色度VAR

染色质跨区域变异

生物导体版本：释放（3.19）

确定染色质可及性在注释集或峰值集之间的变化。主要设计用于单细胞或稀疏染色质可访问性数据，例如来自scATAC-seq或稀疏批量ATAC或DNAse-seq实验的数据。

作者：Alicia Schep[aut，cre]，Jason Buenrostro[ctb]，Caleb Lareau[ctb]，William Greenleaf[ths]，斯坦福大学

维护人员：Alicia Schep<aschep at gmail.com>

引文（从R中输入引文（“chromVAR”）):

要安装此软件包，请启动R（版本“4.4”）并输入：

如果（！require（“BiocManager”，悄悄地=TRUE））install.packages（“BiocManager”）BiocManager:：install（“chromVAR”）

对于R的旧版本，请参阅相应的生物导体释放.

要查看系统中安装的此软件包版本的文档，请启动R并输入：

浏览渐晕图（“chromVAR”）

生物视图	基因调控,免疫肿瘤学,排序,单个单元格,软件
版本	1.26.0
在生物导体中	生物技术3.6（R-3.4）（6.5年）
许可证	MIT+文件许可证
取决于	R（>=3.5.0）
进口	I范围,基因组信息Db,基因组范围、ggplot2、nabor、，生物并行,生物遗传学,生物串,TFBS工具,Rsamtools软件,S4载体，方法，Rcpp，网格，plotly，shinny，miniUI，stats，utils，graphics，DT，Rtsne，Matrix，总结性实验、R Color Brewer、，牛基因组
系统要求	C++11语言
统一资源定位地址

建议	2016年日本,英国基因组。哈皮恩斯。加州大学圣保罗分校hg19、readr、testtat、knitr、rmarkdown、pheatmap、，图案匹配器
链接到	Rcpp、RcppArmadillo
增强
取决于我
导入我	ATACCoGAPS公司
建议我	MOCHA、Signac
指向我的链接
生成报告	生成报告

跟随安装在R会话中使用此包的说明。

源程序包	色度VAR_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	镀铬VAR_1.26.0.zip（仅64位）
macOS二进制（x86_64）	色度VAR_1.26.0.tgz
macOS二进制（arm64）
源码库信息	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromVAR
源存储库（开发人员访问）	git克隆git@git.bioconductor.org：包/chromVAR
Bioc软件包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/chromVAR/
包短Url	https://bioconductor.org/packages/chromVAR/
软件包下载报告	下载统计信息