eisaR公司

R中的外显子-内含子分裂分析(EISA)


生物导体版本:释放(3.19)

外显子-内含子分裂分析(EISA)使用普通RNA-seq数据测量成熟RNA和前体mRNA在不同实验条件下的变化,以量化基因表达的转录和转录后调控。有关详细信息,请参见Gaidatzis等人,《2015年国家生物技术》。doi:10.1038/nbt.3269。eisaR在R中实现了EISA的主要步骤。

作者:迈克尔·斯塔德勒[aut,cre],迪莫斯·盖达齐斯[aut],卢卡斯·汉堡包[aut],夏洛特·索内森[aut'

维护人员:迈克尔·斯塔德勒(Michael Stadler)<Michael.Stadler at fmi.ch>

引文(从R中输入引文(“eisaR”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“4.4”)并输入:

如果(!require(“BiocManager”,悄悄地=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocManager::安装(“eisaR”)

对于R的旧版本,请参阅相应的生物导体释放.

文档

要查看系统中安装的此软件包版本的文档,请启动R并输入:

浏览幻影(“eisaR”)
使用无对齐方法生成用于拼接和未拼接丰度估计的参考文件 HTML格式 R脚本
使用eisaR进行外显子-内含子分裂分析(EISA) HTML格式 R脚本
参考手册 PDF格式
新闻 文本

细节

生物视图 功能基因组学,基因表达式,基因调控,RNA序列,回归,软件,转录,转录组学
版本 1.16.0
在生物导体中 生物柴油3.11(R-4.0)(4.5年)
许可证 GPL-3公司
取决于 R(>=4.1)
进口 图形、统计、,基因组范围,S4载体,I范围,利马,边缘R(>=4.0),方法,总结性实验,生物遗传学,实用程序
系统要求
统一资源定位地址 https://github.com/fmicompbio/eisaR
错误报告 https://github.com/fmicompbio/eisaR/issues
查看更多
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程序包档案

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包 艾萨R_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 eisaR_1.16.0.zip文件
macOS二进制(x86_64) 艾萨R_1.16.0.tgz
macOS二进制(arm64) 艾萨R_1.16.0.tgz
源码库信息 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eisaR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/eisaR
Bioc软件包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/eisaR/
包短Url https://bioconductor.org/packages/eisaR/
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