tidy单细胞实验
将单细胞实验引入潮汐宇宙
生物导体版本:释放(3.18)
“tidySingleCellExperiment”是一个适配器,它以“tible”的形式抽象了“SingleCell Experience”容器。这允许“整洁”的数据操作、嵌套和绘图。例如,“tidySingleCellExperiment”与“tidyverse”包“dplyr”和“tidyr”中的函数以及使用“ggplot2”和“plotly”绘制的函数直接兼容。此外,该软件包还提供了特定于单细胞组学数据分析的各种实用功能(例如,将细胞级数据聚合为伪块)。
作者:斯特凡诺·曼吉奥拉[aut,cre]
维护人员:Stefano Mangiola<mangiolastefano at gmail.com>
引文(从R中输入引文(“tidySingleCell实验”)
):
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:
如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“tidySingleCellExperiment”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“tidySingleCellExperiment”)
细节
生物视图 |
分析域,群集,差异表达式,基因表达式,基础设施,规范化,质量控制,RNA序列,排序,单个单元格,软件 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=4.3.0),单细胞实验 |
进口 |
dplyr、tidyr、ttservice(>=0.3.8),总结性实验,tible,ggplot2,plotly,magrittr,rlang,purrr,pkgconfig,生命周期,方法,utils,S4载体,tidyselect,省略号,vctrs,pillar,stringr,cli,fansi,Matrix,stats |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/stemangiola/tidySingleCell实验 |
错误报告 |
https://github.com/stemangiola/tidySingleCellExperiment/issues |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。