甲基脲

处理Illumina甲基化数据

生物导体版本：发布（3.19）

该包提供了用于保存和操作Illumina甲基化数据的类。基于eSet，它可以包含MIAME信息、样本信息、特征信息和多个数据矩阵。methylumiR是一种“智能”导入功能，可以读取Illumina文本文件并创建MethyLumiSet。methylumIDAT可以直接从HumanMethylation27和HumanMethilation450微阵列读取原始IDAT文件。还包括GoldenGate、Infinium和InfiniumHD阵列的规范化、背景校正和质量控制功能。

作者：肖恩·戴维斯（Sean Davis）、潘杜（Pan Du）、斯文·比尔克（Sven Bilke）、蒂姆·特里奇（Tim Triche，Jr.）、莫伊斯·布斯瓦拉（Moiz Bootwalla）

维护人员：肖恩·戴维斯（Sean Davis）<seandavi at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“methylumi”）):

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“methylumi”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“methylumi”）

甲基脲包装简介	PDF格式	R脚本
使用甲基脲使用Illumina 450k阵列	PDF格式	R脚本
参考手册	PDF格式
自述文件	文本

需要帮助吗？请访问生物导体支持网站！

细节

生物视图	CpGIsland公司,DNA甲基化,预处理,质量控制,软件,双通道
版本	2.50.0
在生物导体中	生物碳2.5（R-2.10）（14.5年）
许可证	GPL-2型
取决于	博科生物、方法、R（>=2.13）、比例、重塑2、ggplot2、矩阵统计、，FDb公司。无限甲基化.hg19(>= 2.2.0),米菲
进口	生物遗传学,S4载体,I范围,基因组信息数据库,基因组范围,总结性实验,博科生物，图形，晶格，注释,基因过滤器,注释Dbi,米菲，统计4，照明,基因组学特征
系统要求
统一资源定位地址
错误报告	https://github.com/seandavi/methylumi/issues/new

建议	卢米，格子，利马、xtable、SQN、MASS、matrixStats、并行、，rtracklayer公司,生物串,TCGA甲基化450k,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19公司,FDb公司。无限甲基化.hg18(>= 2.2.0),猿人，尼特尔
链接到
增强
取决于我	大甜瓜,Rn珠子,串肉串,瓦特瓜
导入我	ffpe公司,卢米,甲基错误
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	甲基脲_2.50.0.tar.gz
Windows二进制	甲基脲_2.50.0.zip
macOS二进制（x86_64）	甲基脲2.50.0.tgz
macOS二进制（arm64）	甲基脲2.50.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylumi网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包装/methylumi
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methylumi网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/methylumi网站/
软件包下载报告	下载统计信息