,蒙莫萨,sc注释器,scDblFinder,scFeatureFilter(scFeature过滤器),scTreeViz软件,散射,烤饼,尖叫声,舷窗,速度捕捉器,zellkonverter公司,锌波
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 scRNAseq_2.18.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scRNAseq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包装/scRNAseq
包短Url https://bioconductor.org/packages/scRNAseq/
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