crispr设计
核酸酶和碱基编辑器CRISPR gRNAs的综合设计
生物导体版本：释放（3.19）
提供一套全面的功能来设计和注释CRISPR引导RNA（gRNAs）序列。这包括目标内和目标外搜索、目标内效率评分、目标外评分、全基因和TSS上下文注释以及SNP注释（仅限人类）。目前，它支持五种类型的CRISPR模式（扰动模式）：CRISRP敲除、CRISPR-激活、CRISRP抑制、CRISPR基础编辑和CRISRP击倒。支持所有类型的CRISPR核酸酶，包括DNA和RNA靶核酸酶，如Cas9、Cas12a和Cas13d。还支持所有类型的基础编辑器。gRNA设计可以在参考基因组、转录组和定制DNA和RNA序列上进行。未配对和配对的gRNA设计都被启用。
作者：Jean-Philippe Fortin[aut，cre]，Luke Hoberecht[aut]
维护人员：Jean-Philippe Fortin在gmail.com>
引文（从R中输入引文（“crisprDesign”）):
安装
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if（！require（“生物管理器”，悄悄=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：安装（“crisprDesign”）
对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.
文档
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细节
| 生物视图 |
CRISPR公司,功能基因组学,基因目标,软件 |
| 版本 |
1.6.0 |
| 在生物导体中 |
生物柴油3.16（R-4.2）（2年） |
| 许可证 |
MIT+文件许可证 |
| 取决于 |
R（>=4.2.0），crispr底座(>= 1.1.3) |
| 进口 |
注释Dbi,生物遗传学,生物串,牛基因组,crispr蝴蝶结(>= 0.99.8),crisprScore公司(>= 1.1.6),基因组信息Db,基因组特征,基因组范围(>= 1.38.0),I范围,矩阵,矩阵泛型、方法、，rtracklayer公司,S4载体，统计，txdb制造商，实用程序，变量注释 |
| 系统要求 |
|
| 统一资源定位地址 |
https://github.com/crisprVerse/crisprDesign |
| Bug报告 |
https://github.com/crisprVerse/crisprDesign/issues |
查看更多
| 建议 |
生物反应器,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学旧金山分校hg38,英国基因组。姆穆苏卢斯。UCSC毫米10,仿生风格,crisprBwa公司(>= 0.99.7),针织物,rmarkdown公司,勒波蒂,雷布瓦,随机对照URL,测试那个 |
| 链接到 |
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| 增强功能 |
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| 取决于我 |
crisprViz公司 |
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清爽闪亮,清脆的诗句 |
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