重新计票
从重新计票项目中浏览和下载数据
生物导体版本：释放（3.19）
浏览并下载重新计票项目中的数据，网址为https://jhubiostatistics.shinyapps.io/retail/。使用Retail包，您可以下载基因、外显子或外显子-外显子连接水平的RangedSummarizedExperiment对象、原始计数、使用的表型元数据、样本覆盖率bigWig文件的URL或特定研究的平均覆盖率big Wig文件。不同的包可以使用RangedSummarizedExperiment对象执行差异表达式分析。使用http://bioconductor.org/packages/derfinder您可以使用retail项目中的数据执行与注释无关的差异表达式分析，如http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html。
作者：莱昂纳多·科拉多·托雷斯[aut，cre]
阿比纳夫·内洛尔（Abhinav Nellore），安德鲁·贾菲（Andrew E.Jaffe）、玛格丽特·塔布、凯·坎默斯、香农·E·埃利斯，卡斯珀·丹尼尔·汉森，本·兰米德，Jeffrey T.Leek[aut，ths]
维护人员：莱昂纳多·科拉多·托雷斯<lcoladotor at gmail.com>
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：
if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“重新计票”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：
浏览Vignette（“重新计票”）
细节
| 生物视图 |
新闻报道,数据导入,差异表达式,基因表达式,免疫肿瘤学,RNA序列,排序,软件 |
| 版本 |
1.30.2 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.4（R-3.3）（7.5年） |
| 许可证 |
艺术-2.0 |
| 取决于 |
R（>=3.5.0），总结性实验 |
| 进口 |
生物并行,测深仪,下载器,地理查询,基因组信息Db,基因组范围,I范围、方法、，RCurl（RCurl）,伦特斯,rtracklayer公司(>= 1.35.3),S4载体，统计，实用程序 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/leekgroup/reset |
| 错误报告 |
https://support.bioconductor.org/t/reset/ |
查看更多
| 建议 |
注释Dbi,生物技术经理,仿生风格(>= 2.5.19),DESeq2公司,sessioninfo（会话信息）,EnsDb公司。哈皮恩斯v79,基因组特征,txdb制造商,针织物(>= 1.6),组织健康状况数据库,参考管理R,区域报告(>= 1.9.4),rmarkdown公司(>= 0.9.5),测试那个(>= 2.1.0),覆盖（covr）,苯丙胺,DT公司,边缘R,ggplot2,R彩色啤酒 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
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| 导入我 |
RNA年龄计算,心灵病学,重新计票工作流 |
| 建议我 |
重新计票3 |
| 指向我的链接 |
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| 生成报告 |
生成报告 |
程序包档案
跟随安装在R会话中使用此包的说明。
