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tidy单细胞实验

将单细胞实验引入潮汐宇宙


生物导体版本:释放(3.18)

“tidySingleCellExperiment”是一个适配器,它以“tible”的形式抽象了“SingleCell Experience”容器。这允许“整洁”的数据操作、嵌套和绘图。例如,“tidySingleCellExperiment”与“tidyverse”包“dplyr”和“tidyr”中的函数以及使用“ggplot2”和“plotly”绘制的函数直接兼容。此外,该软件包还提供了特定于单细胞组学数据分析的各种实用功能(例如,将细胞级数据聚合为伪块)。

作者:斯特凡诺·曼吉奥拉[aut,cre]

维护人员:Stefano Mangiola<mangiolastefano at gmail.com>

引文(从R中输入引文(“tidySingleCell实验”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“tidySingleCellExperiment”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“tidySingleCellExperiment”)
tidySingleCellExperiment包概述 HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式

细节

生物视图 分析域,群集,差异表达式,基因表达式,基础设施,规范化,质量控制,RNA序列,排序,单个单元格,软件
版本 1.12.0
在生物导体中 生物柴油3.12(R-4.0)(3.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.3.0),单细胞实验
进口 dplyr、tidyr、ttservice(>=0.3.8),总结性实验,tible,ggplot2,plotly,magrittr,rlang,purrr,pkgconfig,生命周期,方法,utils,S4载体,tidyselect,省略号,vctrs,pillar,stringr,cli,fansi,Matrix,stats
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/stemangiola/tidySingleCell实验
错误报告 https://github.com/stemangiola/tidySingleCellExperiment/issues
查看更多
建议 仿生风格测试,knitr,rmarkdown,单细胞信号,单个R,散射,尖叫声、tidyHeatmap、igraph、GGally、uwot、,细胞索引,同上序号
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 tidy单细胞实验_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 tidySingleCellExperiment_1.12.0.zip
macOS二进制(x86_64) tidy单细胞实验_1.12.0.tgz
macOS二进制(arm64) tidy单细胞实验_1.12.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tidySingleCell实验
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tidySingleCellExperiment(包/tidySingleCell实验)
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/tidySingleCellExperiment(https://code.bioconductor.org/browse/tidySingleCellExperiment)/
包短Url https://bioconductor.org/packages/tidySingleCell实验/
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