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tidy空间实验

将空间实验带入潮流


生物导体版本:释放(3.19)

tidySpatialExperiment在SpatialExperiment包和tidyverse生态系统之间提供了一座桥梁。它创建了一个不可见的层,允许您与一个SpatialExperiment对象进行交互,就像它是一个隐藏的对象一样;允许使用dplyr、tidyr、ggplot2和plotly中的函数。但是,在下面,您的数据仍然是一个SpatialExperiment对象。

作者:威廉·哈奇森,斯特凡诺·曼吉奥拉[aut]

维护人员:威廉·哈奇森(William Hutchison)<Hutchison.w at wehi.edu.au>

引文(从R中输入引文(“潮汐空间实验”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“tidySpatialExperiment”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“tidySpatialExperiment”)
概述 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 基因表达式,基础设施,RNA序列,排序,单个单元格,软件,空间,转录组学
版本 1.0.0
在生物导体中 生物C 3.19(R-4.4)(<6个月)
许可证 GPL-3型
取决于 R(>=4.3.0),空间实验,tidy单细胞实验
进口 tt服务,总结性实验,单细胞实验,生物遗传学,矩阵,S4载体、方法、实用程序,pkg配置,易怒的,数字播放器,第三年,ggplot2,马格里特,爱尔兰航空公司,呜呜声,字符串,压控变压器,潮汐选择,支柱,克莱,范西,生命周期
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/william-hutchison/tidy空间实验 https://william-hutchison.github.io/tidy空间实验/
错误报告 https://github.com/william-hutchison/tidySpatialExperiment/issues网站
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建议 仿生风格,测试那个,针织物,降价,单细胞信号,单个R,散射,尖叫声,记录仪,GGally公司,细胞索引,同上序号,奶牛场,DropletUtils公司,巧妙地,tidy总结实验
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 tidy空间实验_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 tidySpatialExperiment_1.0.0.zip
macOS二进制(x86_64) tidy空间实验_1.0.0.tgz
macOS二进制(arm64) tidy空间实验_1.0.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tidy空间实验
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tidy空间实验
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/tidy空间实验/
包短Url https://bioconductor.org/packages/tidySpatial实验/
软件包下载报告 下载统计信息
BioC 3.19的旧源代码包 源存档