gmapR（gmapR）

GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口

生物导体版本：释放（3.19）

GSNAP和GMAP是一对工具，用于对齐Tom Wu编写的短读数据。该软件包提供了从R中使用GMAP和GSNAP的方便方法。此外，它还提供了使用bam_tally工具在全核苷酸基础上计算比对结果的方法。

作者：科里·巴尔、托马斯·吴、迈克尔·劳伦斯

维护人员：迈克尔·劳伦斯

引文（从R中输入引文（“gmapR”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“gmapR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览幻影（“gmapR”）

生物视图	对齐,软件
版本	1.46.0
在生物导体中	生物技术2.11（R-2.15）（12年）
许可证	艺术-2.0
取决于	R（>=2.15.0）、方法，基因组信息Db(>= 1.1.3),基因组范围(>= 1.31.8),Rsamtools软件(>= 1.31.2)
进口	S4载体(>= 0.17.25),I范围(>= 2.13.12),生物遗传学(>= 0.25.1),无线电跟踪器(>= 1.39.7),基因组特征(>= 1.31.3),生物串,变量注释（>=1.25.11），工具，博科生物,牛基因组,基因组比对(>= 1.15.6),生物并行
系统要求
统一资源定位地址

建议	RUnit（运行单位）,英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司,英国基因组。Scerevisiae公司。UCSC.sacCer3,组织Hs.eg.db,发送数据库。Hsapiens。UCSC.hg19.known基因,英国基因组。Hsapiens。加州大学圣保罗分校hg19,肺癌线
链接到
增强功能
取决于我	HTSeqGenie软件
导入我
建议我	变量工具,变量工具数据
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	gmapR_1.46.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制（x86_64）	gmapR_1.46.0.tgz
macOS二进制（arm64）	gmapR_1.46.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gmapR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：packages/gmapR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/gmapR/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/gmapR/
软件包下载报告	下载统计信息