easyRNA序列

RNA-Seq数据的计数汇总和归一化

生物导体版本：释放（3.19）

根据参考基因组计算高通量短读的覆盖率，并根据感兴趣的特征（例如外显子、基因、转录本）对其进行总结。数据可以规范化为“RPKM”或“DESeq”或“edgeR”包。

作者：尼古拉斯·德霍姆（Nicolas Delhomme）、伊斯梅尔·帕迪奥洛（Ismael Padiolau）、巴斯蒂安·希夫塔勒（Bastian Schiffthaler）、尼古拉斯·梅勒（Niklas Maehler）

维护人员：尼古拉斯·德霍姆（Nicolas Delhomme）

引文（从R中输入引文（“easyRNASeq”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“easyRNASeq”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“easyRNASeq”）

生物视图	基因表达,遗传学,免疫肿瘤学,预处理,RNA序列,软件
版本	2.39.0
在生物导体中	生物技术2.10（R-2.15）（12年）
许可证	艺术-2.0
取决于
进口	博科生物(>= 2.50.0),生物文件缓存(>= 1.14.0),生物遗传学(>= 0.36.0),BiocParallel公司(>= 1.24.1),生物反应器(>= 2.46.0),生物串(>= 2.58.0),边缘R(>= 3.32.0),基因组信息数据库(>= 1.26.0),基因组间隔(>= 1.46.0),基因组比对(>= 1.26.0),基因组范围(>= 1.42.0),总结性实验（>=1.20.0），图形，I范围(>= 2.24.0),LSD公司(>= 4.1-0),位置匹配，方法，并行，说唱歌手(>= 0.3.1),Rsamtools软件(>= 2.6.0),S4载体(>= 0.28.0),ShortRead（短阅读）（>=1.48.0），实用程序
系统要求
统一资源定位地址

建议	仿生风格(>= 2.18.0),牛基因组(>= 1.58.0),英国基因组。梅勒诺加斯特。UCSC.dm3公司(>= 1.4.0),卷曲,针织者,rmarkdown公司,RUnit（运行单位）(>= 0.4.32)
链接到
增强功能
取决于我
导入我	消息bsR
建议我
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	easyRNASeq_2.39.0.tar.gz
Windows二进制	easyRNASeq_2.39.0.zip
macOS二进制（x86_64）	easyRNA序列_2.39.0.tgz
macOS二进制（arm64）	easyRNASeq_2.39.0.tgz
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq网站
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：软件包/easyRNASeq
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/easyRNASeq网站/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/easyRNASeq网站/
软件包下载报告	下载统计信息