签字人
变异签名发现的经验贝叶斯方法
生物导体版本:释放(3.19)
签名者包提供了一种经验贝叶斯方法来发现变异签名。它旨在分析癌症基因组中的单核苷酸变异(SNV)计数,但也可以应用于其他特征。还提供了根据暴露模式表征特征或基因组样本的功能。
作者:拉斐尔·罗萨莱斯(Rafael Rosales)、罗德里戈·德拉蒙德(Rodrigo Drummond)、雷南·瓦利埃利斯(Renan Valieris)、亚历山大·德弗里奇布斯(Alexandre Defolicibus)、以色列托贾尔·达席尔瓦
维护人员:Renan Valieris在accamargo.org.br>
安装
要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:
if(!require(“生物管理器”,悄悄=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::install(“签名者”)
对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:
浏览Vignette(“签名者”)
细节
生物视图 |
基因组变异,软件,体细胞突变,统计方法,可视化 |
版本 |
2.6.0 |
在生物导体中 |
生物化学3.4(R-3.3)(8年) |
许可证 |
GPL-3公司 |
取决于 |
R(>=3.0.2),变量注释,国家气象局 |
进口 |
生物遗传学,生物串,班,gr设备,基因组信息Db,基因组范围,I范围,nloptr公司,方法,统计,实用程序,PMCMR加,平行,pvclust(群集),ppclust公司,线索,生存,最大stat,生存分析,未来,VGAM公司,MASS(质量),kknn公司,格尔姆奈特,e1071号,随机森林,阿达,未来应用程序,ggplot2,pROC公司,情势图,R彩色啤酒,倾听,重新整形2,规模,监督员,数字播放器,ggpubr公司,奶牛场,易怒的,阅读器,闪亮的,闪亮的仪表板,小型装载机,闪亮小工具,bsplus(英国标准普尔),DT公司,马格里特,第三年,生物文件缓存,代理,rtracklayer公司,牛基因组 |
系统要求 |
C++11语言 |
统一资源定位地址 |
https://github.com/TojalLab/signeR网站 |
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程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。