西塔德拉
一个R包,用于从各种来源和生物体轻松提供简单但完整的tab限定的基因组注释
生物导体版本:释放(3.19)
提供一个接口,用于构建基因组注释及其坐标(基因、转录和外显子水平)的统一数据库。它旨在在需要简单的制表符分隔注释(或简单的GRanges对象)而不是更复杂的注释Bioconductor包时使用。在重新激发组合注释元素时也很有用,例如RefSeq与Ensembl生物型的坐标。最后,它可以下载、构建和处理带有版本化基因和转录物的注释(如果可用,例如RefSeq和最新的Ensembl)。这在必须报告后者的精确医学应用中尤其有用。
作者:Panagiotis Moulos【aut,cre】
维护人员:Panagiotis Moulos<弗莱明的Moulos>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“sitadela”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览幻影(“sitadela”)
细节
生物视图 |
交替拼接,生物医学信息学,ChIPSeq公司,数据导入,功能基因组学,RNA序列,排序,软件,系统生物学,转录,转录组学,工作流步骤 |
版本 |
1.12.0 |
在生物导体中 |
生物柴油3.13(R-4.1)(3.5年) |
许可证 |
艺术-2.0 |
取决于 |
R(>=4.1.0) |
进口 |
博科生物,生物遗传学,生物反应器,生物串,基因组信息Db,基因组特征,基因组范围,I范围,方法,并行,Rsamtools软件,RSQ网站,rtracklayer公司,S4载体、工具、,txdb制造商,实用程序 |
系统要求 |
|
统一资源定位地址 |
https://github.com/pmoulos/sitadela |
Bug报告 |
https://github.com/pmoulos/sitadela/issues网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。